Афонское сражение 19 июня 1807 года. Художник А. Боголюбов
Путь эскадры из шести кораблей Балтийского флота, отправленной в сентябре 1805 г., лежал из Кронштадта на о. Корфу, где располагалась военная база России на Средиземноморье. Корфу был главным из семи Ионических островов. Некогда они принадлежали Венецианской республике, а после ее ликвидации в результате первого итальянского похода Наполеона отошли Франции. В ходе средиземноморской экспедиции во главе с Ф. Ф. Ушаковым французы были изгнаны. Над островами, получившими статус республики с собственной конституцией, был установлен номинальный суверенитет союзной Турции, но под покровительством России. На протяжении 1804–1806 гг. русское военное присутствие в регионе быстро наращивалось, и ко времени прибытия Сенявина здесь находились 10 линейных кораблей, 4 корвета, 7 вспомогательных судов, 12 канонерских лодок, 1200 стволов артиллерии, 8000 человек в составе корабельных экипажей и 15 000 морской пехоты.
Д. Н. Сенявин на памятнике «Тысячелетие России»
Между тем, пока эскадра Сенявина находилась в пути, военно-политическая ситуация на европейском континенте резко поменялась. После разгрома под Аустерлицем Пруссия и Австрия пошли на мир с Наполеоном. Третья коалиция рассыпалась. Согласно Прессбургскому трактату, подписанному 14 (26) октября 1805 г., к Франции, в частности, должны были отойти бывшие владения венецианцев, в самом конце XVIII столетия, после побед Суворова и Ушакова, доставшиеся Австрии, — Западная Истрия, Далмация и Бока Которская. В тот же день опечаленный Александр I подписал рескрипт о возвращении в черноморские порты всех русских кораблей и воинских отрядов, находившихся в Средиземноморье. Однако связь в то время не располагала к скоропалительным решениям. Этот документ достиг Сенявина только в марте 1806-го, когда мнение императора уже переменилось, — с января он настаивал на необходимости противодействовать продвижению Франции вглубь Балканского полуострова.
Форпостом противостояния Франции на Адриатике становится Которский залив. Жители Котора и других прибрежных коммун отказались сдаться на милость французов. Они обратились за помощью к черногорскому митрополиту Петру I Негошу, который провел «збор» старейшин, постановивший послать им тысячу воинов. Специального представителя Александра I, опытного дипломата С. А. Санковского, просили принять черногорцев в подданство или хотя бы под покровительство России.
Еще ничего не зная об этих событиях, Сенявин демонстрирует проницательность, инициативу и решительность. Он направил в Которский залив три корабля под командой капитана 1 ранга Г. Г. Белли и 140 человек морской пехоты. Этот визит воодушевил бокезцев и черногорцев, отряд которых, возглавляемый Петром I, вырос до 7000 человек. Над которскими коммунами и крепостями взвился российский стяг. В марте того же года в Боку Которскую прибыл второй отряд кораблей под командованием генерал-майора Мусина-Пушкина, а затем и большая часть эскадры во главе с Сенявиным. Он был растроган восторженным приемом местных жителей и аттестовал Которский залив как очень удобное место для морского базирования. Сенявин разработал план полного изгнания французов из Далмации и при поддержке бокезцев и черногорцев предпринял наступление на Дубровник, занятый войсками Наполеона в мае. Главнокомандующий проявил исключительное понимание обычаев черногорцев, включая отрезание голов пленникам, и в ответ на претензии французского генерала Лористона с издевкой писал: «По воинским правилам оставляют они жизнь только тем, кои, не вступая в бой, отдаются добровольно в плен, что многие из ваших солдат, взятых ими, могут засвидетельствовать»
Тем временем царь пытался добиться соглашения с Францией за столом переговоров, и эскадра Сенявина перешла к оборонительной тактике.
Следует отдать должное главнокомандующему, в очередной раз проявившему дальновидность и готовность взять на себя ответственность, когда он отказался эвакуировать Котор после извещения о договоре, подписанном в Париже посланцем Александра I П. Я. Урби. И действительно, он не был утвержден императором как ущемляющий интересы России.
Во второй половине 1806 г. усилилось влияние Франции на правительство Османской империи, что привело к началу очередной русско-турецкой войны. Русский план начала кампании предусматривал создание с помощью черногорцев, восставших сербов Белградского пашалыка сплошной линии фронта от Адриатики до Дуная для молниеносного принуждения Порты к миру и восстановлению с нею союза, направленного против Франции. Эскадра Сенявина прежде всего должна была совместно с английским флотом и при поддержке Черноморского флота нанести удар по Константинополю. По многим причинам, и в том числе из-за расхождений с Лондоном во взглядах на планируемый «новый порядок» в Балканском регионе и Восточном Средиземноморье, этот план не был реализован. Тем не менее Сенявину удалось блокировать Дарданеллы и нанести поражение турецкому флоту в битве в этом проливе 10 (22) — 11 (23) мая и в Афонском сражении 19 июня (1 июля) 1807 г. Однако после заключения Тильзитского мира все вооруженные силы России на Средиземном море были эвакуированы.