Фундамент естественной философии составляет естественная история. Однако фактическая констатация и описание тех или иных природных и опытных явлений еще не составляют теоретической науки, которая всегда есть знание причин. Таковой в естественной философии выступают физика и метафизика. Физика изучает общие начала вещей, систему и строение Вселенной, а также все многообразие объектов природы. Это последнее учение физики, исследующее многообразие вещей, в свою очередь подразделяется на физику конкретного и абстрактного, или на учение о творениях и учение о природах. Физика конкретного, занимаясь субстанциями со всем разнообразием их акциденций, близка к естественной истории и подобно ей изучает небесные явления и метеоры, землю и море, большие собрания или элементы (огонь, воздух, воду и землю) и меньшие собрания или виды вещей (металлы, растения и животных). Физика абстрактного, занимаясь акциденциями во всем разнообразии субстанций, стоит ближе к метафизике и изучает различные состояния материи (сгущенное и разреженное, тяжелое и легкое, горячее и холодное, летучее и связанное и т. п.) и разновидности ее стремления или движения (сопротивляемость, сцепление, освобождение, бегство, самоумножение, царственное движение, самопроизвольное вращение, дрожание, покой и др.), курьезная классификация которых сложилась у Бэкона в значительной степени под влиянием взглядов перипатетиков. При этом физика интересуется материальными и действующими причинами этих явлений, причинами, более частными и изменчивыми по сравнению с теми, которые составляют предмет метафизики.
Метафизика выявляет в природе вещей нечто более общее и неизменное, чем материальная и действующая причины, а именно форму и конечную причину. Но понятие о конечной причине или цели имеет смысл там, где речь идет о человеческих действиях, а поэтому как раздел естественной философии метафизика должна прежде всего исследовать формы, «охватывающие единство природы в несходных материях» (5, 2, стр. 84), в то время как собственно физика имеет дело с преходящими и как бы внешними носителями этих форм. Вот каким примером поясняет сам Бэкон это различие. «…Если будет идти речь о причине белизны снега или пены, то правильным будет определение, что это тонкая смесь воздуха и воды. Но это еще очень далеко от того, чтобы быть формой белизны, так как воздух, смешанный со стеклянным порошком, точно так же создает белизну, ничуть не хуже, чем при соединении с водой. Это лишь действующая причина, которая есть не что иное, как носитель формы. Но если тот же вопрос будет исследовать метафизика, то ответ будет приблизительно следующий: два прозрачных тела, равномерно смешанные между собой в мельчайших частях в простом порядке, создают белизну» (5, 1, стр. 238). Что бы ни подумал современный читатель об этом рассуждении, оно наглядно иллюстрирует, что именно Бэкон понимал под «метафизикой». Итак, мы опять сталкиваемся с целым комплексом заимствованных у перипатетиков представлений. Однако Бэкон стремился отличить свое определение метафизики от перипатетического, не отождествляя его, как это делали аристотелики, с понятием «первой философии». Бэконовская метафизика является частью науки о природе, как бы высшим, более абстрактным и глубоким разделом физики. «Не беспокойся о метафизике, — напишет впоследствии Бэкон в письме к Баранзану. — Не будет никакой метафизики после обретения истинной физики, за пределами которой нет ничего, кроме божественного» (54, II, стр. 128).
Он хотел вложить новое содержание и в перипатетическое понятие «форма». «Вещь не отличается от формы иначе, чем явление отличается от сущего, или внешнее от внутреннего, или вещь по отношению к человеку от вещи по отношению к Вселенной» (5, 2, стр. 104), — читаем, мы в «Новом Органоне». Понятие «форма» восходит к Аристотелю, в учении которого она наряду с материей, действующей причиной и целью один из четырех принципов бытия. Форма это принцип, делающий вещь тем, что она есть, и в этом смысле — сущность вещи. Будучи сопринадлежной материи и вместе с тем отличной от нее, форма сообщает материи, этой чистой возможности, подлинную действительность, образуя из нее специфичную конкретную вещь. И вместе с тем форма есть принцип общности в вещах, умопостигаемый и определяемый с помощью понятия. Это учение Аристотеля было воспринято средневековой схоластикой. И здесь форма трактовалась как основной принцип, сущность вещи, источник ее действительности, качественной определенности или специфики, выразимой лишь в сверхчувственных понятиях и определениях.