Проблема соотношения веры и знания, теологии и философии, которая будет одной из ключевых проблем средневековой мысли, впервые обстоятельно рассматривается именно у Климента. Позиция Климента в этой проблеме представляет середину между двумя крайностями: позицией большинства христиан, полагавших, что вера и откровение делают излишними или даже вредными познавательный поиск и философию, и позицией меньшинства (гностиков), считавших, что существуют некое особое знание (гносис) и особая философия, обладание которыми делает излишней саму веру. Возражая первым, Климент говорит, что философия есть «бесценное сокровище, обретению которого мы должны посвящать все свои силы» (8іг. II 11) и что способность к философии, как и художественные или ораторские способности, есть особый дар провидения (8іг. I 4). Нѳ всем дано быть философами, но, кто имеет этот дар, Тот не должен пренебрегать им. Призыв философствовать содержится, согласно Клименту, и в Писании (Матф. 7, 7. Лук. 11, 9 —8іг. VIII 1); этот призыв исходит и из самой природы нашего разума, который предназначен для познавательной деятельности. Однако следует отличать истинную философию от ложной, т. е. от софистики (8іг. 13). «Истинная философия, — пишет Климент, — есть знание предметов божественных и человеческих, есть наука, доставляющая нам понятие о наших, отношениях к богу и миру, указывающая нам средства к достижению мудрости и добродетели» (8іг. II 11).
Истинная философия (как и сама истина), по Клименту, может быть только одна, но пути, ведущие к ней, многообразны; два среди них отмечены особой заботой провидения: путь «варварской философии» и путь «эллинской философии», которые каждый посвоему вели человечество к принятию «философии христианской» (8іг. I 5). Различие этих двух путей состоит в том, что «варварская философия» (Климент называет так учение Ветхого завета) была сообщена еврейскому народу самим богом через его пророков, а греческая философия была результатом самообнаружения естественного света разума, свойственного всем народам, но дарованного грекам по преимуществу. Языческая философия была для греков тем же, чем был закон Моисея для евреев; языческие философы были пророками греков. И евреи и грѳни черпали свою мудрость из одного и того же источника — Логоса, хотя в одном случае (евреям) Логос–Слово яТвился в непосредственно словесной форме Священного писания, в другом (грекам) — в опосредствованно природной форме естественных законов мышления и нравственности (8іг. VI 5; 8). Но помимо этой естественной основы греческая мудрость имеет еще и другую, обеспечивающую ее прямую связь с мудростью еврейской: по воле провидения греки заимствовали лучшую часть своих учений из Ветхого завета. Все эти рассуждения Климента уже энакомы нам по анализу воззрений Юстина и других апологетов. Даже аргументация в пользу плагиата та же, что и у них: знание приобретается через учителя следовательно, греки должны были у кого‑то научиться своей мудрости. Однако здесь есть и глубокое отличие, которое состоит в изменении общей установки. Задача Юстина — показать убежденным язычникам, что христианское учение не является абсурдным с точки зрения наиболее «духовных» образцов языческой философии и поэтому заслуживает терпимого к себе отношения. Задача Климента — убедить христиан или желающих стать таковыми, что языческая философия в большинстве случаев не является абсурдной с точки зрения христианского вероучения, что она, более того, служила «приуготовлением» к христианству и поэтому заслуживает всяческого уважения и изучения. В первом случае — апология христианства перед судом античной культуры, во втором — скорее апология античной культуры перед судом христианства. Это исторически обусловленное изменение установки выразилось у Климента, например, в том, что он включает в длинный ряд идейных предшественников христианства почти всех известных ему античных философов, исключая полностью, пожалуй, только Эпикура, хотя и у него Климент допускает существование элементов истины (Зіг. I 7). В любой греческой философской школе и даже в любой секте (исключая самые аморальные) можно найти крупицы истины, которые, однако, всегда оставались разрозненными, как куски тела Пенфея, растерзанного вакханками. Единство истины было восстановлено, по Клименту, только христианством (8іг. I 7; 13).