Оставалось одно осложнение: Филипп Гейнсбергский не прибыл в Гельнгаузен и не скрывал своего протеста. Урбан III рассчитывал на него. Поэтому 19 февраля 1187 года он ответил на письмо епископов, не касаясь германских проблем и обойдя молчанием Фольмара, но сделав упор на действиях в Италии Штауфена, отказавшегося возвратить конфискованные владения святого престола и не выказывавшего намерения упрочить «мир и согласие между Церковью и империей». То есть он не уступал и ждал дальнейшего развития событий.
В это время позиция, занимаемая архиепископом из Кельна, являлась вызовом для императорской власти; он не только продолжал территориальную экспансию в районе нижнего Рейна за счет некоторых королевских областей, не только способствовал экономическому развитию Кельна в ущерб соседним королевским городам, но вмешивался в вопросы, которые его не касались (например, дела Нижней Лотарингии), и систематически собирал вокруг себя всех тех, у кого были какие-нибудь причины противиться Фридриху: непосредственно подчиненных ему епископов. Фольмара. герцога Брабантского (лично заинтересованного в Лотаринской проблеме), ландграфа Людовика III Тюрингского и графа Адольфа Гольштейнского, у которого были разногласия с Бернхардом Анхальтским, поддерживавшим императора. Более того, он установил связь с Генрихом Львом, вернувшимся в 1185 году из ссылки, и с королем Дании, оспаривавшим у Германского королевства балтийское побережья (Померанию). На Пасху 1187 года он даже осмелился председательствовать в Кельне на многолюдном собрании, в котором участвовали его союзники и вооруженные войска.
Барбаросса, 29 ноября 1186 года провозгласивший на ассамблее в Нюрнберге новое мирное уложение, чтобы сделать упор на своем неоспоримом праве, собрал небольшую армию и вошел в Лотарингию, дабы положить конец интригам, которые в связи с вопросом наследования графства Намюрского, ставшего вакантным, могли обернуться против него. Тотчас же его прибытие пресекло попытки кое-кого из знати и прелатов поднять против него мятеж. Фольмар, перенесший свою резиденцию в Мец, потому что его соперник Рудольф сидел в Трире, еще с февраля созвал в Музоне синод, на котором отлучил от церкви епископов из Туля и Вердена, отказавшихся его признать, а теперь бежал в Реймс, в земли графа Генриха Шампанского. Тогда император связался с Филиппом Августом, в чьих интересах было присматривать за шампанским кланом. По осуществлении этого маневра он вернулся на восток с намерением проехать через Кельнское архиепископство.
При этом известии Филипп Гейнсбергский немедленно начал открытое сопротивление. Он приказал разрушить мост через Мозель, по которому должно было пройти королевское войско, и стал готовить свой город к обороне. Фридрих созвал князей в Вормсе и перед их ассамблеей в августе обвинил архиепископа в оскорблении его величества, архиепископ же должен был предстать перед ассамблеей в Страсбурге на Рождество. Этого оказалось достаточно, чтобы перетянуть на свою сторону большинство его союзников, еще не забывших процесс и низвержение Генриха Льва. Так что Штауфен торжествовал: в Германии, как и в Италии, королевская власть была сильна и пользовалась почетом. Урбан III оказался изолированным более, чем когда-либо.
Тогда император довел до его сведения, что он расположен возобновить переговоры и даже встретиться с ним. С этим он отправил в Верону посольство, но папа при этом известии решил порвать отношения окончательно и отлучить Штауфена от церкви. Чтобы не давать аудиенции представителям императора, он уехал из Вероны в Венецию, где собирался провозгласить свое решение об отлучении. Но по пути он умер в Ферраре 24 октября 1187 года.
В Священной коллегии в то время существовала умеренная группа, которая одобряла действия Урбана III в начале его понтификата, когда он отстаивал свои принципы в Италии, но она никогда не одобряла его действий в отношении Фольмара и связей с Филиппом Гейнсбергским. К тому же, многие кардиналы желали примирения, чтобы иметь возможность организовать крестовый поход. В общем, все осознавали изоляцию святого престола и тупик, в который его завлек покойный папа. Поэтому они единогласно поддержали Альберто да Морра, выходца из Беневенто, человека большой святости, бывшего преподавателя права из Болоньи, ставшего кардиналом благодаря Адриану IV, затем канцлером римской церкви при Александре III, чьим другом и наперсником он был в 1175–1181 годах.