По мнению Фомы, такое понимание не противоречит известному высказыванию евангелиста: «Не может хорошее дерево приносить плохие плоды». Объясняя это затруднение, он ссылается на Августина, согласно которому «плохим деревом Вы называете злую волю, а хорошим деревом — добрую волю» (20, I, IX). Поэтому не добрая, а злая воля является источником морально плохого поступка. Однако, поскольку к такому поступку ее склоняет человек — разумное бытие, которому присуще понятие добра, то, следовательно, он и есть причина зла.
Однако из финалистического образа мышления Фомы вытекает, что цепь причин не может тянуться в бесконечность, что в метафизическом рассуждении мы всегда должны дойти до первой причины, которой является бог. Если же добро есть субъект зла, а бог — высшее бытие и добро, то это означает, что все зло происходит от него. Этот вывод, логически вытекающий из учения Фомы о бытии, был для него, как и для всей христианской философии, вообще неприемлем. Признание его противоречило бы одному из основных положений теологии, а именно о высшей божественной доброте.
В 49-м вопросе «Теологической суммы» Фома пытается доказать, что вышеприведенное умозаключение ложно, не согласуется с природой творца. Исходной точкой в преодолении этого затруднения служат для него слова Августина: «Бог не является создателем зла, ибо не он причина стремления к небытию». Развивая эту мысль далее, Аквинат напоминает, что в области морали зло основано на несовершенстве поведения, которое в свою очередь следует из несовершенства морального субъекта. А если бог — это абсолютное совершенство, то он не может быть причиной морального зла.
Несколько иначе обстоит дело с естественными вещами. Здесь зло основано просто на их порче и распаде, на отступлении от естественного порядка или на потере формы. В замыслах же творца каждая форма была задумана как благо мироздания, как его совершенство, которое требует, чтобы «в вещах существовало определенное неравенство, чтобы осуществлялись все степени добра» (6, I, q. 49, 2 с). Чтобы в мире была гармония, необходимы различные степени добра, вещи различного совершенства. Как красота делается более очевидной на фоне уродства, так добро более заметно при сравнении со злом, и наоборот. Именно поэтому мы встречаем во вселенной несовершенные предметы. Таким образом, перед нами вырисовался третий тезис томистской теодицеи: некоторое зло не портит гармонии вселенной, напротив, оно необходимо для этой гармонии. Несмотря на это, бог создает зло в вещах не намеренно, а лишь случайно.
Для обеспечения порядка вселенной необходим также порядок справедливости, который требует существования как грешников, так и хороших людей. В противном случае — дополним мы недостающее в этом рассуждении звено — не было бы гармонии истории. Здесь «бог является творцом зла как наказания, а не как вины» (6, I, q. 49, 2 с). Это четвертый тезис теодицеи Фомы, острие которой направлено главным образом против средневековых сект, и особенно против катаров, придерживающихся манихейской концепции зла.
Манихейцы исходили из того, что поскольку бог не может быть источником зла, то должен существовать другой источник бытия — высшее зло, от которого происходит все несовершенное. Фома, как и Августин, боролся с этим взглядом, утверждая, что существует лишь один источник добра. Это вытекает, во-первых, из того факта, что зло не позитивное явление, а обыкновенное небытие, ущербность добра (privatio). Во-вторых, божественный источник добр по своей сущности и потому не может быть злым. В-третьих, высший источник добра содержит понятие абсолютного совершенства, и потому зло вытекает из него не прямо, а в силу случайной причины, которая является всегда более поздней, чем первая причина. А следовательно, наряду с источником добра не может существовать высший источник зла.