Главный удар либерал-демократы направили против католической церкви и армии. Обоснованные и в основном необходимые антиклерикальные мероприятия по ослаблению роли церкви в политической жизни испанского общества, приняли уродливые, порой, жестокие и бесчеловечные формы. Гонения на церковь спровоцировал военный министр республики Мануэль Асанья, обронивший в начале октября 1931 г. фразу о том, что Испания перестала быть католической. Анархо-синдикалисты вообще-то презирали либеральное правительство, но охотно принимали в качестве руководства к действию те заявления этого правительства, которые их устраивали. В католической церкви они видели олицетворение старого, подлежащего уничтожению мира и немедленно самым решительным образом откликнулись на провокационный призыв правительства.
На местах антицерковная пропаганда синдикалистов нашла отклик среди деклассированных элементов, соблазненных немалыми богатствами храмов. То, что борьба против «старого» сосредоточилась на борьбе против католической церкви, было закономерным. Нечто подобное происходило, например, столетием ранее в период третьей испанской революции, когда имело место массовое закрытие монастырей, но в XX в. размах и масштаб был иной. В октябре 1931 г. по всей стране прокатилась волна бесчинств, проявившихся в церковных погромах, поджогах, преследованиях священников. Эти экстремистские действия вызвали совершенно нежелательную для их организаторов обстановку в стране. По словам одного из современных исследователей этого периода испанской истории, «когда священников убивали во множестве… республика давала консерваторам необходимую им для духовного единения идейную платформу».
Правительство упорно старалось избегать конфликтов с анархистами, бывшими в Испании почти на протяжении семи-десяти лет «единственной мощной революционной силой, влияние которой нигде в мире так не ощущалось», и взирало на их бесчинства сквозь пальцы, но для огромного большинства испанцев церковь олицетворял сельский священник, крестивший, учивший, венчавший и отпевавший обитателей своего прихода. Он был неотделимой частью их жизни. Борьба с церковью означала для них борьбу с теми сторонами жизни, которые были для рядового испанца привычной и дорогой частью его духовного бытия. Испания, пропитанная католической обрядностью, привычная к почитанию предметов культа и людей, этот культ организующих, была до глубины возмущена происходящим. Образ обездоленного, гонимого священника стал первым знаменем, под которым объединились традиционалисты. С этого началось разочарование в республике для массы простых испанцев.
Церковные погромы привели к смене правительства, которое в знак протеста против антиклерикальной политики покинуло Самора и Маура. Новый кабинет возглавил М. Асанья, фактически толкнувший первоначально настроенную лояльно к республике церковь в стан оппозиции. С его приходом правительство значительно «полевело», поскольку большинство портфелей получили радикальные республиканцы и социалисты.
Тот же М. Асанья, как единственный знаток армии и военных дел, стал творцом еще одной — военной реформы. Испанские вооруженные силы действительно требовали серьезной модернизации. Но затеянные преобразования должны были не повысить боеспособность армии (эта сторона проблемы мало беспокоила реформаторов), а обезопасить новый строй от возможного сопротивления со стороны этой пугающей своей организованностью и боеспособностью силы. В Испании армия воспринималась как носительница национальной идеи, приверженная традиционным ценностям. Она фактом своего существования вызывала опасения либералов. Они справедливо полагали, что, армия, привыкшая играть ведущую политическую роль, в любой момент может из пассивного наблюдателя происходящего превратится в выразителя интересов традиционалистски настроенных слоев общества. Через средства массовой информации правительство повело настоящее наступление на вооруженные силы, осыпая их упреками в нелояльности по отношению к республике.
Реформы М. Асаньи из-за отсутствия средств на переоснащение армии практически приняли вид кадровых перестановок. Первоначально планировалось сократить действительно неоправданно многочисленный высший командный состав, количественно явно превосходивший реальные потребности армии. Существовавшие 16 военных округов были преобразованы в 8, были отменены слишком высокие для небольшой армии звания генерал-капитан и генерал-лейтенант, прошла реорганизация генерального штаба. Наконец, были ликвидированы привилегии отдельных социальных групп при призыве на действительную службу. Всем желающим генералам и офицерам было предложено выйти в отставку с сохранением содержания.