Где-то в 1347 году Изабелла дала монастырю кларитинок или минориток за Олдгейтом право пользования бенефициями с трех церквей. Кларитинки были женской ветвью францисканского ордена, а этот монастырь основал Эдмунд Горбун, граф Ланкастерский, отец графов Томаса и Генри, в 1293 году; его сердце было захоронено под главным престолом. Горбун был вторым мужем Бланш д'Артуа, бабушки Изабеллы с материнской стороны, и именно она учредила орден кларитинок в Англии. Понятно, почему Изабелле хотелось покровительствовать этой организации.
После падения Кале Англия и Франция договорились о перемирии, а в сентябре 1348 года его пришлось продлить из-за опустошения, которое принесла прокатившаяся по обеим странам эпидемия чумы, известная как Черная Смерть. Но все-таки оставалась надежда достичь мирного соглашения, и Филипп VI предложил, чтобы королева Изабелла и Жанна д'Эвре, вдовствующая королева Франции, выступили в роли посредниц. Он предложил им встретиться на полпути между Кале и Булонью, чтобы обсудить условия соглашения — но Эдуард не принял этого предложения. Он знал, что у его матери во Франции дурная репутация, и понимал, что ее вовлечение в процесс мирных переговоров ничем хорошим для него не кончится. Вместо этого он послал молодого графа Ланкастерского, Генри Гросмонта, тогда как Филипп отказался от идеи послать королеву Жанну и заменил ее графом д'Э.{1897}
Изабелла пережила чуму, которая продолжалась до 1349 года. У нас нет сведений о ее местонахождении — но она, вероятно, тихо жила за городом, скорее всего, в замке Райзинг, или переезжала с места на место, чтобы избежать поветрия. Таким образом, она была свидетельницей одного из наиболее катастрофических эпизодов английской истории, поскольку Черная Смерть уничтожила огромную часть населения и навсегда изменила социальные порядки в Англии. Не обошла беда и королевское семейство — чума унесла пятнадцатилетнюю внучку Джоан, вторую дочь короля, когда та ехала через Гасконь на собственное венчание.
Приблизительно в 1350 году Изабелла, должно быть, страдала от приступов недомогания, поскольку в январе 1351 года лондонский врач или аптекарь Бартоломью Томасин был вознагражден за свою службу королю Эдуарду, королеве Изабелле и королеве Филиппе — он получил полноту привилегий от города Лондона.
То, что Изабелла все еще пользовалась значительным влиянием на короля, стало ясно в январе 1354 года, когда Карл, король Наваррский, внук Людовика X и Маргариты Бургундской, после убийства коннетабля Франции искал защиты против преемника Филиппа VI, Иоанна II. Он письменно обратился к Эдуарду III, принцу Уэльскому, и Генриху, графу Ланкастеру. Герцог дипломатически написал в ответ, что он слишком занят, чтобы прийти на помощь именно теперь, но что он разослал копии письма Карла королю, принцу Уэльскому, королеве и королеве-матери, и ждет от них известий. Способствовала ли Изабелла тому, чтобы Эдуард склонился поддержать Карла, мы не знаем, но он это сделал и таким образом нарушил условия мира, который недавно заключил с королем Иоанном, что привело к возобновлению войны.{1898}
В мае 1354 года Изабелла совершила еще один из немногих своих политических шагов, когда по просьбе папы уговорила Эдуарда III освободить герцога Бретонского, которого тот удерживал в заложниках.
В том же году Эдуард отменил приговор, вынесенный Мортимеру, на том основании, что последнему не удалось выступить в свою защиту, и вернул его внуку, также Роджеру Мортимеру, титул графа Марки. В 1368 году упомянутый Роджер, с 1350 года бывший одним из самых блестящих кавалеров двора, женился на внучке короля, Филиппе Кларенс. В 1398 году их внук, граф Роджер-четвертый, станет признанным наследником Ричарда II. Его потомки основали королевскую династию Йорков, которая занимала трон Англии с 1461 по 1485.
В жилах нынешней английской королевы, Елизаветы II, течет кровь Роджера Мортимера и Изабеллы Французской.
Изабелла провела Рождество 1354 года в замке Беркхемстед, в компании своего внука, принца Уэльского.
Следующей весной она получила печальные вести: ее дочь Элинор, герцогиня Гельдернская, умерла в нищете в возрасте тридцати семи лет. Ей пришлось править герцогством, пока ее драчливый старший сын не достиг совершеннолетия, но он, войдя в возраст, возмутился ее попытками уладить миром его отношения с братом и конфисковал все ее имущество — то, что Изабелла испытала на собственном примере. Но с Элинор судьба обошлась хуже: ее никто не восстановил в правах, и она доживала оставшиеся ей годы в цистерцианском аббатстве, слишком гордая, чтобы просить помощи у своего брата Эдуарда III.