Структура университетов в принципе была однородной; обычно они имели четыре факультета: права, медицины, теологии и свободных искусств (artium). Процесс обучения был строго определен и состоял в том, что факультет свободных искусств по своему характеру являлся подготовительным и его окончание было условием поступления на другие факультеты. Поскольку основными предметами изучения на этом факультете были философия и диалектика, он обычно представлял собой главный источник идеологического брожения умов. Именно здесь зарождались различные новаторские течения, здесь шла борьба за автономию рационального мышления, за освобождение науки из-под влияния теологии, наконец, здесь начали формироваться некоторые новые общественно-политические и идеологические концепции, идущие вразрез с церковными догматами.
Усиление светских тенденций, носителями которых были выпускники факультета свободных искусств, приводило к тому, что папы неоднократно давали указания, направленные на то, чтобы ограничить автономию этого факультета и свести преподаваемые там предметы к преподаванию теологии. Церковь неоднократно выходила из этой борьбы победительницей, сосредоточивая в своих руках власть над университетами и осуществляя контроль над развитием знаний. Однако, несмотря на сопротивление со стороны церковных властей, университеты и городские школы все в большей степени становились центрами интеллектуальной жизни в Западной Европе.
Философским выражением пробуждения этой жизни и расширения научного познания был воспринятый буржуазными слоями аристотелизм, неизвестный до тех пор — за исключением логики — в западных странах. Интерес к перипатетической доктрине был тесно связан с потребностями развивающегося буржуазного общества. В философии Аристотеля пытались отыскать в первую очередь не столько теоретические знания, сколько практические рекомендации, которые могли быть использованы в экономической и общественно-политической жизни. С другой стороны, эта философия явилась толчком для ученых того времени, вынужденных признать, что августинизм, разработкой которого они занимались, уже перестал соответствовать сложившейся интеллектуальной ситуации. Ведь августинизм, опиравшийся на платоновские традиции, по своему характеру был направлен против естественнонаучных исследований. Исходя из того, что источником знаний, которыми обладает человеческая душа, является сверхъестественное просветление, Августин утверждал, что познание материального мира не приносит никакой пользы, ибо не только не приумножает человеческого счастья, но поглощает время, необходимое для созерцания гораздо более важных и возвышенных предметов. Более того, оно опасно, ибо, сводя всякое познание к миру природы, можно очень легко поддаться убеждению, что вне материи ничего не существует, а это уж — добавим мы — материализм. В довершение вред такого познания заключается в том, что оно укрепляет в человеке высокомерие и нездоровое стремление стать господином мира, тогда как долг его — оставаться слугой церкви и созерцать мудрость бога. Прекрасной иллюстрацией такого понимания познания являются следующие слова Августина: «Люди восхищаются горами, огромными морскими волнами, широкими водопадами рек, просторами океана и звездными путями, а о самих себе забывают» (19, X, 8, 15). Но в сферу философии не входят проблемы строения вселенной, как и закономерности природы, ибо они не нужны для достижения счастья. Девиз философии Августина изложен в трех коротких, лапидарных суждениях: «Хочу понять бога и душу. И ничего более? Совершенно ничего» (21, 1, 2, 7). И поэтому предметом философии Августина, которой в те времена руководствовалась церковь, было познание бога и человеческой души, где, выражаясь словами Августина, пребывала истина. Проникновение в тайну души путем созерцания представляло собой как предел философских исследований, так и достижение наивысшего счастья человека на земле.
Возникает вопрос: могла ли понимаемая таким образом философия быть вдохновительницей новых духовных течений и стимулирующим началом развития рационального знания? Разумеется, нет. Интеллектуальные запросы зарождающейся буржуазии требовали новой философии, основанной на совершенно иных принципах, чем неоплатонизм в августиновской трактовке. Буржуазия была носителем новой философии — философии не теоцентрического характера, а естественно-гуманистической ориентации. Именно таким был аристотелизм, который в арабском изложении привносил в Европу определенные эмпирические и вместе с тем практические знания в области ботаники, зоологии, астрономии и вообще естественной истории.