В 1803 году Карл IV был свергнут с престола по интригам своего сына, будущего короля Фердинанда VII, — интригам, которыми ловко воспользовался Наполеон I: под видом помощи испанскому народу против его короля, он затопил Испанию французскими войсками, наполнил страну всеми ужасами дикого, безобразного варварства и посадил на испанский престол своего брата Иосифа. Вместе со всею тогдашнею знатью, вместе со значительною частью среднего класса, Гойя стал — по наружности — на сторону нового владыки, которому явно противиться он не имел возможности. Но, удалясь в уединенный свой домик на берегу Мансанареса, он почти ни с кем не видался из прежних знакомых и только жил газетными известиями, жадно поглощаемыми, бесчисленными слухами, носившимися тогда по всей Испании, а иногда и теми страшными сценами, которые собственными глазами ему доводилось видеть. Он проводил время в набрасывании и гравировании рисунков, где пламенно высказывал всю свою ярость, все свое негодование, всю свою злобу на совершавшиеся события. В начале еще он продолжал рисовать в своих „Пословицах“ желчные, ядовитые сатиры на прежних правителей Испании, доведших ее до настоящего ужасного положения и иноземного нашествия, а также сатиры на „святую инквизицию“, которая всегда так усердно помогала этим правителям в их мрачном деле. Но скоро потом он оставил их всех в стороне и нераздельно предался своему кипучему негодованию и ярости против французов и их нашествия. Сначала он написал две картины масляными красками, изображающие сцены кровавых расправ французов с испанцами и испанцев с французами (знаменитые картины: „2-е мая“ и „Сцена из 2-го мая“, находящиеся в мадридском музее), но картины уже казались ему теперь способом слишком долгим и медленным для того, чтобы передавать народу свои чувства гнева и негодования. И он принялся снова за иглу и крепкую водку. Он ими поднимал на дыбы и воодушевлял до фанатизма испанцев, шедших потом на французов с ружьями, вилами и топорами.
Когда в 1814 году вернулся в Мадрид Фердинанд VII, этот новый король, мрачный, фанатичный реакционер, хотя и оставил Гойю в прежней его должности придворного живописца и даже поручил ему написать с себя портрет, однако относился к нему уже совершенно иначе, чем отец его, Карл IV, потому что понял истинное значение его „Капризов“ и всей его сатирической деятельности. Гойя в то время был уже стар; ему было около 70 лет, жена его давно уже умерла; из всех детей остался в живых один только сын; лучшие друзья были в изгнании, а глухота его сделалась нестерпимой. Тем не менее, он все еще продолжал работать и написал две большие картины масляными красками: „Святые Руфина и Юстина“ и „Св. Иосиф де Каласанс“. Но все это было выполнено им не по собственному желанию и влечению, как он работал с конца 90-х годов, а по заказу. К первой картине, рассказывают, он даже очень долго не находил в себе куража приступить. Но чего же ожидать от художественных созданий, выполненных нехотя, поневоле, с великим неудовольствием?
Последние годы своего пребывания в Мадриде Гойя жил в своем домике (quinta) на берегу Мансанареса, среди наводящих страх и ужас фантастических фресок, которыми он собственноручно расписал его стены. Но глубоко чувствуя скуку одиночества, почти всеми забытый и, вместе, не вынося фанатического, ханжеского и грубо-деспотического строя тогдашней Испании, Гойя отпросился у короля в отпуск за границу „для поправления здоровья“. Он поехал в 1822 году в Париж, а затем поселился в Бордо, где и оставался до 1827 года, приезжая всякий год в Мадрид лишь на несколько дней, чтобы присутствовать при бое быков, своей вечной страсти. После того он еще раз приехал в Мадрид в 1827 году, чтоб выпросить себе у короля „бессрочный отпуск“. Несмотря на всю свою нелюбовь к художнику-сатирику, политику независимому и свободно мыслящему, король отнесся к нему с наружным почтением, как к художественной славе Испании. Он дал ему просимый бессрочный отпуск, но потребовал, чтоб он позволил новому придворному живописцу Лопесу списать с себя портрет. Это исполнилось, и портрет Гойи, очень характерный, благодаря вмешательству самого Гойи, находится теперь в Мадридской Академии художеств. Тогда Гойя в последний раз и уже навсегда вернулся в Бордо. Последние месяцы его жизни были полны раздражения, озлобленности и бурных порывов. Никто на него не мог угодить, он на всех окружающих постоянно нападал и злился и все-таки не переставал работать карандашом. Число его рисунков этого времени громадно. Наконец 15 марта 1828 года он умер 82 лет от роду, но все еще полный жизни, сил и неукротимой энергии. После торжественных похорон бренные останки великого художника были погребены на кладбище в Бордо.