Красноармейцы, не зная местных условий, не могли угнаться за своим противником.
Командующий фронтом распекал подчиненных: «Последнее время поступают донесения о боевых столкновениях, причем последние характеризуются как упорные бои, но в конечном итоге этих упорных боев нет ни убитых, ни раненых и даже никаких результатов.
По-видимому, или донесения совершенно не отвечают действительности, или операции проводятся слишком своеобразно — с массовым огнем, с передвижением боевых цепей на большие расстояния — при наличии неясных, а возможно, и мнимых целей. Тратится много сил и средств впустую. Операции против отдельных групп противника, имеющие целью простое вытеснение их из географических пунктов, бесцельны».
Местному населению Фрунзе обещал, что военные не станут его грабить, за всё, что понадобится красноармейцам, они расплатятся: «Так приказано действовать войскам, и я ожидаю, что не услышу слез и жалоб тех кишлаков и аулов, через которые будут проходить войска Красной армии. Если же где-нибудь будет иначе, если где-нибудь будет причинена малейшая обида мирным жителям, то об этом необходимо сейчас же довести до сведения ближайшего военного начальства. Для всех таких хулиганов и насильников у советской власти ответ один: пуля в лоб».
Но и от местных жителей он потребовал прекратить любую помощь басмачам. Предупредил о невероятно жестоких карах: «Всякий, кто будет изобличен в каком бы то ни было содействии басмачам, будет беспощадно расстрелян. Из всякого кишлака, который будет доставлять басмачам продовольствие, будет их укрывать или оказывать какую-либо другую помощь, будут взяты заложники и тоже расстреляны».
Большой же путь прошел Михаил Васильевич Фрунзе от своего юношеского идеализма до приказа без суда и следствия расстреливать заложников, то есть совершенно невинных мирных людей… Обещание хранить покой местных жителей красные не сдержали.
Шестого апреля 1920 года председатель революционного трибунала Туркестанского фронта Игорь Романович Фонштейн докладывал о происходящем своему начальству: «Такого ужаса, какой нами здесь обнаружен, нигде не приходилось видеть. Открытый организованный военный грабеж, во главе коего в качестве активного организатора стоит штаб командующих людей, открыто распределяющий награбленное с оставлением себе львиной доли. Увод женщин, содержание их как пленниц, рабынь, продажа с аукционного торга на базарной площади Петроалександровска и Хивы, разгром хивинских дворцов, расстрел красноармейцами первого встречного как предпосылка ограбления имущества».
Фрунзе распорядился мобилизовать в ряды Красной армии «тридцать тысяч туземцев-мусульман Туркестанского края от 19 до 35 лет включительно». Поручил отобрать призывников местным органам власти — кишлачным и аульным советам — «путем справедливой жеребьевки».
Но более богатые стали откупаться: платили деньги беднякам, чтобы те служили вместо них. Фрунзе поручил расследовать такие случаи. Тех, кто откупился, велел мобилизовать в тыловое ополчение и отправить «на самые грязные и тяжелые работы». «Мусульмане, поступившие на службу за взятку, возвращению из армии не подлежат и должны быть перевоспитаны для защиты своих истинных интересов».
Своим подчиненным Михаил Васильевич приказал заняться боевой подготовкой новобранцев, обмундировать их и снабдить оружием. Но поскольку не вполне доверял новым бойцам, предупредил: «Выданное оружие не должно храниться на руках, а выдаваться в минуты действительной необходимости».
Он распорядился всячески пропагандировать призыв на армейскую службу: «Организовать митинги с широким привлечением всех наличных агитационных сил и средств. Устраивать парады войскам преимущественно в районах туземных частей городов с привлечением на парады всех призванных в порядке набора мусульман».
Но между русскими крестьянами и местным населением, докладывал Фрунзе в Реввоенсовет Республики, возник конфликт из-за «возвращения туземцев-мусульман на принадлежавшие им ранее земли, кои захватным образом временно находятся в фактическом пользовании крестьян».
В июне 1920 года восстали подчиненные Фрунзе в Семиречье. Вышел из повиновения гарнизон города Верный. Бойцы отказались исполнять приказы и арестовали своих командиров. Это был мятеж. Фрунзе подавил его, отправив в город надежный кавалерийский полк, который разоружил мятежников. Обещал Москве ввести в Семиречье «военную диктатуру».
Фрунзе отправил Ленину обширное послание о положении в Туркестане. Боевые действия отходили на второй план: «Наши войска ныне по всей линии фронта стоят вплотную у грани Республики. Но всё огромное протяжение границы от Памира до Каспия охраняется не более как двумя с половиной тысячами пехоты и тысячей кавалеристов. Мы держимся только обаянием наших побед.