В 1504 г. в Москве был созван священный собор, осудивший вольнодумцев на смерть. В Москве запылали костры. Сожжению подверглись брат Федора Курицина дьяк Иван Волк Курицын и несколько других лиц. В Новгороде были сожжены архимандрит Юрьева монастыря Касьян с братом, помещик Н. Рукавов и другие.
Одним из главных центров духовенства на Руси был Кирилло-Белозерский монастырь. Обитель поддерживала давние связи с Византией. В ее стенах собрались известные книжники. При Иване III большую известность приобрел кирилловский старец Паисий Ярославов, прославившийся своим подвижничеством. Решив низложить Геронтия, государь просил Паисия принять сан митрополита, но тот отказался от такой чести. Учеником Паисия был Нил Сорский. Нил, в миру Николай, происходил из дьяческой семьи Майковых, близкой ко двору Ивана III. Дьяки — великокняжеские чиновники, будущая бюрократия, принадлежали к самой образованной части русского общества. После пострижения Нил совершил путешествие на Афон в Грецию, а, может быть, в Палестину. Там он близко познакомился с идеями исихазма. Благодаря трудам Геронтия Паламы идеи исихазма приобрели исключительное значение в византийском религиозном сознании в XIV в. Не внешняя мудрость, — учили исихиасты, а внутреннее самоуглубление открывает путь к истине. Погружение в себя дает состояние покоя (исихия), «фаворского света», то есть общения с Богом. На Руси идеи Паламы стали известны сравнительно рано. Но в то время почвы для восприятия его мистических теорий тут еще не было. Исихазм стал достоянием русской религиозной мысли благодаря Нилу Сорскому. Нил не касался темы «фаворского света» и не цитировал Григория Паламу. Он не был паламитом, и его исихазм невозможно полностью отождествить с какой-то одной из византийских школ. «Исихия» Нила восходила к опыту древних византийских монахов-отшельников и к идеям продолжателя их рода Григория Синаита. В центре монашеской жизни, по Нилу, стоит молитва, как средство борьбы с искушениями и греховными помыслами, тщеславием и гордыней. Ответом на соблазны являются «умное делание», «сокрушение», «слезный дар». «Глубочайшее чувство собственной греховности, проникающее всего человека, одно может признавать милость Божию, которая и дарит исихию — в этом суть учения Нила». (Ф. Лилиенфельд). По возвращении с Афона Нил основал скит на реке Сорке (отсюда прозвище Сорский) в окрестностях Кирилло-Белозерского монастыря. На Руси давно были известны пустыни-скиты, но лишь Нил дал им теологическое обоснование. Сочинения Сорского на первый взгляд кажутся причудливой мозаикой, сотканной из цитат. Но ближайшее рассмотрение показывает, что это — «говорение своего чужими словами», — когда эти слова воплощают пережитое и воплощенное в личном аскетическом опыте. Примечателен устав от Нила Сорского — поучение в монашеской жизни, «итог его пути покаяния». Нищета, в глазах пустынника, была верным путем для достижения идеала духовной жизни. «Очисти келью твою, — учил старец, — и скудость вещей научит тя (тебя) воздержанию. Возлюби нищету, и нестяжание, и смирение». Монахам надлежит жить в нищете и кормиться плодами своих трудов. «Телесное» служит приготовлением к погружению в духовную жизнь. «Телесное» подобно листьям, тогда как духовная жизнь — плоды дерева. Без «умного делания» телесное — «лишь сухие сосцы». Завещание Нила проникнуто духом самоотречения и смирения. «Повергните тело мое в пустыне, — наказывал старец ученикам, — да изъядят е(го) зверие и птица, понеже согрешило есть к Богу много и недостойно погребения».
