В августе 1943 года Кондорам удалось провести всего лишь три атаки на союзнические суда, повредив две единицы общим тоннажем 13879 брутто тонн. Собственные потери были, напротив, исключительно тяжелыми. Четыре Кондора были уничтожены неприятелем (WNr.0200, 0211, 0214 и 0215), один был вынужден приводниться (WNr.0221), а следующий (WNr.0166) совершил вынужденную посадку в Сантьяго де Компостелла, Испания.
В сентябре 1943 года Кондоры провели восемь налетов на союзнические суда, повреждения получили один военный корабль (HMS «Winchelsea») и один транспорт из состава конвоя XK 11, «Fort Barbine» (7135 брутто тонн) был атакован. KG 40 потеряла в этом месяце два самолета: FW-200C-5 (WNr.0201, F8+DT, пилот обер-лейтенант Грель) был сбит зенитной артиллерией британских кораблей над Северным Ледовитым океаном 2 сентября, а 22 сентября не возвратился из боевого вылета над Атлантикой FW-200C-4, WNr.0161.
1 октября 1943 года Кондоры провели последний бомбардировочный удар по конвоям. Принимая во внимание чрезвычайно плохие атмосферные условия, конвой MKS 25 обнаружили и подвергли бомбовому удару только три из восемнадцати привлеченных к этой акции Кондоров. Все бомбы прошли мимо цели, не нанеся какого-либо ущерба. Один из Кондоров разбился во время аварийной посадки в Бордо-Мериньяк, это был FW-200C-4 (WNr.0159, F8+BR). Две недели спустя во время взлета из Вернес разбился FW-200C-3/U4 (WNr.0089, F8+JH), пилот обер-лейтенант Кломп и весь экипаж погиб. До конца октября 1943 года в аналогичных катастрофах погибло еще два самолета (FW-200C-5, WNr.0206, ТА+МН и FW-200C-3, WNr.0036, F8+FV).
В ноябре 1943 года FW-200 выполняли уже только единичные патрульные полеты над северной Атлантикой. Причиной снижения активности были, с одной стороны, очень плохие погодные условия, но в основном усилившаяся противовоздушная оборона конвоев и почти постоянное присутствие эскортных авианосцев или истребителей дальнего действия. 14 ноября 1943 года из боевого вылета не возвратился FW-200C-4 (WNr.0105, F8+KL), 20 ноября 1943 года тяжелый истребитель Beaufighter из 307 дивизиона RAF сбил в районе к западу от мыса Отрегаль самолет FW-200C-5 (WNr.0222, F8+AR), погиб пилот капитан Хорст Лукстед вместе с остальным экипажем. А 26 ноября под Штутгартом разбился FW-200C-4 (WNr.0233, TK+СО) из III./KG 40, его пилот обер-лейтенант Лейшнер погиб вместе с экипажем.
В это время на предприятиях в Бремене работали над дальнейшим развитием Кондора. Учитывая отказ от выполнения этими самолетами бомбовых ударов по союзническим судам, конструкторы сосредоточили свое внимание на разведывательных вариантах. Прототипом модификации C-6 стал самолет WNr.0230, DP+QR, серийные машины получали номера от WNr.0235 до 0247. Однако в точности неизвестно, все ли эти самолеты были окончены и переданы Luftwaffe.
Самолеты FW-200C-4 на заводском аэродроме в Бремене перед передачей их в KG 40, на первом плане самолет WNr.0096, KE+IU (позднее F8+ER), в глубине — WNr.0098, KE+IW.
FW-200C-6 располагал усиленным стрелковым вооружением: A-Stand было оснащено башенкой HD 151/1 с пушкой MG 151, B-Stand — башенкой DL 15/131 с пулеметами MG 131, C-Stand и D-Stand одиночными пулеметами MG 131, эти же пулеметы размещались в окнах по обеим сторонам фюзеляжа. Самолеты получали также бортовой радар FuG 200 «Höhentwiel». Имелась также возможность подвешивать управляемую бомбу Hs-293.
