Более чем когда-либо он усилил контроль за духовенством, которое хотел держать в руках, напомнил, что избранный епископ не может располагать имуществом епархии, пока не будет инвестирован, и уточнил права епископов как судебных поверенных. Он позаботился о том, чтобы полностью реализовать свои королевские прерогативы на вакантные епископские кресла, осуществляя руководство (регалии) и налагая арест на движимое имущество скончавшихся прелатов. Более всего прочего император следил за выдвижениями и выборами. В Зальцбурге архиепископ Адальберт, прелат-александровец, никогда не бывший инвестированным по форме regalia и смещений в 1174 году по королевскому распоряжению, 9 августа 1177 года был лишен сана по церковному приговору за симонию; в соответствии с Венецианским соглашением его тут же заменили Конрадом фон Виттельсбахом, тоже александровцем. В том же году лояльно настроенные прелаты были назначены управлять епископскими церквями в Бамберге и Ратисбонне, а Ульрих, как мы знаем, вернулся на свое кресло в Хальберштадт. В 1178 году подобное произошло в Бриксене, Падерборне и Шпейере, в 1179 году в Бремене-Гамбурге (перевод епископа из Бранденбурга), в 1180 году в Бранденбурге, в 1181 году в Хальберштадте, в 1182 году в Констанце и Эйхштетте и, наконец, в 1183 году в Майнце, куда был назначен Конрад фон Виттельсбах, вновь получивший прежнее архиепископство, а вместо него в Зальцбурге появился новый Адальберт. Все эти выдвижения дали Фридриху возможность не издавать декретов о жестоких мерах против многих «раскольных» священников, которых он и не собирался наказывать, так как они были ему полностью верны, а договориться по их поводу с папством.
Действительно, между святым престолом и империей оставалось много нерешенных проблем. Они стали предметом более или менее продолжительных тайных переговоров после двухлетнего перерыва, наступившего вслед за подписанием Венецианского мирного договора, который церковь использовала для подготовки и созыва третьего вселенского собора в Латеране (февраль-март 1179 года). На нем присутствовало девятнадцать немецких архиепископов и епископов; несколько германских прелатов не самого низкого ранга не смогли участвовать в соборе из-за процесса над Генрихом Львом, который удерживал их в королевстве. Среди главных вопросов, рядом с обсуждением положения бывших раскольников, один из самых трудных касался спорных земель в Центральной Италии (владений Матильды), и его решению император придавал особое значение. Поэтому неудивительно, что с 1180 года итальянские дела вновь выходят в его мыслях на первый план.
С Сицилией он довольствуется поддержанием вежливых отношений. В Центральной Италии его агенты твердо удерживают власть и следят за порядком в стране, не позволяя городам достичь полной самостоятельности, даже если не всегда удается помешать им в борьбе против графов и епископов. В Церковной области Христиан Майнцский продолжает помогать Александру III. Но тот несмотря на все свой усилия не может удержаться в Риме и должен покинуть его в июне 1179 года. Немецкий архиепископ поддерживает его против помещиков Салины и соседних областей, во главе которых стоит Конрад Монферра, не принявший мира 1177 года; он даже попадает в засаду и оказывается в плену. Вся область Святого Петра охвачена недовольством; мятежники осмеливаются дать антипапе Каликсту III преемника и, неизвестно каким образом, назначают или избирают кого-то из своей среды. Он принимает имя Иннокентия III, — которое, к счастью, должен будет прославить другой человек. Этот «папа», однако, соглашается на свое «избрание» только для того, чтобы обратить его в монету; он тотчас же связывается с папой, который, очевидно, выплатив его семейству компенсацию, добивается его ухода в монастырь. Тем не менее, Александру III не хватает средств для продолжения борьбы с беспорядками и 30 августа 1181 года он умирает в Чивита-Кастеллана, совершенно разочарованный в своих подданных, в частности, в римлянах. Они дошли до того, что осквернили его прах, когда его привезли в Вечный город.
На следующий день после кончины Александра III кардиналы избирают его преемником бывшего главу их делегации на переговорах в Ананьи и в Венеции, Хубальда, ставшего Луцием III. Человек опытный, очень пожилой и по этой причине, а также по природному темпераменту склонный к примирению, но вовсе не готовый уступать в том, что ему кажется существенно важным для церкви, новый папа быстро соглашается обсудить с представителями императора вопрос о владениях Матильды, а также о раскольных священниках, положение которых практически не урегулировано, по крайней мере на полуострове, и которых Латеранский вселенский собор осудил всех разом.