Как следует из текста «Чина поставления и венчания Дмитрия Ивановича», государь произнес такую речь: «ныне благословляю при себе и опосле себя великим княжеством Владимирским и Московским и Новугородцким и Тверским» внука Дмитрия, которого мне «дал Бог в сына моего место». Намерение отнять титул новгородского князя у коронованного князя Дмитрия и передать его удельному князю было незаконным со всех точек зрения. Прямое противодействие этому решению оказали не только верхи-бояре, но и народ.
В начале 1499 г. Иван III направил послов к псковским посадникам с объявлением, что «де я, князь великий Иван сына своего пожаловал великого князя Василия, дал емоу Новгород и Псков». Посадники и вече категорически отказались подчиниться указу государя. Они спешно отрядили полномочных послов в Москву и заявили. Что будут подчиняться лишь тому великому князю, который занимает московский трон: «а которой бы был великий князь на Москве, тои бы и нам государь». В этом псковичи видели гарантию независимости псковской республики. Главное требование псковского веча состояло в том, чтобы Иван III с внуком, которому псковичи принесли ранее присягу, «держали отчиноу свою (Псков. — Р.С.), а в старине». Переговоры в Москве были долгими и трудными. Посадники упорно ссылались на «старину» и присягу. Наткнувшись на противодействие, Иван III велел бросить двух посадников в тюремную башню. При этом он заявил: «Чи не волен яз в своем вноуке и оу своих детех. Ино кому хочю, тому дам княжество». По приказу государя в Псков выехал новгородский архиепископ Геннадий, чтобы отслужить службу «за князя великого Василья». Псковичи не проявили никакого уважения к своему пастырю и не дали ему служить в соборе, сказав, что не имеют «к тому веры, что быти князю Василью великим князем новгородским и псковским». Лишь после того, как Иван III прислал в Псков своего личного представителя боярина И. Чеботарева и торжественно обещал держать свою отчину по старине, псковское вече смирилось. В сентябре арестованные посадники были отпущены из Москвы.
Боярская дума не желала допустить раздела государства между соправителями, потому что сознавала опасность повторения смуты, едва не погубившей Московское княжество во второй четверти XV в. Помимо того, осуществление планов Ивана III затрагивало материальные интересы членов думы. Переход Новгорода под управление удельного князя Василия неизбежно должен был привести к переделу земельных богатств, отнятых казной у новгородских бояр.
Сразу после победы над новгородцами братья потребовали от Ивана III произвести раздел завоеванных территорий, что соответствовало удельным традициям. Получив отказ, удельные князья подняли мятеж. Позднее в пределах Новгородской земли было образовано удельное княжество, переданное князю Федору Бельскому, выехавшему из Литвы в Москву в 1482 г. Столицей удела стал город Демон, считавшийся «вотчиной» Бельского. Кроме того, он получил волость Мореву и много других волостей, по-видимому, в кормление. Бельский недолго владел новгородским уделом. Не доверяя ему, Иван III перевел его с западной границы на восток в городок Лух, где для него было образовано новое удельное княжество.
Московская знать помогла великому князю овладеть Новгородом и на этом основании потребовала своей доли в добыче. Аристократия управляла Московской землей вместе с монархом. В Новгороде она претендовала на ту же роль. Первостатейная московская знать получила в Новгородской земле самые обширные владения. Казна передала главе московской боярской думы князю И. Ю. Патрикееву и его сыну более 500 обеж, трем братьям Захарьиным — около 800 обеж.
Крупные владения были выделены влиятельным членам думы князю С. Ряполовскому, А. Челяндину, дворецкому Русалке-Морозову, новым правителям Новгорода наместнику князю С. Ярославскому, новгородскому дворецкому И. Волынскому и другим.
Московская аристократия владела пожалованными землями и кормлениями на протяжении одного-двух десятилетий. Если бы московскому боярству удалось удержать полученные богатства, его могущество достигло бы небывалого уровня. Но этого не произошло.
Историки давно обратили внимание на странный парадокс. К концу XV в. пожалованные новгородские земли были отобраны не только у опальных бояр, но и у прочей московской знати, включая таких фаворитов, как бояре Челяднины или Захарьины. Факты позволяют объяснить непонятный казус.
Передача Новгорода Василию не была формальным актом. Иван III прибегнул к экстраординарной мере, чтобы вывести Новгородскую землю из под контроля Боярской думы. Бояре и прочие знатные люди, присягнувшие на верность Дмитрию-внуку и продолжавшие служить ему в Москве, должны были покинуть владения удельного князя Василия. Таким образом Боярская дума имела веские причины возражать против неоправданного решения Ивана III. Спор между монархом и его думой разрешился кровью. В течение многих лет Боярскую думу возглавлял двоюродный брат государя князь И.Ю. Патрикеев. Он носил боярский чин в течение 40 лет, из которых 27 занимал пост наместника московского (этот пост он унаследовал от отца). Когда строители приступили к починке старого великокняжеского дворца, Иван III переселился на подворье к Патрикееву. К кругу высших руководителей государства принадлежал зять Патрикеева князь С. Ряполовский, за особые заслуги получивший титул «слуги и боярина».
31 января 1499 г. самодержец велел арестовать И.Ю. Патрикеева, двух его сыновей Василия и Ивана и зятя С. Ряполовского и предать их смертной казни. Благодаря «молениям» митрополита Патрикеевы избежали смерти. Их постригли «в железах» (в кандалах) и разослали по монастырям в заточение. «Слуга» Ряполовский был обезглавлен палачом на льду Москвы-реки на пятый день после ареста.
В XV в. боярское землевладение заметно выросло, что упрочило могущество знати. Но одновременно с образованием крупных земельных богатств происходил интенсивный процесс дробления вотчин. Приметой кризиса было появление внутри высшего сословия новой категории служилых людей, получивших наименование «детей боярских». Термин «сын боярский» указывал прежде всего на несамостоятельное, зависимое положение человека в качестве младшего члена семьи, поскольку при традиционном строе русской семьи власть родителя в отношении сына была исключительно велика. Власть отца опиралась еще и на то, что из его рук сын получал наследственные земельные владения — отчину. Браки заключались в раннем возрасте (в 15 лет и ранее), а потому в боярской семье появлялось несколько взрослых сыновей до того, как глава семьи достигал старости. «Дети боярские» не обязательно были безземельными. Они в любой момент могли получить долю в наследственной вотчине, пожалование от князя, могли, наконец сами купить землю. Однако при наличии многих детей в боярских семьям и многократных разделах вотчин недостаточная обеспеченность землей стала самой характерной чертой для новой социальной группы.