До постройки еще более продвинутой модификации C-6, для которой было зарезервировано обозначение FW-200F, дело уже не дошло. Этот самолет благодаря новому размещению топливных баков должен был иметь максимальную дальность 6600 км. Максимальная стартовая масса должна была возрасти до 25300 кг, а экипаж — до семи человек.
Также исключительно на чертежных досках проектировщиков осталась и модификация FW-200C-7. Последним выпущенным вариантом Кондора стал FW-200C-8, который практически не отличался от C-6. Три самолета, обозначенные FW-200C-8/U10 (WNr.0259 до 0261), были приспособлены для несения управляемых бомб Hs-293.
В подготовленном 3 декабря 1943 года рапорте Fliegerführer Atlantik, направленном в генеральный штаб Luftwaffe, содержались данные, подводящие черту под использованием Кондоров: «Ввиду недостаточного вооружения FW-200 не может быть использован в районах, которые могут контролировать истребители, базирующиеся на суше. Столкновения между FW-200 и такими истребителями в условиях малой облачности, как правило, приводят к уничтожению FW-200. Нельзя предложить дальнейшее развитие FW-200, так как он уже достиг границ своих возможностей и должен быть заменен самолетом Не 177».
Немногочисленные остающиеся на службе FW-200 понесли в декабре 1943 года тяжелые потери. 1 декабря из разведывательного полета не возвратился FW-200C-5 (WNr.0207, F8+LS, пилот обер-лейтенант Кнаузе), 11 декабря под Лиможем разбился принадлежащий III./KG 40 FW-200C-3 (WNr.0059, DE+ON, пилот обер-фельдфебель Метманн), а 13 декабря из боевого вылета не вернулся FW-200C-6 (WNr.0237, F8+MR, пилот обер-лейтенант Шаррет), эта машина совершила вынужденную посадку в Ирландии, и ее экипаж был интернирован. 28 декабря 1943 года британская летающая лодка Short Sunderland вышла победителем из поединка с FW-200C-4 (WNr.0189, GC+SQ, пилот капитан Дитте), который вместе со всем экипажем погиб в водах Атлантики. Последним Кондором, потерянным в 1943 году, был FW-200C-5 (WNr.0248, F8+1R, пилот капитан Георг Шиберт), он был сбит 29 декабря 1943 года.
В связи с планирующимся в начале 1944 года наступлением подводного флота Германии Кондоры интенсивно патрулировали районы, лежащие на стыке Северного Ледовитого океана и Северной Атлантики. В ходе этих действий 17 января 1944 года был сбит FW-200C-5 (WNr.0204, F8+CL, пилот обер-лейтенант Эрнст Ребенсбург). В марте 1944 года центр тяжести действий Кондоров был перенесен в район Лофотов. 31 марта 1944 года дошло до настоящего погрома, когда 3./KG 40 потеряли три самолета вместе с экипажами: FW-200C-3 (WNr.0062, F8+BL, пилот обер-лейтенант Вальтер Кломп), FW-200C-6 (WNr.0220, F8+GL, пилот обер-лейтенант Альфред Вейер) и FW-200C-8 (WNr.0224, F8+OL, пилот унтер-офицер Альфред Гобель).
После высадки союзников в Норвегии, 6 июня 1944 года, последние Кондоры, принадлежащие KG 40, покинули базу во Франции. В начале июля 1944 года самолет Focke-Wulf FW-200C-3, F8+RL, вместе с летающей лодкой BV-222 V2, Х4+ВН, провели необычную и очень сложную акцию. С 8 сентября 1943 года в Арктике, на Земле Александра, находилась немецкая метеорологическая станция, которая регулярно передавала прогнозы погоды. Командиром станции был обер-лейтенант Вальтер Дресс, а ее личный состав насчитывал десять человек. В начале июля 1944 года весь состав метеорологической станции, за исключением метеоролога Хоффмана, который не ел мяса, отравился мясом полярного медведя. Состояние больных ухудшалось с каждой минутой, возникла острая необходимость в доставке на остров врача вместе с запасом лекарств. Так как не было возможности своевременной расчистки территории под импровизированную посадочную площадку выделенному для проведения этой операции Кондору, рассматривался даже вариант сброс врача, медикаментов, а также сопутствующего спасательного оборудования на парашютах.