ЦК принял постановление «О единоначалии в Красной армии». 2 марта 1925 года новый председатель Реввоенсовета Фрунзе подписал долгожданный приказ «О введении единоначалия в РККА». Сначала командиры-единоначальники появились в армии, а потом на флоте. Остановились на компромиссном варианте: наиболее подготовленные командиры — члены партии становятся единоначальниками, то есть берут на себя еще и обязанности комиссара. Комиссар же осуществляет политическое руководство и отвечает за морально-политическое состояние части. Но лишается права контроля над командиром.
Фрунзе добивался жесткого соблюдения принципа единоначалия, отнимая у комиссаров их власть. Он требовал, чтобы командир обладал всей полнотой власти, независимо от того, член он партии или беспартийный. Но по существу шел обратный процесс — вооруженные силы очистили от беспартийных военных профессионалов как «сомнительных» в политическом отношении.
И Фрунзе не мог этому помешать. Ведь он же сам писал: «Люди с идеологией, враждебной идеям труда, должны быть изъяты из Красной армии. Надо добиться такого положения, чтобы командный состав стал фактически советским, чтобы исчезла всякая почва для каких бы то ни было подозрений политического порядка по его адресу, чтобы у него с низами, с рядовой красноармейской массой, чувствовалась полная спайка и взаимное понимание».
Многие политработники продолжали ощущать себя полноправными комиссарами. Не желали подчиняться командирам. Возникли серьезные трения между командным составом и политработниками. Масла в огонь подлили чекисты, докладывая по своей линии о том, что введение единоначалия беспартийные толкуют однозначно: «Партия сдает позиции в армии», а старые офицеры радуются, поскольку считают политсостав лишним в армии.
«Комсостав из бывшего офицерства стремится постановление ЦК РКП(б) о единоначалии реализовать как можно скорее и в самых широких размахах, — говорилось в секретном «Обзоре политико-экономического состояния СССР», составленном ОГПУ. — На этой почве усиливается игнорирование политработников и фиксируются случаи открытого выступления за аполитичность армии. Комсостав стремится вызвать антагонизм и подчеркнуть неправильность линии поведения политработников, их абсолютную некомпетентность в специальных вопросах и старается изолировать себя от их влияния…
Вообще постановление ЦК РКП(б) о единоначалии комсоставом расценивается не как средство для совершенствования структуры армии, но как средство для избавления от политического надзора».
Военный историк генерал-лейтенант Николай Григорьевич Павленко писал, что настоящее воспитание солдат происходит в процессе военного обучения. Так складываются привычка к дисциплине, вера в командира, чувство взаимной выручки и презрение к трусости. А политработники солдат не воспитывали, они занимались идеологической обработкой, которая только вредила армии. Кроме того, политработники контролировали каждый шаг командиров, что не только подрывало авторитет командира, но и его собственное чувство ответственности. При советской власти институт военных комиссаров вводился трижды — в 1918-м, 1937-м и 1941-м, то есть в самые трудные годы, и столько же раз отменялся — в 1925-м, 1940-м и 1942-м, когда ситуация относительно стабилизировалась.
При Фрунзе изменились структура и статус политорганов в армии. Политическое управление (ПУР) вывели из состава Реввоенсовета, оно стало называться Политуправлением РККА и работало на правах военного отдела ЦК. То есть политорганы подчинялись не военному командованию, а напрямую ЦК и Сталину.
Андрей Бубнов вел себя уверенно и самостоятельно. Как начальник ПУР он руководил всей военной печатью. Попросил начальника цензуры Павла Лебедева-Полянского «дать по линии Главлита директиву, чтобы ни одно издание военно-или военно-политического характера по вопросам обороны или военизации СССР, предназначенное как для армии, так и для населения, не было бы допущено к печати, если не имеет визы отдела печати ПУ Ра».
Газета «Красная звезда» была создана приказом Троцкого еще в конце 1923 года. В редколлегию вошли Владимир Александрович Антонов-Овсеенко, тогда еще начальник политуправления, главком вооруженных сил Сергей Сергеевич Каменев, председатель Высшего военно-редакционного совета Вячеслав Павлович Полонский, литературный критик и редактор, а также два представителя аппарата ЦК — заведующий отделом агитации и пропаганды Андрей Сергеевич Бубнов и заведующий отделом печати Яков Аркадьевич Яковлев.