9 октября 1477 г. Иван III с войскам выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Новгородские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители успешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода или сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставив в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.
Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят сдати Новгород».
Самые решительные защитники новгородских вольностей были казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. «Людям, — записал новгородский летописец, — мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, и иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хоти быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечу колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояре на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Те заверили послов, что Иван III не будет высылать новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (конфисковать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своих имуществ, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на кресте. Но им грубо отказали в этом.
Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и перешел на службу к Ивану III. Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
15 января 1478 г. глава московской Боярской думы И. Ю. Патрикеев с другими боярами въехал в Новгород и привел к присяге жителей. Вече в городе более не созывалось. Наиболее важные документы из архива Новгорода, а также вечевой колокол были увезены в Москву, выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская «республика», просуществовавшая несколько веков, пала. Автор московского свода 1497 г. не скрыл своего удивления по поводу неслыханного нарушения «правды» и старины в Новгороде. «А как и стал Новгород — Русская земля, — записал он, — таково позволение на них не бывало ни от которого великого князя, да ни от иного от кого». Иван III обязался «не вступаться» в вотчины новгородцев, но очень скоро нарушил свои обязательства. Уже в феврале 1478 г. он приказал арестовать вдову Марфу Борецкую с внуком Василием и нескольких других лиц, возглавлявших пролитовскую партию. Под стражу был взят также архиепископский наместник. Всех арестованных Иван III приказал отправить в Москву, а «животы их (вотчины и прочее имущество — Р. С.) велел отписать на себя».
На протяжении десятилетия московские власти организовали два крупных политических процесса, позволившие им покончить с новгородским боярством. Зимой 1483-1484 гг. они арестовали посадника Ивана Савелкова, ранее бежавшего в Литву, а затем вернувшегося в Новгород. Заодно с Савелковым участниками заговора в пользу короля были объявлены 30 других бояр и житьих людей. Подвергшись пыткам, новгородцы «клепали» друг на друга. «Заговорщиков» объединяло одно: все они принадлежали к числу крупнейших землевладельцев Новгорода. Ранний летописец ни словом не упомянул о пожаловании ограбленным новгородцам земель на Москве. Однако составитель московского официального свода 1497 г. постарался представить незаконные действия монарха, как милость в отношении новгородцев. Иван III, утверждал он, велел отписать на себя казну и села «больших» новгородских бояр, «а им подавал поместья на Москве под городом, а иных бояр, которые крамолу держали от него, тех велел заточити в тюрмы по городом». Крамолу на Ивана III держали все 30 «больших» бояр, обвиненных в заговоре. Значит, они все попали в тюрьму. Кому государь дал поместья, остается загадкой.
В конце 1480-х гг. наместником в Новгороде был назначен Яков Захарьин-Кошкин. Он не церемонился с опальным городом, облагая жителей непомерными штрафами, «ставил их на правеж». Обиженные и ограбленные новгородцы пытались найти справедливость у Ивана III. Тогда наместник обвинил своих обличителей в государственной измене — покушение на жизнь наместника. Великий князь и его дума приняли версию Захарьина. Как записал инок Кирилло-Белозерского монастыря, «лета 6997 князь великий Иван вывел из Новгорода Великого бояр и гостей с тысячю голов». По свидетельству ростовской летописи, Я. Захарьин оговорил новгородцев, после чего одни опальные были казнены, а другие выселены из Новгорода. Московский великий князь, завершает свой рассказ летописец, «приведе из Новгорода боле седми тысящ житих людей — иных думцев (участников заговора. -Р. С.) много Яков пересече и перевешал». На основании новгородских писцовых книг можно установить, что земель в Новгороде лишилось более 1000 новгородских бояр и житьих людей. В среднем семья насчитывала 6-7 человек. Следовательно вместе с опальными из Новгорода было выселено до 7000 человек. Все это подтверждает достоверность летописных сведений. Приведенные летописи не сообщают о наделении ссыльных новгородцев землями в Москве.
В московской летописи по «Списку Царского» можно найти дополнительные сведения о ссылке новгородцев, но тут происшедшее оценивается под иным углом зрения: великий князь московский перевел новгородцев «всех голов больши тысячи, и жаловал их на Москве, давал поместья… а в Новгород Великий на их поместья послал московских многих… детей боярских…» Приведенное свидетельство дало основания для вывода о том, что в большинстве опальные новгородцы стали помещиками московских уездов. (В. Б. Кобрин). Критический анализ источника обнаруживает уязвимость такого вывода. Известие, помещенное в «Списке Царского», слишком тенденциозно, чтобы доверять ему. «Список Царского», датируемый началом XVI в., служил продолжением Софийской I летописи. Автор «Списка Царского» утверждал, что московские служилые люди были присланы в Новгород на «поместья» новгородских бояр. Летописец не знал, что до завоевания Москвой никаких поместных земель в Новгороде не было, а местные бояре владели вотчинами. Автор «Списка Царского» писал в то время, когда в Новгороде безраздельно господствовало поместье, а вотчинные времена были основательно забыты. Неосведомленность летописца очевидна.