Подготовляя переворот, Шемяка «поча… всеми людми мясяти, глаголюще, яко княз велики всю землю свою царю процеловал». Арестовав государя, удельный князь намеревался в Орду «царю не дати денег, на чем князь велики (крест. — Р. С.) целовал». Замятня (смута) в Орде позволила выполнить обещание. Низложенному Василию II предъявили обвинение: «Чему еси татар привел на Рускую землю и городы дал еси им, и волости подавал еси в кормление?» Неизвестно, кого имел в виду обвинитель государя — царевичей, принятых им на службу, или, что вероятнее, мурз, которых Василий II действительно привел на Русь для сбора «окупа». Не имея казны, монарх, как видно, должен был расплачиваться с татарами кормлениями. Передача городов в кормление воспринималась населением резко отрицательно. Обвинение заканчивалось словами о том, что великий князь «паче меры» слушал татар, давал им «злато и серебро и имение», а христиан томил «паче меры без милости». Заговорщики утверждали, что Василий II выдал «христианство» басурманам. Их заявления нашли отклик у жителей. Шемяка беспрепятственно привел население к присяге.
Опасаясь подтолкнуть детей Василия II к бегству в Орду, князь Дмитрий прибегнул к посредничеству церковных иерархов. Рязанский епископ Иона, которого давно прочили в митрополиты, ездил в Муром, где передал Ряполовским обещание Шемяки освободить Василия II и пожаловать ему удельное княжество. Владыка поклялся на аналое, что детям не будет учинено никакого зла. Когда детей доставили к Шемяке, тот нарушил слово и отправил их к отцу, заточенному в Угличе.
Убедившись в вероломстве Шемяки, князья Ряполовские составили вместе с князем Оболенским и московскими боярами Морозовыми заговор, с тем, чтобы силой освободить Василия II из тюрьмы. План не удался, и заговорщикам пришлось бежать в Литву. Но мятеж побудил власти принять меры к тому, чтобы успокоить общество. Собрав епископов и архимандритов «со всее земли», Шемяка стал «прощения просити и каятися». Мнение духовенства взялся выразить основатель Желтоводского монастыря под Нижним Новгородом Макарий. Он заявил, что великому князю нужно прежде всего получить прощение у брата Василия II. Совещание, в котором участвовали вместе с иерархами великокняжеские бояре, стало крупнейшей вехой в истории русской смуты. На сцене звучали слова о христианском смирении и взаимном прощении. За кулисами обсуждали более важные вопросы. Дмитрий Юрьевич обещал наделить Василия Васильевича удельным княжеством. Епископ Иона положился на слово Шемяки и выдал ему головой детей свергнутого монарха. Теперь Иона пенял князю на то, что тот «неправду еси учинил, а меня еси ввел в грех и в сором». Московские бояре не остались безмолвными свидетелями конфликта. В конце концов, великий князь должен был объявить о своем решении предоставить Василию II удел. Решение не было продиктовано великодушием. Дмитрий близко наблюдал трагедию брата Василия Косого. Косой далеко превосходил Василия II характером и темпераментом. Ослепление разом покончило со всеми его политическими претензиями. Шемяка не сомневался в том, что Василий Темный станет таким же политическим трупом. Не тратя времени, бояре и иерархи выехали в Углич к бывшему монарху. Последний предстал перед собором, как человек, сломленный несчастьем раз и навсегда. Он каялся во всех смертных грехах, говорил, что достоин смерти, но брат Дмитрий из милосердия даровал ему жизнь. Слова Василия подтверждали ожидания Шемяки, и он объявил о пожаловании брату удела со столицей в Вологде. Ошибка Шемяки стоила ему престола и головы.
Получив удел, Василий II заехал в Кирилло-Белозерский монастырь. Тамошний игумен без промедления освободил его от присяги Шемяке. Из Кириллова Василий II уехал в Тверь, где заручился союзом с тверским князем. Союз был скреплен помолвкой шестилетнего сына Ивана с тверской княжной Марьей. Дмитрий Шемяка собрал войска и укрепился в Волоколамске, простояв там более месяца. За это время полки его растаяли. Московские бояре и служилые люди почти все отъехали на службу к старому государю. В конце декабря 1446 г. отряды Василия II обошли Волоколамск и при поддержке тверичей заняли Москву.
