До нас не дошло сведений о том, какая жизнь велась в Бомете. В произведениях Рабле мы не находим ни одного указания на то, чтобы нравы его учителей отличались большею строгостью и воздержанностью, чем нравы про чих монахов, пьянство и распущенность которых служили неисчерпаемой темой для сатир народных писателей Франции, начиная с XIII века. Но несомненно, что в одном отношении бометские монахи заслуживали одобрения: они заботились об умственном развитии своих учеников, они не заглушали в них духа пытливой любознательности. Монастырские школы того времени были рассадниками просвещения в Европе. Они подготовили те светлые умы, которые явились поборниками знания, свободы, прогресса, врагами насилия и мракобесия. Школа Бомета могла гордиться многими из своих учеников: товарищами Рабле были, между прочим, братья Дю Белле, игравшие видную роль в истории Франции, и Жофруа д'Этиссак, впоследствии епископ Мальзе.
В Бомете Рабле принял монашество и затем, неизвестно вследствие каких причин, перешел в монастырь францисканцев в Фонтене-ле-Конт, в Пуату. Тут он окончил срок своего послушничества и, пройдя все установленные градации, получил священство в 1520 году.
В то же время научные занятия его не только не прекращались, а напротив, продолжались с усиленной энергией. Среди францисканцев он встретил несколько человек, подобно ему преданных науке, жаждавших знания. Он увлекся изучением астрономии, которая к этому времени окончательно отделилась от астрологии и в качестве самостоятельной науки привлекала умы ученых. Благодаря знаниям, заимствованным у арабов, математика быстро двинулась вперед, и это дало возможность строить астрономические выводы на более прочном основании. Вера в старые теории, для которых Земля являлась центром Вселенной, колебалась. В Италии, в Германии ученые делали наблюдения и открытия, которые должны были с полною очевидностью доказать ее несостоятельность; во Фрауенбурге скромный каноник Николай Коперник в тиши подготовлял свой великий трактат «О круговращении небесных тел», не решаясь еще предать его гласности.
Ключом ко всякому знанию служили в то время древние языки. Все научные сочинения писались не иначе как на латыни. Еще в Бомете Рабле научился совершенно свободно владеть этим языком, а теперь стал усердно заниматься греческим. В итальянских университетах греческий язык и греческая литература давно уже считались одним из главных предметов преподавания, а с введением книгопечатания и с распространением печатных экземпляров греческих классиков знакомство с ними вышло за пределы тесного круга цеховых ученых и приобрело значительную популярность среди образованного общества. Во Франции дело обстояло иначе.
В самом начале XIII века несколько духовных лиц были изобличены в еретических мнениях, и причиною этой ереси папское правительство признало знакомство их с произведениями древних мыслителей. Вследствие этого в статутах, данных Парижскому университету папами, воспрещается чтение Аристотеля.
Парижский университет долгое время питал суеверный страх к греческому философу, а заодно и всякое занятие греческим языком считалось еретическим. Во французских коллегиях XV и даже XVI века греческий язык вовсе не преподавался. Рабле и его друзья должны были тщательно скрывать свои греческие книги от прочей монастырской братии, чтобы не подвергнуться обвинению в вероотступничестве, в ереси. К счастью, они нашли друзей вне монастырских стен.
Один из товарищей Рабле по бометской школе, Жофруа д'Этиссак, благодаря влиянию и аристократическим связям своего отца был двадцати трех лет назначен епископом Мальзе, недалеко от монастыря Фонтене-ле-Конт. Молодой человек воспользовался своим высоким положением и соединенными с ним денежными выгодами, чтобы устроить себе самостоятельную жизнь вполне по своему вкусу. Один из современников говорит, что жизнь епископа Мальзе была идеалом гостеприимства и непринужденной веселости.
В его епископском дворце ничто не напоминало духовного звания хозяина; общество, собиравшееся у него, состояло главным образом из молодых ученых-гуманистов, и для их смелой мысли, для их острого слова не было запрещенных вопросов. Рабле являлся постоянно желанным гостем в этом кружке, перед которым ему не приходилось таить ни своих занятий, ни своего образа мыслей. Кроме того, у него были и другие, чисто светские знакомые в городе: юристы Жан Бриссон, Эмери Бушар, впоследствии советник и докладчик короля, Андре Тирако, судья, а впоследствии советник парижского парламента; они высоко ценили его знания и в своих письмах не раз называют его «самым ученым из францисканских братьев», «знатоком латинского и греческого языков», «человеком сведущим во всех науках».
Вероятно, отчасти под их влиянием Рабле принялся за изучение права и приобрел даже некоторую известность как сведущий законовед.
Занятие греческим языком послужило поводом к сношениям скромных францисканских монахов с известным в то время ученым, эллинистом Гильомом Бюде, основателем фонтенеблоской библиотеки и College de France. Сохранилось несколько писем, которыми Бюде обменялся с Рабле. Эта вполне дружеская полушутливая переписка, веденная наполовину по-латыни, наполовину по-гречески, показывает, с одной стороны, как свободно владел Рабле обоими этими языками, с другой, — с каким уважением относился знаменитый парижский ученый к безвестному еще в то время монаху.
Между тем начальство францисканского монастыря очень косо смотрело на ученые занятия и на светские знакомства Рабле и его друзей. Придравшись по какому-то пустому поводу, настоятель произвел обыск в их кельях: найдены были греческие книги, и набожные отцы пришли в ужас.
Заниматься греческим языком могли или еретики, или люди, готовые впасть в ересь, и надобно было пресечь зло в самом начале. Подозрительные книги были отобраны и торжественно сожжены, а против виновных начался целый ряд мелких преследований. Лами, друг Рабле, спасся из монастыря бегством. Рабле не успел последовать этому примеру и был заключен в монастырскую тюрьму. Чтобы оправдать эту жестокую меру, монахи стали рас пускать слухи о том, что он богохульствует и кощунствует, что он непочтительно отзывается о святых и их чудесах, что он опаивает братию какими-то зельями, располагающими к греху; они рассказывали, будто бы в день Св. Франциска, патрона монастыря, он забрался в церковь, снял с пьедестала статую святого, сам стал на ее место и позволил себе разные неприличные поступки.
Знакомые Рабле не верили ни одному слову из всех этих нелепых слухов и боялись, как бы ожесточенные монахи не погубили окончательно молодого ученого. Епископ Мальзе и Тирако сообщили Бюде, пользовавшемуся милостью короля, о грозившей Рабле опасности и сами поспешили к нему на помощь.
В качестве судьи Тирако удалось проникнуть в монастырь и добиться освобождения узника, а епископ выхлопотал ему у папы Климента VII разрешение оставить орден францисканцев и перейти к бенедиктинцам. Рабле получил звание каноника в аббатстве Мальзе и место частного секретаря епископа. Этим эпизодом закончилась его монашеская жизнь, продолжавшаяся целых 15 лет. В качестве секретаря он мог постоянно жить в епископском дворце, не подчиняясь никаким монастырским уста вам, пользуясь полной свободой в своих занятиях. Теперь ничто не мешало ему отдаваться науке, и он действительно посвящал ей почти все свое время. Продолжая читать классиков и делать из них переводы, он, кроме того, стал усердно заниматься естественными науками, преимущественно ботаникой и химией, изучать еврейский язык и знакомиться с новыми языками: итальянским, испанским, английским.