На следующий год случилось несчастье — отец умер. Василию Михайловичу было всего 43 года… На руках у неработающей матери (а тогда мало кто из женщин мог найти место) осталось пятеро детей: двое сыновей — Константин и Михаил и три дочери — Клавдия, Людмила и Лидия, родившаяся уже после смерти отца. Вдове одной предстояло поставить всех на ноги.
Учился Михаил Фрунзе в городе Верный — так до 1921 года называлась Алма-Ата, будущая столица Казахстана. В мае 1897 года Мавра Ефимовна Фрунзе составила прошение на имя директора Верненской мужской гимназии: «На содержание своего семейства, состоящего из пяти малолетних детей, требуются средства; между тем я ни имущественного, ни денежного состояния не имею, пенсии не получаю. Муж мой умер недавно, в конце февраля с. г., и хотя я возбудила ходатайство о выдаче мне пособия из казны, но на скорое получение надежды не имею, потребность же семьи отложить до того времени нельзя, особенно расходы на учащихся, а прервать обучение детей, безусловно, не хотелось бы, так как все они учатся хорошо и подают надежду на успешное окончание курса, в чем для меня заключается вопрос обеспечения дальнейшего существования.
Находясь вследствие вышеизложенного в бедственном положении, решаюсь обратиться к покровительству Вашего Превосходительства и нижайше просить, не признаете ли Вы возможным помочь мне выдачею пособия из какого-нибудь источника по Вашему усмотрению».
Директор гимназии, надо отдать ему должное, вошел в положение и распорядился: «Выдать тридцать рублей единовременно».
Тем временем продали дом. На вырученные деньги семья жила два года. Потом и эти средства исчерпались. В феврале 1899 года Мавра Ефимовна обратилась в Пишпекское общественное городское управление с просьбой выделить стипендию ее сыновьям: «Мой муж, Василий Михайлович, как известно большинству жителей города Пишпека, долгое время (с 1878 по 1891 год) служил фельдшером в городской аптеке, работая, таким образом, на пользу пишпекского общества. Это обстоятельство дает мне смелость обратиться к городскому общественному управлению с настоящей просьбой, и я надеюсь, что она будет услышана сочувственно».
Константин учился в седьмом классе, Михаил — в третьем.
«По наукам старший идет хорошо, — с гордостью сообщала Мавра Фрунзе, — а младший даже очень хорошо. Воспитание двух сыновей в гимназии и двух девочек, Клавдии и Людмилы, в женских училищах требует больших расходов.
Сердце мое холодеет при мысли, что стеснительное материальное положение может быть причиной выхода детей из учебных заведений и вследствие этого они могут остаться без образования, столь необходимого в настоящее время всякому человеку для обеспечения своего существования».
Собрание уполномоченных Пишпека рассмотрело обращение и в марте 1899 года назначило воспитаннику Верненской мужской гимназии Михаилу Фрунзе годовое пособие в 120 рублей. На казенные (земские) деньги получал образование и старший брат, Константин. На его стипендию и небольшое пособие, положенное вдове, семья и существовала. Дочь Клавдию Мавра Ефимовна перевела в женскую гимназию, за успехи в учебе от платы девочку освободили. Людмила тоже окончила гимназию, а впоследствии Петроградский медицинский институт. Младшая Лидия получила гимназическое образование в Воронеже.
Михаил Фрунзе всегда учился прекрасно. У будущего военного министра в юности обнаружились задатки настоящего ученого. Летом 1903 года гимназист Фрунзе вместе с четырьмя соучениками предпринял двухмесячное путешествие по Семиречью. Отец одного из юношей, военный врач, обратился к знакомому вице-губернатору, и экспедиция обзавелась официальной бумагой, в которой местным властям предписывалось оказывать гимназистам всяческое содействие.
Михаил во время долгого путешествия не только охотился (эту страсть привил ему отец, который зимой охотился на фазанов), но и вел исследования в области ботаники, изучая природу края. Он писал приятелю Константину Суконкину, как провел каникулы: «Что за веселое время было!!! Мы объехали огромное пространство; были в Пржевальске, объехали кругом озеро Иссык-Куль; затем перевалили Тянь-Шань, спустились к китайской границе; оттуда воротились в Нарын, из Нарына поехали на Сонкуль — тоже озеро, раза в три меньше Иссык-Куля; с Сонкуля на долину Джумгал, с Джумгала на Сусамыр, с Сусамыра в Фергану, к Андижану…
Экспедиция наша увенчалась полным успехом. Мы собрали 1200 листов растений, 3000 насекомых, при этом заметь, что растения собирал я один… Коллекции мы уже отправили в Императорское географическое общество и Ботанический сад».