Русские власти давно пытались упорядочить церковные дела. Князь Дмитрий Шемяка первым отверг традицию, согласно которой русского митрополита избирали не в Москве, а в Константинополе. В 1446 г. епископ Иона привез из Мурома детей свергнутого Василия II, после чего Шемяка «повеле ему идти к Москве и сести на дворе митрополиче». Однако завершил дело лишь Василий II в конце 1448 г. Собор епископов избрал Иону на митрополичий стол, после чего в Успенском соборе «возлагается на плещо его честный амфори посох великой митрополич дается в руце его». Законность поставления митрополита была сомнительной, и даже в Москве нашлись люди, открыто заявившие об этом. Игумен Пафнутий Боровский запретил братии своего монастыря звать Иону митрополитом. Один из самых преданных Василию II московских бояр В. И. Кутуз, по преданию не желал принимать благословение от Ионы. Однако их протест не имел последствий. По настоянию Василия II новый митрополит лично участвовал в последних походах московских войск против мятежников.
В 1450 г. Шемяка бежал в Новгород. Кровавая война продолжалась еще несколько лет. Князь пытался укрепиться в отдаленных северных городах Руси, но потерпел неудачу и вернулся в Новгород. Там его настигла «напрасная смерть».
Невзирая ни крайнее ожесточение и вражду, потомки Дмитрия Донского ни разу не обагрили руки кровью братии. Они твердо помнили притчу о Каине и историю князя Святополка Окаянного, убившего братьев. Святополку судьба уготовила вечные муки в аду, его жертвы, князья Борис и Глеб стали святыми мучениками русской церкви. Василий II первым из наследников Дмитрия нарушил заповедь. По его приказу дьяк, прибывший в Новгород с посольством, нанял убийц и отравил Дмитрия Шемяку. Произошло это в 1453 г.
Смута продолжалась на Руси четверть века и принесла неисчислимые бедствия народу. Традиционная оценка сводится к тому, что феодальная война закончилась победой «прогрессивных» сил, отстоявших политическую централизацию, и поражением сил децентрализации. Олицетворением первых был Василий II, вторых — его удельные противники. В новейших исследованиях старая схема подверглась пересмотру. В удельных князьях А. А. Зимин увидел «людей будущего», «романтиков», свободолюбивых противников московского деспотизма и татарского ига. В их лице Север развивавшийся по «предбуржуазному пути», вступил в конфликт с Центром, которому уготован путь крепостничества. В приведенных концепциях бросается в глаза несоответствие между теоретическими построениями и наличным фактическим материалом. По всей видимости, феодальная война второй четверти XV века была обычной княжеской междоусобицей, ничем другим не отличавшейся от междоусобиц в любой другой земле.
В XV в. рядом с боярской знатью появилась многочисленная прослойка детей боярских, служивших в великокняжеском и удельных дворах. Вместе с тем начала складываться новая иерархическая структура правящего московского боярства. Происшедшие перемены наложили печать на состав и функции соответствующих учреждений — думы и двора в пределах великих и удельных княжеств. Удельные князья не раз занимали московский великокняжеский трон. Но их победа неизменно оборачивалась поражением, едва удельная дума и двор пытались оспорить первенство «великого» московского боярства и тем самым поколебать традиционную боярскую иерархию. Наметились признаки крушения старого порядка наследования престола, при котором государство считалось отчиной всей княжеской семьи, и монарх передавал власть не наследнику сыну, а братьям, и лишь после них право на престол предъявляли сыновья монарха. Архаический порядок престолонаследия служил источником постоянных межкняжеских распрей и неурядиц, подобных войне второй четверти XV в.
Московская смута, полагал А. Е. Пресняков, подорвала и разрушила удельно-вотчинный строй, привела к крушению обычного уклада отношений и воззрений. Смута действительно уничтожила почти все удельные княжества в Московском великом княжестве. Удельные государи получили поражение. Но порядки раздробленности вовсе не были искоренены. Духовное завещание Василия II Темного возродило к жизни систему уделов. Следуя примеру деда, князь передал младшим сыновьям 12 городов. Дмитров, Углич, Руза, Вологда вновь превратились в столицы восставших из пепла удельных княжеств. Почва для новых раздоров была готова.