Но в 1903 году столь блистательная перспектива выглядела крайне маловероятной. И все же для семейства Франко, пребывавшего в чрезвычайно угнетенном состоянии духа, большим облегчением оказалось то, что, успешно сдав все экзамены, Франсиско и Пакон смогли присоединиться к Николасу в Военно-морской подготовительной школе в Эль-Ферроле. В возрасте двенадцати лет Франко оказался самым юным ее учеником. Хотя Пакон вспоминает, что «благодаря своей великолепной памяти» его младший кузен был способен «хорошо учиться, не слишком напрягаясь», Франсиско все еще испытывал трудности, пробивая собственную социальную нишу в обществе. Нередко находясь «в состоянии меланхолии или чрезмерной серьезности, он полностью замкнулся в себе, постоянно ощущая свою мнимую неполноценность, но всегда готовый, если ему бросали вызов, проявить почти агрессивное упрямство». Хотя Франсиско без колебаний мог прибегнуть к помощи заметно более крепких братьев, в школе он и сам яростно защищался, когда на него нападали. А учитывая повышенную обидчивость и чувствительность будущего диктатора, это вовсе не было чем-то необычным в его жизни.
Надеждам Франсиско последовать за братом Николасом в Военно-морскую академию был нанесен жестокий удар в 1907 году, когда правительство, обанкротившееся, кроме всего прочего, еще и из-за своих колониальных войн, отменило новый набор, еще более усилив в сознании Франко связь между поражением 1898 года и собственной судьбой. Восприняв национальную катастрофу как личное оскорбление, он на протяжении всей жизни таил обиду на гражданское правительство, которое, по глубокому убеждению Франко, безжалостно разрушило его шансы на продолжении карьеры на флоте. Более философски настроенный Пакон констатировал: «Тем из нас, кто жаждал попасть на флот, не оставалось другого выбора, кроме как пойти в армию».
И в конечном счете в 1907 году юный Франсиско отправился в Толедо для сдачи вступительных экзаменов в военную академию. Хотя до этого далекого, запыленного, исключительно сухопутного города предстоял долгий путь от Эль-Ферроля, как говорилось в пьесе Салома, дон Николас очень хотел вытащить Франсиско из семейного дома. Озабоченный тем, что «сын постоянно держится за юбку матери», он, обращаясь к жене, говорил: «Ему будет лучше вдали от нас, поверь мне». Отец сопровождал Франсиско в жаркой двухдневной поездке по пыльной дороге до Толедо и обратно. Франсиско, выросший из не слишком симпатичного ребенка в неуклюжего нескладного подростка, в четырнадцать лет был не более расположен к своему родителю, чем в четыре года. Дон Николас не воспользовался возможностью наладить более тесные отношения со средним сыном, который позднее будет вспоминать, что на протяжении всей поездки его отец оставался «строгим и жестким, сухим и не располагающим к общению человеком».
Несмотря на все объективные трудности, Франсиско с блеском сдал экзамены. После получения официального уведомления о своем успехе он провел остаток лета в Эль-Ферроле, расхаживая по улицам в кителе, красных брюках и с саблей пехотинца (предел мечтаний для четырнадцатилетнего мальчишки), отрабатывая военную выправку и военное приветствие. Он поступил в академию 29 августа 1907 года вместе с еще 381 абитуриентом, включая его друга детства Алонсо Вегу. Пакон, проваливший экзамен по черчению, присоединится к нему годом позже.
Отъезд Франсиско из дома на Калье-де-Мария совпал с разладом в семье. Всегда считалось, что к тому времени дон Николас получил продвижение по службе и отправился в Мадрид. Однако, согласно различным свидетельствам, которые представил Франсиско Мартинес Лопес, похоже, что поначалу дон Николас был переведен в Кадис. Однако куда бы ни перевели по службе дона Николаса, его жена и дети оставались в Эль-Ферроле. Принято считать — и сам Франко подтверждал это, — что он запрещал донье Пилар сопровождать его. Но супруга Пакона, Пилар де ла Роча, на которой он женился в январе 1942 года, позднее вспоминала, что семейная «проблема возникла, когда дон Николас получил назначение в Кадис, а его жена не захотела поехать с ним». В пьесе Салома тоже говорится, что донья Пилар отказалась покинуть Эль-Ферроль после того, как муж сказал ей следующую фразу: «В любом другом месте земли ты всегда будешь бедной необразованной провинциалкой, выставляющей напоказ свою набожность».