Франсиско было пять с половиной лет, когда 3 июля 1898 года Испания потерпела от Соединенных Штатов тяжелое поражение на море под Сантьяго-де-Куба. Она лишилась остатков империи — Кубы, Пуэрто-Рико и Филиппин. Хотя маловероятно, чтобы в таком возрасте он понимал, что происходит вокруг, катастрофа подобного масштаба не могла не оказать глубокого воздействия на маленький гарнизонный городок, каким был Эль-Ферроль. Многие из его школьных друзей потеряли на войне родственников и ходили в трауре. В городе появились инвалиды. Еще важнее то, что, став кадетом, он окунулся в атмосферу, царившую в армии с 1898 года. Поражение приписывали предательству политиков, которые бросили флот и армию в бой без необходимого материального обеспечения. Однако то, что значительно лучше оснащенным вооруженным силам США потребовалось целых три месяца, чтобы одолеть устаревший испанский флот, убедило Франко, что смелость и отвага стоят сотен тонн самого лучшего снаряжения18.
Поражение 1898 года непосредственно касалось Франко в связи с сокращением бюджетных ассигнований на военные нужды. Административная школа ВМФ (Escuela de la Administracion naval) — промежуточный пункт на пути мальчиков семейства Франко на флот — в 1901 году была закрыта. Тогда в семье решили, что Николас и Франсиско будут готовиться к вступительным экзаменам в плавсостав ВМФ (Cuerpo General de la Armada). Ради этого они поступили в местную школу — колледж Священного Сердца. В то время отец еще жил с ними, и Франсиско был, по свидетельству сверстников, видевших его вне дома, работягой: «очень хорошо рисовал, к этому у него были большие способности... а вообще парень был средний. Под настроение веселился, но с малых лет был очень уравновешен»19. На вид он был болезненный и такой худой, что товарищи прозвали его «спичечкой» (cerillito). Дома же сестра поражалась тому, как Франсиско подражал спокойной серьезности матери. Он был послушным и любящим мальчиком, правда, робким, грустным и необщительным. Уже в то время от него трудно было ожидать непосредственности. Он очень следил за своей внешностью, и эта черта осталась у него на всю жизнь. Уже тогда он казался старше своих лет, а его упрямство, неискренность и осторожность бросались в глаза. Одним из ближайших друзей его детства был двоюродный брат Рикардо де ла Пуэнте Баамонде, который в 1936 году будет казнен в Марокко, и Франко даже не попытается спасти его20. Будучи подростком, Франсиско проявлял нормальный интерес к девочкам. Ему нравились стройные брюнетки, в основном из числа школьных подруг его сестры. Он посвящал им стихи и почувствовал себя униженным, когда стихи показали сестре21.
Потеря Кубы серьезно обострила политическую обстановку в стране. Вновь подняли голову сепаратисты Каталонии, в среде армейского офицерства все более популярным становилось мнение о необходимости провести в Марокко колониальную акцию, взяв таким образом реванш за поражение на Кубе. Оба эти фактора могли сыграть роль взрывчатки и детонатора. Продемонстрированное Испанией бессилие на международной арене пошатнуло доверие каталонской элиты к центральному правительству. Экономика Каталонии была ориентирована на кубинский рынок, и прежде скрываемое раздражение на власти Мадрида, которые намеренно препятствуют динамичному развитию этой провинции, вырвалось наружу и было озвучено в начале 1901 года каталонской партией Регионалистская лига (Lliga Regionalista)22. Поражение в войне с США и потеря Кубы создали в Испании атмосферу общей неуверенности и национального унижения. Особенно возмущены были военные, открыто обвинявшие политиков в предательстве. В этих условиях проявления сепаратизма только подливали масла в огонь — военные считали это шагом, ведущим к окончательному разрушению единства страны23.
В ноябре 1905 года в Барселоне три сотни настроенных против сепаратизма решительных молодых офицеров совершили нападение на редакции каталонского сатирического журнала «Ку-ку» (Cu-Cut) и газеты Регионалистской лиги «Голос Каталонии» (La Veu de Catalunya). Эта акция была горячо поддержана всем офицерским корпусом Испании, и правительство, видя это, не решилось прибегнуть к наказанию налетчиков и отвергнуть требования военных принять меры к тем, кто покушается на честь армии. В 1906 году политики уступили военным, желавшим оказывать влияние на политическую жизнь страны, и приняли Закон о юрисдикциях (Ley de Jurisdicciones) который причислил деяния против отечества, короля и самой армии к военным преступлениям, подлежащим рассмотрению военных судов24. Этот шаг значительно укрепил среди военных чувство превосходства над гражданским населением.