Однако расхождения с августинизмом XIII столетия — это только одно из направлений борьбы Фомы Аквинского. Существовало и другое направление, значительно более важное, а именно спор с латинскими аверроистами, которые интерпретировали перипатетическое учение в явно материалистическом духе. О том, какую опасность представляло их учение, может свидетельствовать тот факт, что по повелению папы Фома был отозван в 1269 г. в Италию и направлен в Париж, где в борьбе против аверроистов отстаивал ортодоксальную позицию церкви.
Борясь с августинистами и аверроистами, томизм с течением времени начал приобретать и приверженцев, главным образом среди доминиканцев. Одним из них был Птолемей из Лукки, известный тем, что он завершил работу Фомы «De regimine principium», содержащую основы его политической доктрины. На позиции томизма встал и доминиканец Эгидий Лессинский, выступивший против архиепископа кентерберийского Килуордли в защиту учения Аквината о единстве формы. Другой доминиканец, Гервей из Неделлец (ум. в 1323 г.), написал специальный труд под названием «Defensa doctrinae divi Thomae», направленный против противников томизма.
Томизм проник через посредство профессора Парижского университета Эгидия Римлянина (1247–1316) также в орден августинцев. Не остался в стороне от его влияния и орден кармелитов, в чем особую роль сыграл Жерар из Болоньи (ум. в 1317 г.). В скором времени доктрина томизма нашла своих последователей среди профессоров Парижского университета и светского духовенства. Достаточно упомянуть здесь Петра Овернского, который не только защищал ее основы, но и закончил комментарии Фомы к некоторым сочинениям Аристотеля. В XIV в. главным центром доктрины томизма становится Париж; однако с течением времени этот центр перемещается в Германию, в Кёльн. Здешние ученые не столько развивали томизм, сколько формировали новых его последователей, а также защищали это учение, нападая на его противников. Таким образом, Фома, несмотря на первоначальные нападки, с XIV в. становится высшим авторитетом церкви, признавшей его доктрину в качестве своей официальной философии. Среди христианских философов исчезли всякие сомнения в правоверности учения Фомы Аквинского, а его осуждение, имевшее место в 1277 г., в 1325 г. было полностью отменено. С этого времени церковь использует это учение в борьбе со всякими движениями, направленными против ее интересов. Стоит напомнить, что на соборе в Констанце (1414–1418) представители церкви искали в трудах Фомы аргументы против взглядов Гуса. На Тридентском соборе труды Фомы лежали рядом с Библией и были источником вдохновения в борьбе с движением реформации. В скором времени Фома получает звание «всеобщий доктор» («doctor communis»). В XVI в., точнее, в 1567 г. папа Пий V провозглашает его пятым доктором церкви. Мало того, папство, начиная с Ионна XXII и до Бенедикта XV, неоднократно объявляло и напоминало, что томизм является официальной доктриной церкви.
В укреплении традиций Фомы особую роль сыграл орден доминиканцев, который в 1278–1313 гг. ввел его учение в генеральные капитулы, одновременно присвоив ему звание «doctor ordinis».
Орден иезуитов с XVI в. объявил томизм своим учением и применял его не только в педагогической деятельности, но и в миссионерской практике. Несмотря на поддержку традиций томизма этими орденами, влияние его постепенно начало падать, причиной чего явился прежде всего бурный расцвет в эпоху Ренессанса философии природы, требовавшей развития экспериментальных исследований. Не удивительно поэтому, что появляются известные попытки задержать процесс упадка схоластики. Эту задачу поставил, в частности, Франц Суарец (1548–1617), иезуит, профессор известных в то время университетов Доимбре и Саламанке. В своих главных трудах, комментариях к «Summe» Фомы и «Disputationes methaphysicae», он предпринимает попытку актуализации томизма для борьбы с Реформацией и другими идеологическими тенденциями того периода. Он считал, например, что томистские доказательства бытия бога недостаточны, что материя не является основой индивидуации, что между категориями сущности и существования нет реального различия. Он также утверждал, что индивидуальные вещи могут быть познаваемы непосредственно, а не через посредство интеллектуальных познавательных форм (species intelligibiles). Движение, направленное на возрождение томизма, которое возникло по инициативе Суареца и было поддержано орденом иезуитов с центром в Испании, не привело к ожидаемым результатам. Испанские иезуиты не смогли возбудить в других странах широкого интереса к доктрине Аквинта, и в XVII в. это движение практически угасло.