В чемпионате СССР в 1963 году Маркаров сыграл 37 матчей, но забил чуть меньше своего прошлогоднего рекорда — 12 мячей (лучшим бомбардиром тогда стал Олег Копаев из СКА Ростова-на-Дону, на счету которого было 27 голов). В 1964–1965 годах показатели Маркарова снизились: в сезоне-64 он забил 8 мячей, в сезоне-65–10. Впрочем, тогда и «Нефтяник», возглавляемый Алекпером Мамедовым (он пришел в 1963 году), болтался внизу турнирной таблицы, занимая 12-е (1964) и 11-е (1965) места. Но затем последовал резкий рывок вверх, на вершину турнирной таблицы. А начиналось все так.
В июле 1965 года пост главного тренера «Нефтяника» покинул Алекпер Мамедов, вместо которого пришел «варяг» Василий Соколов, тренировавший до этого московский «Спартак» (1952–1954), сборную СССР (1954), кишиневскую «Молдову» (1960–1963) и другие команды. При новом тренере команда почувствовала второе дыхание, хотя костяк ее сложился еще при Мамедове. Сам Э. Маркаров причины того взлета объясняет следующим образом: «Я, наверное, не буду оригинальным, если скажу, что к тому времени в команде созрел и сложился настоящий коллектив, появились лидеры. Насколько я понимаю, лидеров выбирает сама команда. Точнее — игра, футбол. Если кто-то из игроков, не имея должного мастерства, в один прекрасный день вдруг заявит: «А ну, расступись, я здесь лидер!» — его попросту подымут на смех в команде. Так лидером не станешь. Зато к словам того, кто не щадит себя на тренировках и в играх, своим мастерством может «вытащить» трудный матч, партнеры всегда будут прислушиваться. Мы играли вместе уже четыре года и постепенно научились неплохо понимать друг друга на поле…»
Между тем старт «Нефтяника» в сезоне-66 выглядел весьма мирно. В двух первых матчах (с минским «Динамо» и куйбышевскими «Крыльями Советов») были зафиксированы нулевые ничьи. Но затем были переиграны московские динамовцы (1:0) и донецкий «Шахтер» (2:0). Правда, затем вновь последовали две ничьи на выезде — с ЦСКА и одесским СКА. Однако в этих играх Маркаров был самым результативным игроком «Нефтяника», забивая мячи практически в каждой игре. Вот как о нем написал в еженедельнике «Футбол» С. Сальников: «…И еще один плюс «Нефтяника». Команда имеет ярко выраженного лидера — Э. Маркарова. Этот игрок быстр, особенно накоротке, очень техничен, достаточно агрессивен и при всем том обладает недюжинным комбинационным даром, что позволяет ему по праву быть подлинным организатором игры. А его легкость в обращении с мячом подчас просто виртуозна и по манере под стать бразильцам. Хочется думать, что старший тренер сборной СССР Н. Морозов, видевший этот матч (ЦСКА — «Нефтяник». — Авт.), не останется равнодушным к мастерству, проявленному Маркаровым».
Отметим, что в сборной СССР в тот период уже играл один игрок из «Нефтяника» — Анатолий Банишевский. Но он тоже, как и Маркаров, был центральным нападающим, поэтому с приглашением Маркарова Н. Морозов не спешил. Хотя в чемпионате СССР эта связка очень хорошо себя показывала. И многие спортивные специалисты прямо говорили, что надо брать эту связку и в сборную. Например, журналист «Труда» Юрий Ваньят после победы сборной СССР над чехословаками (2:1, оба мяча у нас забил Банишевский) написал следующее: «Желательно в конце мая видеть у игроков сборной более рациональную постановку завершающего удара. Где же плоды многомесячных тренировок? И еще. Не стоит ли попробовать «бакинский вариант» в центре атаки: Банишевский — Маркаров. Уж очень яркую игру показывает нынешней весной наш «бакинский Пеле» Эдуард Маркаров».
Видимо, игнорировать подобные предложения Морозову стало неудобно, и в начале лета 1966 года Маркаров оказался в составе сборной СССР. 5 июня он вышел на поле Лужников в майке сборной СССР — в товарищеской игре против сборной Франции. Правда, вышел не с начала игры — он заменил на 46-й минуте Эдуарда Малофеева. Наши к тому моменту уже проигрывали 0:2, и надо было спасать ситуацию. С выходом Маркарова (а также Виктора Серебряникова, заменившего Валентина Афонина) ситуация действительно изменилась. И хотя Маркаров голом не отметился, однако это сделали другие: Слава Метревели (на 26-й минуте), его партнер по «Нефтянику» Анатолий Банишевский (на 64-й) и Игорь Нетто (на 66-й). Итог матча — 3:3.
В результате в июле 1966 года Маркаров в составе сборной СССР отправился на чемпионат мира в Англию. Однако взяли его туда не основным игроком, а запасным. Поэтому на том турнире герой нашего рассказа вышел на поле всего лишь однажды — в игре против сборной Чили 20 июля (а Банишевского на эту игру посадили на скамейку запасных, разрушив тем самым «бакинскую» связку). Тот матч советская сборная выиграла со счетом 2:1, оба мяча забил Валерий Поркуян из киевского «Динамо» (один из голов он забил с подачи Маркарова). Но общий итог выступления сборной СССР на ЧМ-66 оказался не очень неутешительным — 4-е место (в матче за 3-е место мы уступили португальцам 1:2).