И тут подкараулило горе, сравниться с которым ничто не могло. Заболела туберкулезом, а потом менингитом дочь. Она скоропостижно умерла в мае. Николай Егорович не мог прийти в себя, почти не спал ночами, беспрестанно думал о горячо любимой Леночке. В августе его сразил удар. Прошло около полутора месяцев. Полупарализованный Жуковский взял неслушающимися пальцами карандаш и начал писать, карандаш вываливался. Тогда он начинал диктовать... Работа продлевала ему дни, коих осталось так немного.
Близилось пятидесятилетие научной деятельности Николая Егоровича. Авиатехникум, в организации которого он принимал живое участие, преобразовался в Институт инженеров Красного Воздушного Флота и получил имя Жуковского. Проводить организационный юбилей в отсутствие виновника торжества выглядело неуместным. А врачи категорически запретили волновать больного. В Усово поехала делегация московских ученых, в их числе Чаплыгин, летом зачисленный в штат ЦАГИ. Они вручили растроганному до слез Николаю Егоровичу скромный подарок — созданный им винт НЕЖ и лавровый венок.
— Вы должны помочь молодым научным силам, — обратился он к Сергею Алексеевичу. — В ЦАГИ собрались способные на многое, преданные своему делу люди. Я верю в будущее института...
В декабре вышло постановление Совнаркома, подписанное В. И. Лениным. Его читали и перечитывали близкие Жуковскому люди, искренне радуясь за него и русскую науку, ставшую на службу революционному народу.
«В ознаменование пятидесятилетия научной деятельности профессора Н. Е. Жуковского и огромных заслуг его как «отца русской авиации», Совет Народных Комиссаров постановил:
1. Освободить профессора Н. Е. Жуковского от обязательного чтения лекций, предоставляя ему право объявлять курсы более важного научного содержания.
2. Назначить ему ежемесячный оклад содержания в размере ста тысяч (100 000) рублей с распространением на этот оклад всех последующих повышений тарифных ставок.
3. Установить годичную премию Н. Е. Жуковского за наилучшие труды по математике и механике с учреждением жюри в составе профессора Н. Е. Жуковского, а также представителей по одному от Государственного Ученого Совета, от Российской Академии наук, от физико-математического факультета Московского Государственного Университета и от Московского математического общества.
4. Издать труды Н. Е. Жуковского».
В ночь под Новый год у Жуковского произошло кровоизлияние в мозг. 17 марта 1921 года великого ученого и патриота не стало.
Газета «Правда» сообщила: «Московское высшее техническое училище извещает все организации, учреждения и лиц, желающих отдать последний долг профессору Н. Е. Жуковскому, что вынос тела состоится в 9 1/2 утра из МВТУ».
Растянувшаяся больше чем на километр похоронная процессия сопровождала гроб с телом ученого, установленный на фюзеляже аэроплана. Скорбный путь от ворот Технического училища до кладбища Донского монаря. Последний поклон соратников и учеников.
Слово предоставили Чаплыгину. Выступал он от коллектива Кучинского института, а говорил от имени и по поручению всей русской науки.
— Огромен был путь, совершенный покойным. Он всей светлой и могучей личностью объединял в себе и высшие математические знания, и инженерные науки. Он был лучшим соединением науки и техники, он был почти университетом. Не отвлекаясь ничем преходящим, лишь в меру необходимости отдавая дань потребностям жизни, он все свои гигантские силы посвящал научной работе. Его цельная натура была беззаветно посвящена этому труду. Вот чем объясняется то огромное по богатству наследие, которое к нам от него переходит. При своем ясном, удивительно прозрачном уме он умел иногда двумя-тремя словами, одним росчерком пера разрешить и внести свет в темные, казалось бы, прямо безнадежные вопросы, что после его слов все становилось выпуклым и ясным. Для всех тех, кто шел с ним и за ним, были ясны новые, пролагаемые им пути. Эта гигантская сила особенно пленяла своей скромностью. Когда его близкие ученики, имевшие счастье личного с ним общения, беседовали с ним по поводу того или иного вопроса, он никогда не пытался воздействовать на них своим авторитетом, с полным интересом вникая во всякие суждения...
Бывало, что начинающий на ученом поприще ученик обращался за советом, предполагая посвятить некоторую долю своего внимания задаче, которая его очень интересовала, иногда задача была слишком трудной и, может быть, даже недоступной. Николай Егорович никогда не позволял себе сказать, что задача неисполнима; он говорил: «Я пробовал заниматься этим вопросом, но у меня ничего не вышло, попробуйте вы, может быть, у вас выйдет». Он глубоко верил, что среди его учеников могут быть и такие, которые окажутся в силах решить вопросы, им не решенные.