Более семи лет он занимал этот пост, являясь самым молодым статс-секретарем в военно-морском министерстве, до сих пор в этом возрасте такой пост никто не занимал. Хотя Рузвельт никогда не был во властных, решающих структурах правительства Вильсона, он имел хорошие контакты с президентом, но нерегулярные; горизонт его деятельности, интересов, опыта расширялся чрезвычайно; его замечательная способность (приобретенная в первой предвыборной борьбе) расти по мере решения новых и новых задач становилась все более ярко выраженной. При этом его честолюбие не ограничивалось только тем, чтобы набить себе руку в управлении аппаратом огромного министерства. Он никогда не упускал из виду политический аспект этой должности, работу в министерстве рассматривал как возможность проверить пригодность и как трамплин для дальнейшей политической карьеры. Если он об этом на какой-то момент забывал, то ему об этом напоминал его консультант Луис Хау — личность чрезвычайно гадкая, отталкивающая, грязная, но в политическом отношении отмытая дочиста. С 1912 года свою цель жизни он видел в том, чтобы сделать Франклина Д. Рузвельта президентом США.
С самого начала Рузвельт пытается выйти за рамки традиционной компетенции своей должности: ответственность за гражданский персонал на верфях и в портах флота США, координация гражданских и военных должностей и ежегодное планирование бюджета. Он пытался по возможности включаться во все вопросы. На этой первой позиции он имел дело в основном с тремя общественными группами: адмиралами, предпринимателями и профсоюзными лидерами. С адмиралами у него почти не было проблем, Рузвельт был статс-секретарем в их вкусе. Он любил корабли и до вступления в должность имел удивительные знания в вопросах флота. Прежде всего высказывался за великий и боеспособный флот, и американская военно-морская лига должна была быть им довольна. Рузвельт вел с уважаемым им морским стратегом Мэхэном переписку и был полностью согласен с его концепцией безопасности, предусматривающей защиту континентальных границ США: возможное нападение должно быть отражено далеко от берегов США, контроль за безопасностью на морях обязан гарантировать безопасность страны и одновременно защиту и свободу ее внешней торговли. Свои инспекции верфей и портов на побережье США он организовывал регулярно как рекламные мероприятия для прессы в интересах флота, что, конечно, делало его самого более известным.
И в контактах с предпринимателями и лидерами профсоюзов Рузвельт показывал превосходное умение в обхождении, хотя считалось, что это было направлено на преодоление объективных противоположностей интересов. Рузвельт был заинтересован в большем количестве кораблей и качественном вооружении при низких по возможности затратах. Предприниматели хотели с большей выгодой продавать все это флоту, профсоюзные деятели добивались более высоких заработков и хороших условий труда для судостроителей. Рузвельт мог добиться согласия с профсоюзами политикой длительных переговоров и открытых дверей — они в любое время имели к нему доступ, — а также путем отказа добиваться, например, в гражданском секторе флота жесткой системы контроля рабочих мест. В конце своей службы Рузвельт с гордостью ссылался на тот факт, что на верфях и в гаванях флота не было больших забастовок.
Самые большие трудности ему доставляли предприниматели. Рузвельт от имени американского налогоплательщика вел рекламно-действенный поход за экономию и бережливость в снабженческой деятельности. Он хотел содействовать тому, чтобы военный флот, как один из самых крупных заказчиков стали и угля, спаржи и зубной пасты, путем договоренности о ценах и других неприятных для рынка манипуляций не давал предпринимателям и концернам получать сверхприбыли. Это приводило к конфликтам и слушаниям в комитетах конгресса, особенно когда нарушители закона мобилизовывали своих местных депутатов и сенаторов против министерства. То, что Рузвельт все же не терял свой кредит доверия у предпринимателей, было частично заслугой его начальника, военно-морского министра Даниелса, который как убежденный пацифист и заклятый враг концернов и экономической концентрации власти в этих вопросах мыслил значительно радикальнее и охотнее всего вложил бы большую часть производства оружия в руки государства, тогда как Рузвельт во время первой мировой войны, по существу, ничего не изменил с частным производством военной продукции.