Вече приняло решение обратиться за военной помощью к королю Казимиру, но архиепископ и сторонники Москвы позаботились о том, чтобы это решение не было выполнено. При князе Михаиле Олельковиче послами к королю были отправлены двое житьих людей. Такое посольство неправомочно было заключать какие бы то ни было союзы.
Недруги Борецких обвиняли вдову Михаила из их рода в намерении выйти замуж за князя Михаила, чтобы с ним «владети от короля всею Новгородскою землею». То была клевета. 15 марта 1471 г. князь принужден был покинуть город. Очевидно, новгородцы показали ему путь. В отместку Михаил подверг грабежу Старую Руссу. Таким образом, он покинул Новгород не с пустыми руками. Борецкие взяли верх и спешно снарядили новое посольство в Литву. В его состав вошли трое бояр, включая посадника Д. Борецкого, и пять житьих людей. После возвращения посольства из Вильны новгородцы составили проект договора с королем Казимиром.
Главный пункт договора гласил, что король выступит со всем литовским войском, чтобы оборонить Новгород от Москвы. Казимиру вменялось в обязанность сохранить в неприкосновенности вечевые порядки Новгорода, православную веру, права и привилегии бояр. Новгородцы признали власть короля и соглашались отвести его наместнику резиденцию на Городище в окрестностях Новгорода. Проводя переговоры с новгородцами, король направил в Орду гонца с богатыми дарами, чтобы подтолкнуть татар к набегу на Русь.
Дипломатические усилия Новгорода не привели к успеху. Быстрое наступление московских войск помешало новгородцам завершить переговоры в Вильне. Договор, по-видимому, не был утвержден королем и Литва уклонилась от войны с Москвой. Что касается Орды, она вторглась в пределы Руси с запозданием на год.
Не ожидая серьезного сопротивления, Иван III послал войска к Новгороду разными путями. Воевода князь Холмский с десятитысячным войском отправился вдоль Ловати к Руссе, откуда было рукой подать до литовского рубежа. Отряд воеводы Стриги Оболенского двигался вдоль Мсты. Сам Иван III с двором и тверской силой шел следом за воеводами, значительно отставая от них. По пути московские ратники безжалостно разоряли землю, «пленующе и жгуще и люди в плен ведуще». Жестокими расправами с пленниками воеводы желали навести ужас на новгородцев. Пленным резали «носы, уши и губы».
С некоторой задержкой Новгороду удалось сформировать ополчение численностью в 40 тысяч ратников. Рядовые горожане — большая часть ополченцев — никогда прежде не участвовали в боевых действиях и были вооружены кое-как. Во главе ополчения стояли посадники Василий Казимир и Дмитрий Борецкий.
В июле 1471 г. новгородская рать продвинулась к Шелони, с тем чтобы не допустить соединения псковских войск с московским и, дождавшись помощи из Литвы, обрушиться на полки Ивана III. На реке Шелонь новгородцы неожиданно для себя столкнулись с ратью Холмского. Некоторое время оба войска шли по разным сторонам реки, ища брода. Воевода медлил с переправой, ожидая подкрепления. Новгородцы рассчитывали использовать свой численный перевес, но в их войске возник раздор. Меньшие люди требовали немедленной атаки. «Ударимся ныне» на москвичей, кричали они. Воеводы конного архиепископского полка отказывались биться с москвичами, говоря, что они посланы против псковичей.
Согласно московским источникам, 15 июня ратники Холмского перешли «великую реку», бросились на новгородцев, «яко львы рыкающе», и те обратились в бегство. На самом деле сражение началось неудачно для москвичей.
Как следует из новгородских источников, новгородцем сначала удалось использовать перевес в силах. Они «бишася много и побиша москвич много», а под конец погнали «москвичи за Шелону». Но тут на новгородскую пехоту обрушились татары. Отряд касимовских татар, приданых воеводе Стриге Оболенскому, видимо подоспел на Шелонь в разгар боя. Ни псковичи, ни двор Ивана III в битве не участвовали. Отборный отряд конницы — архиепископский полк — еще имел возможность вступить в дело и отогнать татар. Но он не двинулся с места. Новгородская рать потерпела сокрушительное поражение. Новгородцы подверглись кровавой резне. Иван III желал, чтобы Новгород почувствовал мощь княжеской власти и никогда больше не осмеливался поднять оружие против Москвы. Москвичи перебили 12 тысяч новгородцев, а в плен увели всего 2 тысячи человек. Взятые в плен посадник Дмитрий Борецкий и трое других бояр были обезглавлены. Прочих посадников «Василья Казимера и его товарищов 50 лутчих отобрав повеле (Иван III. — Р. С.) вести в Москву, а оттоле к Коломне и в тоурму всадити».
Новгородцы сожгли свои посады и стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ Фиофил настоял на мирных переговорах с Москвой. Перспектива длительной осады города и угроза войны с Литвой побудили Ивана III не медлить с заключением мира. На Новгород была положена контрибуция в 16 тысяч рублей. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами и вольными», но как «отчина» великого князя Новгород обязался не отставать от Москвы и не «отдаться за короля». Бояре привели новгородцев к присяге на верность Ивану III. Московские власти не решились упразнить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили несовместимость республиканских и монархических порядков.
Осенью 1475 г. Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная военная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Великий князь пренебрег традицией. Поводов для вмешательства во внутренние дела Новгорода было более чем достаточно.
В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготеющего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытиии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.
Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.
Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики» немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа Новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновников — подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву невозможно установить. Домогаясь милости, эти люди употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. Хромой-Челяднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.
Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства. Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались.