Вторая линия защиты была более сомнительной. Вариативный фактор, отвечающий за неопределенное воздействие кокаина на различных люден, Фрейд приписал лабильности кровежюных сосудов: если давление в них стабильное, кокаин не оказывает воздействия; в других случаях он содействует гиперемии, а в некоторых — вызывает токсический эффект. Так как заранее это невозможно определить, существенно важно воздерживаться от подкожных инъекций кокаина при любых внутренних или нервных болезнях. При внутреннем употреблении кокаин безвредеп, а при подкожных инъекциях иногда опасен. Фрейд снова утверждал, что случай Фляйшля (не называя его имени) является первым случаем излечивания от болезненного пристрастия к морфию посредством использования кокаина.
В русле этой второй линии защиты, которая могла быть обусловлена лишь бессознательными факторами, Фрейд совершил особенно тяжелую ошибку. В январе 1885 года он пытался облегчить боль при невралг ии тройничного нерва посредством инъекций кокаина внутрь нерва. Это не принесло успеха, возможно, из-за отсутствия хирургического опыта. По в этом же году У. X. Холстед, знаменитый американский хирург и один из основателей современной хирургии, успешно ввел себе кокаин внутрь нервных стволов и таким образом положил начало блокаде нервных стволов. Однако он дорого заплатил за свой успех, ибо приобрел сильное пристрастие к кокаину, и потребовался долгий курс госпитального лечения, чтобы от него освободиться. Таким образом, Холстед стал одним из первых кокаиновых наркоманов.
Когда Фляйшлю был предложен кокаин, он немедленно стал вводить его себе в форме подкожных инъекций. Годы спустя Фрейд утверждал, что никогда не имел в виду этого, а прописал данное средство лишь для внутреннего употребления. Однако нет никаких свидетельств того, что он протестовал против «неправильного» употребления этого средства Фляйшлем, но есть доказательства, что сам он выступал в поддержку подкожных инъекций кокаина для случаев, подобных случаю Фляйшля, то есть при отвыкании от морфия, и, по-видимому, также их делал. Именно его руководитель, профессор Шольц, незадолго до этих событий усовершенствовал технику ввода иглы для подкожных инъекций, и Фрейд прекрасно овладел ею. Он много раз применял ее в последующие десять лет для различных целей и в одном из своих трудов с гордостью упоминает о том, что никогда не занес никому никакой инфекции. С другой стороны, в его сновидениях тема инъекций неоднократно встречается в связи с темой вины.
В статье, написанной им в свою защиту в 1887 году, содержится намек на то, что при применении кокаина шприц для подкожных инъекций является источником опасности. В ссылках на свои предыдущие работы Фрейд опускает любое упоминание о статье 1885 года, в которой горячо выступал в защиту инъекций. Эта последняя статья также не включена в список его трудов, который в 1897 году Фрейду пришлось подготовить для присвоения ему профессорского звания. В его архиве нет ни одного экземпляра этой статьи. По всей видимости, знание о ней было полностью вытеснено. Что поучительно в этой истории с кокаином, так эго тот свет, который она проливает на присущий Фрейду способ работы. Его великой силой, хотя иногда также его слабостью, было совершенно необычное уважение, которое он питал к единичному факту. Это действительно очень редкое качество. В научной работе люди постоянно опускают единичное наблюдение, если оно не кажется стоящим в какой-либо связи с другими данными или общим знанием. С Фрейдом было не так. Единичный факт очаровывал его, и он не мог выбросить его из головы до тех пор, пока не находил ему объяснения. Практическая ценность этого качества ума зависит от другого качества: суждения. Факт, подвергаемый рассмотрению, может в действительности быть маловажным, а его объяснение — не представлять интереса; на этом пути обретается чудачество. Но такой факт может оказаться скрытой до поры до времени жемчужиной или крупицей золота, которая указывает на рудную жилу. Психология все еще не может объяснить, от чего зависят нюх или интуиция, которые ведут исследователя к чему-то важному, не к открытию отдельной вещи, но вещи как частицы мироздания.
Когда, например, Фрейд обнаружил в себе ранее неизвестные ему чувства к своим родителям, он немедленно ощутил, что они не являются свойственными только ему одному, и обнаружил нечто присущее всем людям: Эдип, Гамлет и другие образы вскоре промелькнули в его мозгу.