С 1567 г. Отман принимал активное участие в идейной и политической борьбе; прекратив разрабатывать проблемы гражданского права, он стал секретарем принца Конде — главы французских протестантов. С этого времени мыслитель в качестве политического публициста и в силу служебных обязанностей взял на себя труд по составлению или редактированию всех документов (включая воззвания и обращения), выходивших от имени Конде. В конце 60-х гг. он как королевский историограф прочно обосновался в Париже (после гибели своего покровителя в 1569 г.), приступив к изучению разнообразных архивных и рукописных материалов. В данный период формируется политическое учение Ф. Отмана и ведется подготовительная работа, предшествовавшая написанию «Франкогаллии».
Варфоломеевская ночь отразилась на ходе и характере протестантского движения, перевернув судьбы многих его участников. Отман чудом пережил кровавое событие, т. к. за день до начала резни пешком покинул Бурж, затем бежал сначала в Лион, а в 1573 г. в Женеву. В изгнании мыслитель узнал о смерти Мишеля де Лопиталя — давнего заступника и «последней жертвы Варфоломеевской ночи». В эти годы он опубликовал свои наиболее известные сочинения, в том числе «Франкогаллию». С 1576 г. возобновил преподавательскую деятельность, однако так и не сумел выбраться из бедности. Большим ударом для него стал переход сына в католицизм.
Заслуги Отмана перед протестантской партией не забыли; так, в 1584 г. он получил от короля Наваррского послание, подписанное «добрый и верный друг Генрих». Действительно, августейшему покровителю срочно потребовался полемический талант знаменитого публициста; в результате появился труд Отмана «О наследовании французского королевства» (1584 г.). Король Наваррский в благодарность сделал автора членом своего частного совета (1586 г.).
После Немурского эдикта и буллы папы мыслитель вновь взялся за перо, выступив в печати с обращенной ко всем французам пламенной речью в защиту правящей династии и установленных законов. Война с Савойей привела его в Базель, где Отман и умер 12 февраля 1590 г. Он был современником почти всех важнейших событий религиозных войн, в эмиграции проявив себя в новом качестве политического теоретика и одного из наиболее оригинальных писателей-полемистов XVI в. В Женеве и Базеле издавались все сочинения Ф. Отмана, посвященные проблемам политической науки, в том числе и весьма радикальные, запрещенные не только во Франции, но и за ее пределами.
Карьере политического публициста и ведущего идеолога протестантской партии предшествовала не менее блистательная судьба в юриспруденции. Данное обстоятельство оказало существенное влияние на подход Отмана к анализу политической теории и выработке аргументации. Формирование воззрений мыслителя на власть и общество пришлось на 60-е гг. XVI в.
Первым политическим сочинением Ф. Отмана является памфлет «Тигр», направленный против кардинала Лотарингского. В этом произведении мыслитель изложил претензии к Гизам и лично кардиналу со стороны протестантов и обойденных принцев крови. Соединение религиозных и политических обвинений стало для Отмана одним из излюбленных полемических приемов. Кроме того, в памфлете впервые проявилась продворянская позиция автора, выраженная в противопоставлении национальной элиты иноземной, принцев крови пришельцам-чужакам. Отман не уставал удивляться долготерпению Бурбонов и французской знати по отношению к узурпаторам, отнявшим власть у тех, кому она принадлежит по праву. По сути, автор выступил в роли подстрекателя дворянских междоусобиц. Отман пытался сохранить флер легитимизма, настаивая на том, что принцы крови должны как члены династии управлять страной.
Мыслитель предвидел политическую перспективу еще тогда, когда положение королевского дома было незыблемым, настойчиво обвиняя Гизов в стремлении захватить власть, отстранить от ее кормила национальное дворянство и сменить династию; все это, по мнению Отмана, свидетельствует о тираническом характере их действий.
В первом памфлете Отмана проявилась позиция, которой автор навсегда остался верен. Мыслитель раскрыл собственное понимание тирании, опираясь на анализ современной ему социальной и политической действительности. В отличие от подавляющего большинства крупных теоретиков XVI в. Отман выстраивал свои политические тезисы и аргументы не только на основании выдержек из произведений эллинистически-римского мира (напомним, опора на древность — привычный прием ренессансной политологии), но на материалах, отражающих исторический опыт родной Франции.