Якобсен не остается безучастным к судьбам людей, их страданиям и чаяниям. Внимательный наблюдатель жизни и тонкий аналитик, он создает колоритные биографии своих героев, особенно останавливается на их душевных переживаниях, обращается к значительным историческим событиям. Страшная картина чумы в Бергамо не заслоняет в повествовании трагедию каждого человека. Автор прочувствованно говорит о неисчислимых бедствиях и огромных опустошениях, вызванных эпидемией. Злой иронией проникнуты эпизоды новеллы, рисующие различного рода церковников и «ясновидящих» с их слепой верой в провидение, с призывами к смирению и покаянию. В новелле «Выстрел в тумане» особенно ясно проявляется свойственное писателю умение выражать чувства любви и ненависти. Эгоиста и стяжателя Хеннинга Якобсен как бы пригвождает к позорному столбу, трагическая же история обманутой Агаты не только проникнута грустью, но и согрета глубоким лиризмом. В истории фру Фэнс Якобсен возвращается к вопросу, остро волновавшему его в новеллистике и особенно в романе о Марии Груббе, — к положению женщины в обществе и семье, к вопросу о ее назначении в жизни, о ее мыслях и чувствах, о взаимоотношениях между родителями и детьми.
Сложные социально-этические проблемы наиболее глубоко решаются Якобсеном в романах, отмеченных печатью суровой правды. При этом художественная манера, свойственная сжатому повествованию в его новелле и чем-то напоминающая чеховскую прозу, в романе почти полностью сохраняется.
Исторический роман «Фру Мария Груббе» (1876) — центральное произведение Якобсена. К нему тянутся нити от лирики и ранних новелл. К некоторым из поднятых в нем проблем писатель возвращается и позднее, что свидетельствует об устойчивости его социально-эстетических принципов.
В романе «Нильс Люне» (1880), построенном на современном Якобсену жизненном материале, настойчиво проводится мысль о закономерности обращения «лучших сил страны» к «политическому освобождению». В этом своем последнем произведении писатель продолжил борьбу против духовных оков, в первую очередь религиозных, отчего «Нильс Люне» и получил определение «библии атеизма».
К работе над романом «Фру Мария Груббе» Якобсен приступил в начале 1873 года, а завершил его лишь через три года. Роман создавался в знаменательную эпоху — после бурных событий датско-прусской войны 1864 года, потрясших страну, в условиях роста освободительного движения, остро поставившего в порядок дня вопрос о необходимости демократизации конституции и приведшего к созданию в 1876 году датской социал-демократической партии.
Тема романа из эпохи Марии Груббе для Якобсена была актуальна, хотя казалось, что события двухсотлетней давности слишком далеки от современности. Действие происходит во второй половине XVII века. На всей жизни Дании отражались в те годы события военного времени, а затем последствия конфликта с Швецией, возвысившейся благодаря интенсивному развитию экономики и торговли. Завоевательная политика Швеции составляла основу так называемого периода великодержавия, закончившегося только с военным поражением Карла XII. Блестящая победа русских войск нанесла решающий удар могуществу шведской армии, в связи с чем и Дания, понесшая в недавних боях серьезные потери и еще не оправившаяся от последствий войны, смогла наконец вернуть себе Шлезвиг.
Не менее сложным был и продолжавшийся конфликт между абсолютистской властью и дворянством, начинавшим лишаться своих привилегий.
Порою «грубоватую» манеру повествования в романе и внимание писателя к физиологическим проблемам критика пыталась объяснить влиянием французской натуралистической литературы. Однако сам Якобсен, остававшийся в пору создания романа восторженным поклонником дарвинизма и склонный применять естественно-научный метод к общественным явлениям, решительным образом осуждал последовательное применение принципов натурализма в искусстве. Показательно, что в творчестве многих датских и французских писателей второй половины XIX века Якобсен усматривал противоборствующие тенденции. В переписке с датским писателем Эдвардом Брандесом он отмечал, что Золя, например, в одних случаях «недостаточен в раскрытии психологии», «не слишком разборчив в деталях», а в других «имеет мужество быть правдивым».