К концу изучаемого периода все более становилась несостоятельной сама основа, на которой строилась вся система формирования Думы, — родовой принцип назначения ее членов. Дело было даже не столько в том, что при разрастании ветвей в боярских родах, выделении из них все новых и новых семей становилось невозможным строгое следование старому порядку назначения. Прежде всего этот принцип как таковой не устраивал московских государей, власть которых все усиливалась. При наследовании великокняжеского престола подобный принцип был похоронен еще в годы феодальной войны второй четверти XV в.
При назначении в Думу родовой принцип старшинства был отброшен сначала в рамках Государева дворца и Казны, где уже давно великие князья предпочитали сохранять те или иные ведомства в распоряжении отдельных семей, не руководствуясь никакими родовыми счетами. Затем этот семейный принцип, основанный на личной преданности тех или иных лиц государю и их навыках в практической деятельности, начал завоевывать себе место при назначении и на думные должности (см. судьбу Морозовых, Захарьиных и др.). При резком увеличении численности лиц, связанных единством происхождения, выдержать родовой принцип назначений в Думу было невозможно, да и практически просто вредно («дядья» подчас оказывались связанными с уделами, и их назначение в государеву Думу было чревато опасностями). Дети же великокняжеских бояр с раннего возраста находились при дворе и становились вернейшими исполнителями великокняжеских предначертаний. Впрочем, этот процесс торжества «семейного принципа» назначения в Думу в изучаемое время еще не был завершен.
Одним из средств упрочения влияния великих князей на феодальную аристократию было вступление в отношения родства или свойства с ее наиболее видными представителями. Уже в XIV в. родственниками великих князей стали ростовские князья и Протасьевичи (свояком великого князя был сын тысяцкого Василия Васильевича Микула). Князь Юрий Патрикеевич был женат на дочери Василия I. В 1506 г. за казанского царевича Кудайкула (Петра) была выдана замуж одна из дочерей Ивана III, мужем другой стал еще в 1500 г. кн. В. Д. Холмский. Василий III первым браком был женат на дочери Ю. К. Сабурова, а ее сестру в 1506 г. выдали замуж за кн. В. С. Стародубского. Вторично Василий III женился в 1526 г. на дочери В. Л. Глинского, а свояченицу великого князя Марию в 1527 г. выдали замуж за кн. И. Д. Пенкова. Прошло несколько лет, и супругой кн. Ф. М. Мстиславского в 1530 г. стала одна из дочерей царевича Петра, а в 1538 г. ее сестру выдали замуж за престарелого кн. В. В. Шуйского. Позднее кн. И. Д. Бельский женился на внучке того же царевича.
Практически почти все крупнейшие княжеские фамилии Русского государства (разве что кроме Оболенских, тесно связанных с уделами) оказались в родственных связях с великокняжеским семейством.
Было и еще одно средство добиться покорности потомков когда-то независимых княжат — государева опала во всех ее проявлениях, начиная от простой немилости (удаление от двора, неназначение на придворные и военно-административные должности) и кончая заточением или даже казнью (что случалось редко).
Так, в 1463 г. «очи выняли» выдающемуся полководцу боярину Федору Басенку. В 1478 г. опала постигла боярина князя И. В. Стригу Оболенского. В начале 80-х годов были распущены дворы И. Б. и В. Б. Тучко Морозовых и других бояр. В 1485 г. оба брата Морозовых были «поиманы». В 1497 г. состоялась казнь В. Е. Гусева и других сторонников княжича Василия. Через два года казнили влиятельнейшего боярина кн. С. И. Ряполовского, а князей И. Ю. и В. И. Патрикеевых постригли в монахи. В 1508 г. был «поиман» свояк великого князя кн. В. Д. Холмский, а в 1514 г. — кн. М. Л. Глинский (вторично угодил в заточение он уже в 1534 г.). В 1525 г. казнен И. Н. Берсень Беклемишев. Затем опала постигла М. А. Плещеева и ряд других видных деятелей, прощенных только в 1530 г. В начале 30-х годов в заточение брошены кн. И. М. и А. М. Шуйские, а в 1538 г. — временщик кн. И. Ф. Телепнев-Оболенский.
Великокняжеская власть придавала большое значение крестоцеловальным записям «в верности престолу», которые должны были давать внушавшие опасения те или иные представители влиятельной части феодальной знати. Так, в 1474 г. подобную запись дал кн. Д. Д. Холмский, в 1522 г. — кн. В. В. Шуйский, в 1524 г. — князья И. Ф. и Д. Ф. Бельские, в 1527 г. — кн. М. Л. Глинский, в 1528 г. — князья И. М. и А. М. Шуйские, в 1530 г. — М. А. Плещеев.