Теперь Фрунзе предстояло наладить управление огромными областями, занятыми Красной армией. Михаила Васильевича, еще остававшегося со штабом в Самаре, ждали в Ташкенте. 21 января с ним связался оттуда по прямому проводу Куйбышев:
— Наконец-то мы добились связи с вами. Сможем выслушать ваши упреки и уверены, что оправдаемся. Наиболее важный вопрос, который мы хотели поднять, — это присылка живой силы вместо учреждений и чиновников. Здесь и без того достаточно. Вы приблизительно знаете политическую атмосферу Туркестана и наше здесь положение и поэтому поймете, что присылка одних учреждений, создающих пока квартирный и другие кризисы, вредно отражается на нашей работе.
Куйбышев просил прежде всего перебросить свежие части, чтобы сменить ташкентский гарнизон.
— Ругать вас не собираюсь, — ответил Фрунзе, — всё равно не поможет. Относительно скорейшей подачи войск должные меры приняты.
Его возможности были ограничены пропускной способностью железной дороги и нехваткой топлива.
— Настроение в центре таково, — объяснил Фрунзе, — что туркестанские интересы отодвинуты на задний план. Прошу не ограничиваться надеждой на нас; всё, что можно, то сделаем, но этого будет недостаточно. Всё.
— Торопитесь ехать, — повторил Куйбышев, — не задерживайтесь в пути. Есть масса политических, дипломатических и военных вопросов крайне острых и спешных, которые мы бы хотели решить вместе с вами. До свиданья.
Фрунзе подписал новый приказ частям фронта:
«Ваша прямая боевая задача блестяще выполнена. Враг разбит. Издыхая, он напрягал остатки своих сил, выявил все знания и богатства, чтобы уничтожить ненавистную ему власть рабочих и крестьян, которые были рабами капитала, за счет труда и нищеты которых пухли, росли кошельки других, наполнялись сундуки банкиров, велась сытая, роскошная и развратная жизнь тунеядцев. Но эти знания и богатства оказались ничтожеством перед объединенными в мощную Красную армию рабочими и «мужиками».
Теперь предстоит выполнить последнюю, но и самую важную задачу — устроить жизнь, наладить расстроенное хозяйство, поднять экономическое состояние страны.
Совет обороны республики постановил 3-ю рабоче-крестьянскую армию преобразовать в 1-ю революционную армию труда. Главной задачей является планомерный сбор избытков хлеба, мяса, жиров, фуража, рубка и распилка леса, подвозка его к заводам и железнодорожным станциям, ремонт сельскохозяйственных орудий.
Будем работу начинать и кончать под звуки социалистических гимнов и песен, ибо работа это не рабский труд, а высокое служение социалистическому отечеству!»
Фрунзе прибыл в Ташкент 22 февраля 1920 года. Здесь он после долгой разлуки встретился со старшим братом. 10 марта он писал матери в Пишкек: «Пишу тебе в первый раз после долгого, долгого перерыва. Ты уже, конечно, знаешь, что я в Ташкенте и состою в роли командующего армиями Туркестанского фронта. Как видишь, я вынужден был силою обстоятельств подвизаться на военном поприще».
Михаил Васильевич вошел в состав Туркестанской комиссии, которой предстояло максимально быстро коренным образом преобразовать жизненное устройство в крае, а это были пять областей — Закаспийская, Самаркандская, Семиреченская, Сыр-Дарьинская и Ферганская. И еще Хива и Бухара.
Из Хивы Красная армия хана изгнала. В Бухаре по-прежнему правил эмир, и Москва до поры до времени признавала его власть.
Фрунзе с помощью своих дивизий взялся установить в крае советскую власть. Он присоединит к Советской России территории бывших вассалов Российской империи — Хивинское и Бухарское ханства. И подавит сопротивление так называемых басмачей — отрядов местных жителей, которые хотели сохранить свою независимость.
Фрунзе успокоил Ленина сообщением, что «басмачество в военном смысле раздавлено». В реальности сопротивление продолжалось. Михаил Васильевич отправил дополнительные силы в Ферганскую долину. Распорядился: «Необходимо уничтожить эти шайки, где бы они ни находились. Пусть даже слово «басмач» исчезнет с языка жителей Ферганы».
Но задача оказалась трудно исполнимой.
«Басмачи представляли собой сплошь партизанские отряды, почти исключительно конные, — вспоминал Федор Новицкий. — Противник этот был зачастую совершенно неуловим и буквально на глазах наших отрядов иногда растворялся в окрестных селениях, немедленный повальный обыск коих часто не давал никаких результатов».