Боевые потери нес и III./KG 40, базировавшийся во Франции. 31 октября 1942 года Sea Hurricane Mk. I, стартовавший с корабля САМ-Ship «Empire Heath», шедшего в составе конвоя HG 91, сбил над Атлантикой, на расстоянии около 300 миль от побережья Португалии и 550 миль от Гибралтара, самолет FW-200C-3/U4 (WNr.0070, F8+DS), погиб обер-лейтенант Арно Грольс вместе с экипажем.
К концу октября 1942 года 9./KG 40 была перебазирована на Крит, получив задачу по транспортировке топлива для немецких войск, ведущих бои под Эль-Аламейном. Через несколько недель подразделение возвратилось в Лесе, Северная Италия, где и оставалось до конца февраля 1943 года.
Также в конце октября 1942 года самолет FW-200C-4, WNr.0156, СЕ+IU, был передан в исследовательский отдел Luftwaffe Пенемюнде-Вест. Здесь на нем проводились эксперименты с управляемыми бомбами Fieseler Fi-103 (V1). В начале декабря 1942 года был выполнен первый сброс бомбы Fi-103 с борта FW-200. Тесты продолжались до апреля 1943 года. Испытаниями руководил Вили Фидлер и Макс Майер.
В ноябре 1942 года машины, принадлежащие I./KG 40, продолжали разведывательные полеты над Исландией и Северным Ледовитым океаном. В ходе этих действий подразделение потеряло два самолета: 5 ноября 1942 года FW-200C-4, WNr.0124, F8+FK, пилот фельдфебель Пипер, а 18 ноября 1942 года FW-200C-4, WNr.0143, F8+KS, пилот обер-фельдфебель Зибель.
Боковой пулемет MG 15 калибра 7,92 мм в окне фюзеляжа самолета FW-200C-4.
Правительственный самолет FW-200 C-4/U1 имел стрелковую точку типа Drehkranz D-30 с пулеметом MG 15 калибра 7,92 мм, так же и на месте B-Stand.
В декабре 1942 года I./KG 40 продолжала разведывательные полеты над Северным Ледовитым океаном. 27 декабря 1942 года под Ставангером разбился FW-200C-4 (WNr.0140, F8+AK), погиб обер-лейтенант Гаккель и четыре члена экипажа, тяжело раненый фельдфебель Фриц Альберт был спасен. 31 декабря 1942 года над Северным Ледовитым океаном был сбит самолет FW-200C-3/U4 (WNr.0081, F8+CK), погиб обер-лейтенант Вебер вместе со всем своим экипажем.
Днем ранее, 30 декабря 1942 года, пилоты III./KG 40 провели исключительно эффектную операцию. Одиннадцать FW-200 стартовало для бомбового удара по Касабланке. До цели долетело восемь машин, которые сбросили 7950 кг бомб. Один самолет был поврежден огнем зенитной артиллерии. Это был FW-200C-4/U3, WNr.0175, F8+AS, которому на обратном пути пришлось совершить вынужденную посадку в Севильи, Испания.
Тем временем 19 ноября 1942 года началось советское наступление под Сталинградом. Прикрывающие фланги 6-й немецкой армии румынские дивизии в панике оставили свои позиции, что позволило советским войскам замкнуть кольцо окружения. Единственным источником снабжения для отрезанных дивизий остался воздушный путь. В декабре 1942 года стало ясно, что предпринимаемые до этих пор попытки доставки припасов в необходимом количестве не удаются. Единственным выходом виделось наращивание сил доставки, с этой целью на аэродром Сталино было перебазировано 18 FW-200 из I./KG 40, которые должны были помочь имеющимся транспортным подразделениям, оснащенным самолетами Ju-52/3m. FW-200 были сведены там в Kampfgruppe z.b.V.200, которой командовал майор Ганс-Юрген Виллерс. 9 января 1943 года семь FW-200, которыми командовал обер-лейтенант Шюльте-Фогельхейм, приземлились на территории котла (на аэродроме Питомник), привезя 36 тонн припасов. На обратном пути Кондоры взяли на борт 156 раненых. На следующий день обер-лейтенант Шюльте-Фогельхейм должен был вернуться из-за аварии двигателя, а два Кондора были уничтожены. Один, FW-200C-2, WNr.0018, был уничтожен прямо на аэродроме Питомник в результате артиллерийского обстрела, весь его экипаж погиб. На обратном пути советские истребители сбили и FW-200C-4, WNr.0151, F8+HW, весь его экипаж также погиб. 16 января 1943 года во время артиллерийского обстрела аэродрома Питомник получил повреждения FW-200C-3, WNr.0046, SG+KV, весь его экипаж погиб. После того как советские войска заняли аэродромы, с которых стартовали Кондоры, KG z.b.V.200 была перебазирована на аэродром Запорожье. Во время одного из налетов советских бомбардировщиков там был уничтожен FW-200 V13. В дни капитуляции 6-й Армии, во время попытки сброса контейнеров с припасами, был сбит FW-200C-3, WNr.0034, F8+GW, весь экипаж погиб. В общем во время боев в районе Сталинграда Luftwaffe потеряло девять самолетов FW-200, в большинстве это были старые и долго эксплуатировавшиеся машины, которые уже не использовались для действий над Атлантикой.
