Окончательно Центральный штаб партизанского движения был упразднен 13 января 1944 года. Руководство партизанами передали республиканским штабам. Пономаренко возглавил самый крупный из них – Белорусский штаб партизанского движения. Теперь уже освобождение советской территории продолжалось безостановочно, и местным штабам было сподручнее координировать взаимодействие партизан и частей Красной армии, а также снабжать партизанские отряды всем необходимым. Это, однако, не предотвратило крупные, особо трагичные поражения партизанских отрядов Белоруссии в последующие месяцы, перед самым освобождением республики советскими войсками, когда против них были задействованы значительные силы немецких полевых войск, переброшенных с фронта.
Как отмечал И.Г. Старинов, с упразднением ЦШПД «кончились остатки централизации действий партизанских сил на еще оккупированной фашистской Германией территории СССР… Ставка Верховного Главнокомандующего, вопреки утверждениям маршала Г.К. Жукова, только получала разведывательные и оперативные сводки штабов партизанского движения, но на них фактически не реагировала».
Столь категоричное утверждение, вероятно, не совсем соответствует истине. Трудно предположить, чтобы Ставка совсем уж не использовала разведданные, которые поступали от партизан, в особенности от отрядов, действовавших непосредственно в прифронтовой полосе. Хотя, конечно, информация от отрядов, действовавших в глубоком тылу противника, нередко поступала с опозданием, особенно если в отряде не было рации.
Вопреки распространенному мнению, отнюдь не на всех советских территориях, оккупированных немцами, возникло массовое партизанское движение. В Прибалтике и Бессарабии массового просоветского партизанского движения не возникло даже в 1944 году, когда поражение Германии стало очевидно, и многие жители оккупированных территорий спешили поучаствовать в партизанской борьбе, чтобы заслужить благосклонность советской власти. Объяснялось это тем, что Литва, Латвия и Эстония всего год находились под советской оккупацией, которую большинство местного населения встретило враждебно. Сколько-нибудь многочисленной просоветской прослойки в этих странах так и не возникло. Литовцы, латыши и эстонцы рассматривали Германию как союзника, пусть и не самого желанного, в борьбе за возрождение независимости. Многие из них предпочитали закрывать глаза на то, что нацисты совсем не собираются восстанавливать независимость стран Балтии и никаких обещаний на сей счет местным политикам никогда не давали. На Украине же с освобождением Левобережья Днепра собственно партизанское движение просоветской направленности фактически прекратилось. Действия советских партизан здесь свелись к рейдам крупных соединений Ковпака, Наумова, Сабурова и других в западноукраинские Карпаты. Фактически эти соединения правильнее было бы называть войсками специального назначения типа немецкой дивизии «Бранденбург». Они занимались диверсионной и, в меньшей мере, разведывательной деятельностью, атаковали неприятельские гарнизоны, захватывали склады, разрушали железные дороги и мосты, пополняясь сторонниками коммунистов из числа местных жителей. Однако действовать им приходилось среди по преимуществу враждебного западноукраинского населения и вести бои не только с немцами и коллаборационистскими формированиями, но и с отрядами Украинской Повстанческой Армии и польской Армии Крайовой.
Степень развития партизанского движения во многом также определялась степенью жестокости германской оккупационной политики в СССР. Она была значительно мягче в Прибалтике, особенно в Латвии и Эстонии, поскольку латыши и эстонцы считались арийскими народами. В Литве в 1943 году возникла Литовская освободительная армия, но боевых действий против немцев не вела, ограничиваясь мелкими стычками с отрядами Армии Крайовой в Южной Литве. В Эстонии и Латвии в 1944 году также появились небольшие отряды «зеленых» – дезертиров из национальных легионов СС и лиц, уклонявшихся от трудовой повинности, но в бои с немцами они не вступали. В Бессарабии, занятой румынами, молдавское население, считавшее себя румынами, не горело желанием сражаться с оккупантами. Согласно итоговому отчету Центрального штаба партизанского движения, в Молдавии в партизанских отрядах сражалось всего семь лиц молдавской национальности! Украинцы также не считались арийцами, а после разгона украинского правительства во Львове их симпатии к немцам значительно уменьшились. Но на Западной Украине, прежде входившей в состав Польши, существовало мощное национальное движение, столь же антисоветское, как и антипольское. Здесь с конца 1942 года существовало мощное партизанское движение УПА, не подконтрольное Москве. Степные же районы Восточной и Южной Украины мало подходили для партизанских действий. Поэтому основным центром советского партизанского движения стала Белоруссия, а также Смоленская, Брянская и некоторые другие области РСФСР.