Но все получилось иначе. Рузвельт в последующие два года попал во внутриполитические трудности и был вынужден впервые терпеть большие поражения. Его отношение к конгрессу, несмотря на преобладание в нем демократов, носило нормально-традиционный небесконфликтный характер, свойственный отношениям между президентом и конгрессом. Со спадом предвыборной движущей силы стал наблюдаться и спад размаха реформ, и с некоторой уверенностью можно было предположить, что третье переизбрание в 1940 году — беспримерное нарушение американской традиции — исключалось, если бы Рузвельт в связи со второй мировой войной не получил новую руководящую роль.
Первый и самый тяжелый конфликт был связан с ним самим, он возник из смешения переоценки самого себя и ошибочной оценки политической ситуации в стране. Рузвельт в год выборов 1936 года постоянно думал, хотя никогда не говорил о том, как бы ему навязать третьей власти, Верховному федеральному суду, свою политическую волю, чтобы помешать разрушать «Новый курс». Для Рузвельта было вполне допустимым, что суд и закон о новом порядке трудовых отношений, и закон социальной защиты также может объявить не соответствующими конституции. В своей крупной победе на выборах Рузвельт видел убедительный демократический мандат доверия своей политике, он усиливал осознание своей миссии. И оправдание перед самим собой и американским народом своей неожиданной нападки на суд, которую он начал, конечно, с политической ошибки, не по этикету. Без предварительной подготовки общественности и без согласования с ведущими руководителями своей партии он 5 февраля 1937 года представил конгрессу законопроект реформы федеральной юстиции, который, между прочим, разрешал президенту для каждого судьи Верховного суда в возрасте свыше 70 лет, добровольно не ушедшего в отставку, назначить дополнительного судью, пока состав Верховного суда не достигнет 15 судей. Все в целом было основано на слабых доводах.
На страну словно обрушился гром. Вскоре стало ясно, что этот план Рузвельта не только сенат и палату представителей, но и демократическую партию, наконец, и всю страну разделил надвое. Довольно большая часть населения считала это посягательством на хранителей конституции, гарантию правовой государственности, которое угрожало американской конституционной системе с ее независимыми судами. Для Рузвельта дело осложнилось еще тем, что в это же самое время профсоюзы пытались путем сидячей забастовки вынудить предпринимателей признать их организацию, что для многих американцев казалось концом законности и порядка. Хотя Рузвельт использовал все силы и средства, чтобы конгресс пошел на уступки, и объяснял стране действительные мотивы законопроекта, он не мог добиться большинства голосов в обеих палатах, этому решительно способствовал и сам суд, потому что он в эти месяцы — было ли это сделано в связи с актуальным политическим давлением, до сегодняшнего дня остается спорным — сделал решающий поворот. В ряде своих решений он объявил законы «Нового курса» — в частности Акт Вагнера и закон о социальной защите — соответствующими конституции, предоставив федеральным законодателям и парламентам отдельных штатов поле деятельности, в чем им ранее отказывали. Кроме того, Рузвельт получил право с мая 1937 года определять на должность пять «либеральных», в американском смысле этого слова, судей в связи с отставкой или в случае смерти. Итак, можно было бы согласиться с собственной оценкой Рузвельта, что он проиграл битву, но выиграл войну, если не принимать во внимание влияние битвы на сторонников Рузвельта в конгрессе и в собственной партии.
Осенью 1937 года в медленно выздоравливающей экономике вдруг наступил временный спад и она на год оказалась в такой ситуации, которую враги президента назвали «рузвельтовской депрессией». В то время как безработица летом 1937 года составила 4,5 миллиона, достигнув самого низкого уровня периода «Нового курса», то в ноябре 1937 года эта цифра подскочила до 9 миллионов, а в январе 1938 года до 11 миллионов. Одновременно упали цены на сельскохозяйственные продукты, частный спрос снизился и капиталовложения значительно сократились. Рузвельта критиковали слева и справа. Одна сторона утверждала, что сокращение рузвельтовской программы по борьбе с безработицей и уменьшение кредитов федеральной резервной системы летом 1937 года стали причиной депрессии; другая сторона снова видела причину бедности в чрезмерном государственном регулировании и создавшемся вследствие этого недоверии к деловому миру. Двусторонние упреки в виновности достигли новой остроты. Наконец, Рузвельт потребовал и получил в марте 1938 года три миллиона долларов для новой программы по борьбе с безработицей, с середины 1938 года начался снова медленный экономический подъем, в 1939 году валовой национальный продукт превзошел уровень лучшего до того времени 1937 года.