Однако покорение Египта протекало не так гладко. Осенью 1798 г. оккупанты столкнулись с актами неповиновения в нескольких провинциальных городах{70}, но особенно болезненной неожиданностью для них стало восстание в Каире (октябрь 1798 г.). Оно было жестоко подавлено, а те шесть служителей культа, которых французы считали его предводителями, казнены.
Несмотря на все трудности похода, французы не оставляли идеи поколебать английское владычество в Индии. В архиве Министерства иностранных дел Франции хранится проект похода в Индию, написанный, очевидно, в начале 1799 г. Возможно, автором этого документа является Йозеф Феликс Лазовски (1759-1812), участник экспедиции в Египте, до ее начала отправленный с миссией в Стамбул (в описи указано авторство некого Félix). В этом документе автор отмечает, что, исходя из нынешнего положения армии Востока, перед Бонапартом стоит две задачи: удержать Египет и нанести удар по позициям англичан в Индии, предприняв поход туда через османские, персидские и могольские земли. По мнению составителя этого документа, французские войска найдут поддержку среди населения этих стран, и данный поход будет успешным{71}. Кроме того, османские войска угрожали вторжением в Египет со стороны Сирии, а потому зимой 1799 г. Бонапарт начал поход в Палестину{72}. Однако эта кампания оказалась в целом крайне неудачной, несмотря на ряд побед французов и взятие ими городов: местное население, на поддержку которого рассчитывал Бонапарт, не перешло на сторону завоевателей и более того, оказывало им упорное сопротивление. Так, горожане средиземноморского порта Яффа отказались сдаваться французам, из-за чего началась страшная резня, когда завоеватели все же овладели городом. А осада Акки{73}, длившаяся с 20 марта по 21 мая 1799 г., вообще закончилась для французов поражением. Страдающая от чумы, тяжелых климатических условий и ожесточенного сопротивления жителей, поддерживаемых английским флотом, поредевшая французская армия отступила в Египет в конце мая 1799 г. В середине июля 1799 г. уже османские войска с помощью английского флота предприняли попытку высадиться в Египте. Однако 25 июля они были разгромлены Бонапартом в сухопутном сражении у Абукира. Несмотря на эту победу, Бонапарт вскоре оставил свою армию и тайно отплыл во Францию.
Новым главнокомандующим армии Востока стал генерал Клебер, который, оценив нерадостное состояние и перспективы французских войск в Египте, принял решение об эвакуации оттуда. Вступив в переговоры с османами при посредничестве англичан, Клебер достиг с ними соглашения, и 23 января 1800 г. был подписан эль-Аришский договор, по которому французы в течение трех месяцев должны были беспрепятственно покинуть Египет на османских судах. Однако в марте Клеберу стало известно, что англичане, державшие Египет в морской блокаде, не намерены так просто выпустить извечных соперников из страны. В результате перемирие было нарушено, и османская армия, находившаяся в то время уже на подступах к Каиру, столкнулась с Восточной армией в битве у Гелиополиса 20 марта 1800 г. Малочисленные войска французов одержали блестящую победу над османами, превосходившими их по численности в несколько раз{74}.
Фактически после этого сражения французы вновь начали завоевание Египта. Тем не менее сразу вслед за битвой жители Каира подняли второе крупное восстание против французов, длившееся месяц - оно также было жестоко подавлено оккупантами, а на жителей была наложена огромная контрибуция. Однако генералу Клеберу, взявшемуся за преобразования в оккупационной администрации, не было суждено долго управлять Египтом - 14 июня 1800 г. он был убит сирийцем Сулейманом. Последнего за столь дерзкое преступление ждал трибунал и мучительная смертная казнь.
Новым главнокомандующим армии Востока стал генерал Жак Мену, который твердо был намерен превратить Египет во французскую колонию и удержать ее. Однако столь оптимистичный настрой разделяли немногие - армия устала от тяжелых условий пребывания в стране и была деморализована, Мену не находил поддержки у многих генералов, к тому же в марте 1801 г. англичане высадились в Египте, а из Сирии пришла новая армия султана. В результате ряда стратегических ошибок Мену оказался блокирован с небольшим воинским контингентом в Александрии, которую оборонял до 30 августа, после чего капитулировал. Осенью 1801 г. французские войска покинули Египет на британских кораблях. Египетская авантюра генерала Бонапарта закончилась.