Современником Ивана III был другой подвижник русской церкви Иосиф Волоцкий (в миру Иван Санин). Иосиф происходил из мелких дворян Волоколамска. В молодости он принял пострижение от старца Пафнутия в Боровском монастыре и стал его преемником. Пафнутьев монастырь был семейной обителью Ивана III. Санина ждала блестящая карьера, но он покинул Боровск и в 1479 г. уехал в родной Волоколамск, столицу удельного князя Бориса Васильевича. Там он основал Волоколамский монастырь. Подобно Нилу, Иосиф отвергал стяжательство (накопление богатств) как средство личного обогащения. Но он решительно отстаивал богатства монастырской общины, видя в этих богатствах средство милосердия и благотворительности. В Волоколамском монастыре с наибольшей полнотой были осуществлены принципы общинножительства иноков (принципы киновия, коммуны). Волоцкий обладал приятной внешностью и звучным голосом, был равнодушен к удобствам жизни и довольствовался заплатанной рясой. Он проявлял редкую заботливость о своих сподвижниках и учениках, зато его непримиримость и жестокость к идейным противникам не знала границ. Много энергии Иосиф тратил на то, чтобы приобрести земли для своего монастыря и скопить денежные богатства. Обители надлежало принимать «села» (вотчины) у богатых, чтобы благотворить нищим. Это правило было для Иосифа руководством к действию. При частых неурожаях Иосифо-Волоколамский монастырь раздавал хлеб тысячам обедневших крестьян и нищих, спасая их от голодной смерти. «Киновий» Иосифо-Волоколамского монастыря был большим достижением для своего времени. Обитель отражала особенности личности своего основателя. Усилия монастырских старцев были направлены на поддержание внешнего благочестия и безусловного послушания. Иноки находились под неусыпным наблюдением игуменов и старательно следили друг за другом, «монастырская дисциплина смиряла энергию характера, сглаживала личные особенности, приучала к гибкости и податливости и вырабатывала людей, готовых поддерживать и распространять идеи основателя монастыря». (П. Н. Милюков). Ученики Иосифа усвоили и довели до крайних пределов такую черту своего учителя, как начетничество. «Всем страстям мати — мнение, мнение (самостоятельная мысль) — второе падение (грехопадение)» — так сформулировал свое кредо один из учеников Волоцкого. Отсутствующую мысль — «мнение» — осифлляне компенсировали цитатами, которые всегда имели «на кончике языка». Суть христианства начетчики видели не в познании и размышлении, а в устройстве жизни в соответствие с догматически истолкованными священными текстами.
Представление о полной отрешенности белозерских монахов от жизни общества и внутрицерковных политических катаклизмов времени не вполне точно. Когда Иван III вздумал низложить Геронтия, он далеко не случайно предложил сан митрополита Паисию Ярославскому, учителю Нила и других заволжских старцев. Некоторое время спустя Паисий по настоянию государя возглавил Троице-Сергиев монастырь. Игумены этой обители играли заметную роль во внутрицерковной жизни России. Знатные постриженники Троицы не желали подчиняться принципам, которые исповедовали заволжские старцы, и Паисию пришлось оставить монастырь. По словам современника, иноки из князей и бояр не желали ему повиноваться и даже хотели его убить.
Иван III искал союзников среди заволжских старцев, так как их принципы могли быть использованы для оправдания секуляризационных устремлений светской власти. Вопрос об отчуждении церковных вотчин приобрел актуальность после покорения Новгорода. Новгородский опыт неизбежно должен был породить споры в среде русского духовенства. Отчуждение вотчин у Новгородского Софийского дома в 1478 г. казалось вполне оправданным, тем более, что эта мера была проведена по предложению боярского правительства Новгорода. Труднее было объяснить посягательства на богатства церкви через 20 лет после того, как в Новгороде водворилась московская светская и церковная администрация. Присланный из Москвы архиепископ Геннадий решительно возражал против грабительских мер казны. При нем в Софийском доме был составлен синодик, грозивший церковным проклятием всем «начальствующим», тем кто обижает святые Божии церкви и монастыри и отнимает у них «данные тем села и винограды».
Возникновение «нестяжательского» течения церковной мысли связывают с собором 1503 г. Однако суждения об этом соборе затруднены из-за неудовлетворительного состояния источников.
Достоверно известно, что собор был созван в столице для решения неотложных церковных дел. Сохранились два соборных приговора. Первый из них, датированный 6 августа 1503 г. свидетельствует о том, что великие князья Иван III и Василий, «поговоря с митрополитом» и священным собором, решили отменить церковные пошлины по случаю поставления иерархов и священников на должность. В сентябре того же года оба государя утвердили другой приговор священного собора, запрещавший вдовым попам служить в церкви и грозивший лишить чина тех, кто держал наложниц.