С начала 1943 года появилась очередная модификация FW-200C-5. Всего было построено 22 самолета этой модификации (WNr.0201–0215, 0217–0219, 0221–0223 и 0225). Эго был вариант дальнего разведчика, с усиленным оборонительным вооружением и несколько измененным оборудованием. Первый самолет этой модификации был потерян уже 23 января 1943 года над Северным Ледовитым океаном, это был FW-200C-5, WNr.0204, F8+СС, его пилот обер-лейтенант Эрнст Ребенсбург погиб вместе со всем экипажем.
В это же время самолеты FW-200, находящиеся в KG 40, начали постепенно заменяться поступающими на вооружение дальними бомбардировщиками Heinkel Не 177. 22 февраля 1943 года FW-200 из III./KG 40 к югу от Азорских островов обнаружил конвой UC 1 и навел на него подводную лодку, которая затопила три и повредила два судна. В марте 1943 года Кондоры предприняли шесть атак на союзнические суда, три из них было повреждено, а одно, «City of Christchurch», водоизмещением 6009 брутто тонн из состава конвоя KMS 11 было потоплено. Однако собственные потери были также очень значительны. 12 марта 1943 года не вернулся из боевого вылета FW-200C-4, WNr.0186, F8+ER, пилот лейтенант Эрнст Работ. В это же время произошло несколько очередных аварий во время взлетов и посадок. Наиболее тяжелым выдалось 16 марта 1943 года. Во время старта с аэродрома Вернес разбился самолет FW-200C-4, WNr.0116, NT+BP из I./KG 40 весь его экипаж погиб. Тремя днями позже из боевого вылета не возвратился FW-200C-4, WNr.0128, F8+IK, пилот обер-лейтенант Эрих Шельбах и весь экипаж погибли. 24 марта 1943 года над Атлантикой погиб FW-200C-5 (WNr.0192, F8+ER), самолет пилотировал обер-фельдфебель Вернер Бок. 27 марта самолет FW-200C-4 (WNr.0168, СН+CI) был сбит к западу от Руана немецкой зенитной артиллерией, погиб лейтенант Фриц Маршалл и весь экипаж.
В апреле 1943 года был потерян только один Condor. FW-200C-4 (WNr.0121, NT+BU) из IV./KG 40 разбился во время старта с Катеад, пилот обер-лейтенант Дитрих Мелин и его экипаж погибли.
FW-200C-4/U2, WNr.0181. GC+SJ, который использовал командующий Kriegsmarine гроссадмирал Карл Дениц.
В мае 1943 года Кондоры выполнили восемь бомбардировочных налетов на союзнические суда, потопив два из них: «Alpera» (1777 брутто тонн) и «Llancarvon» (4910 брутто тонн). В первый раз с начала месяца KG 40 не потеряла ни одного FW-200. В следующем месяце FW-200 атаковали восемь судов, два из них были повреждены и два потоплены: «Shetland» (1846 брутто тонн) и «Volturno» (3424 брутто тонн). На этот раз потери были серьезными. Сначала 8 июня 1943 года во время вынужденной посадки с горящими двигателями на аэродроме Тюлос-Кастене разбился FW-200C-3/U1 (WNr.0052, DE+OG, пилот обер-лейтенант Георг Ульрих) из III./KG 40. Следующие два Кондора пали жертвой истребителей дальнего действия DH Mosquito из 151-го дивизиона RAF, они были сбиты над Бискайским заливом. 13 июня 1943 года такая же судьба постигла FW-200C-4 (WNr.0147, F8+CR, пилот обер-фельдфебель Рудольф Кенсек), а 24 июня 1943 года FW-200C-4 (WNr.0145, F8+DR, обер-фельдфебель Георг Абель).
Самого выдающегося успеха с февраля 1941 года Кондоры добились в июле 1943 года, когда их экипажи потопили пять судов фрахтовым тоннажем 53949 брутто тонн, и повредили четыре судна общим водоизмещением 29531 брутто тонн. Особенно удачной была акция, проведенная тремя FW-200 11 июля 1943 года, когда были потоплены суда «Duchess of York» (2021 брутто тонн) и «California» (16792 брутто тонн). И на этот раз за успех пришлось заплатить дорогой ценой. 9 июля 1943 года британские истребители Mosquito сбили над Бискайским заливом FW-200C-4/U3 (WNr.0178, GC+SG, пилот фельдфебель Николас Гюнтер). Два дня спустя в Дронхейме разбился FW-200C-5 (WNr.0217, TA+MS), погиб весь экипаж. 15 июля 1943 года FW-200C-4 (WNr.0171, СН+CL), возвращаясь из боевого вылета, из-за нехватки топлива был вынужден совершить аварийную посадку на воду в устье Жиронды, его экипаж был спасен. До конца месяца Luftwaffe потеряло еще три Кондора: 28 июля 1943 года FW-200C-4/U3 (WNr.0177, F8+FK) разбился в Бордо-Мериньяк; 29 июля 1943 года FW-200C-4 (WNr.0132, F8+CK) был сбит над Атлантикой истребителем Hurricane и 31 июля 1943 года FW-200C-5 (WNr.0202, F8+AR) пропал над Атлантикой.