14 июня 1940 года первая из этих машин (WNr.0009) была передана в 4./KG z.b.V.107. Вскоре это подразделение получило и второй самолет (WNr.0010, бортовой код VB+UA), переданный из KG z.b.V.172. Оба самолета несли обозначение типа — Focke-Wulf FW-200D-1.
На заднем плане самолет FW-200C-3, WNr.0060, DE+00, который позже входил в состав I./KG 40 с обозначением F8+DH и был сбит 19 мая 1941 года над северной Атлантикой в ходе атаки на транспорт «Umgeni».
Самолет FW-200C-3 в ходе компенсации навигационных приборов.
После капитуляции Франции 11 сентября 1940 года компания Lufthansa получила в свое распоряжение очередной самолет FW-200D-2a, WNr.0019, D-AWSK «Rheinland», который должен был использоваться для взаимодействия с комиссией по перемирию. Основной задачей этой машины должна была быть транспортировка пассажиров, а также специальных грузов из Дакара в Касабланку, а также возвращение на родину большого количества германских граждан, интернированных французами в Северной Африке, а также находящихся на Канарских островах. В рамках этой акции самолеты компании Lufthansa преодолели 130185 км и перевезли 561 пассажиров, 26389 кг грузов и 980 кг почты.
Осенью 1940 года компания Lufthansa дополнительно стала обладательницей двух очередных Кондоров, которые должны были заменить две машины, переданные ранее Бразилии. Это был FW-200D-2b, WNr.0020, D-ACWG «Holstein», переданный 8 октября 1940 года, а также FW-200D-2c, WNr.0021, D-AMHL «Pommern», преданный в том же месяце.
Стрелковая башенка с пулеметами MG 15 калибра 7.92 мм, установленными на лафете Drehkranz D-30.
Стрелковая точка А на самолете FW-200C-3.
Задняя стрелковая точка B-Stand, оснащенная пулеметом MG 131 калибра 13 мм с боезапасом 1000 патронов.
Дополнительное оборонительное вооружение составляли пулеметы MG 15 калибра 7,92 мм, установленные по обеим сторонам фюзеляжа на лафете Focke-Wulf-Fensterlafette.
В ноябре 1940 года оба FW-200D-1 были переданы Luftwaffe. Машина WNr.0009 стала учебным самолетом в I./KG 40 на аэродроме в Бордо, где и была уничтожена во время налета бомбардировщиков RAF 23 ноября 1940 года. Машина WNr.0010 была передана в 2./KG z.b.V.108 в Норвегию и была разбита 14 декабря 1940 года во время посадки в Гардермоен.
Несмотря на продолжающиеся военные действия, руководство компании Lufthansa планировало ввести в строй новую версию Кондора, обозначенную FW-200L-1. Прототипом этой версии должен был стать самолет FW-200 V14, оснащенный двигателями BMW Bramo 323R-2 Fafnir максимальной мощностью 1000 л.с. Вместо основных стоек шасси, оснащенных двумя колесами, на этой модификации стойки должны были иметь но одному колесу. Однако этот проект так и не был реализован.
Учитывая недостатки оснащения KG 40, которая обеспечивала действия подводных лодок в Атлантике, в феврале 1941 года все еще имеющиеся в распоряжении компании Lufthansa самолеты FW-200 были переданы в это подразделение. Перед официальной передачей в мастерских на аэродроме Берлин-Штаакен в их фюзеляжах были установлены дополнительны топливные баки, а самолеты WNr.2994 и 0020 получили еще по две фотокамеры Rb 20/30 и Rb 50/30.
27 марта 1941 года самолет WNr.0020 (F8+GL), переданный в 3./KG 40, который пилотировал командир эскадры капитан Бернард Йопе, провел эффектный разведывательный полет с целью определения ледовой обстановки на «Датском пути». Машина стартовала из Ставангера, пролетела вблизи Исландии, достигла побережья Гренландии, где произвела несколько демонстрационных налетов на поселок Скоребусунд, вызвав большую панику среди его жителей. После приблизительно 17 часов полета и преодоления 5000 км самолет приземлился в Дронхейме. Несколькими неделями позднее — 13 апреля 1941 года — эта машина была уничтожена в ходе налета бомбардировщиков RAF на аэродром Бордо-Мериньяк.
Остальные самолеты компании Lufthansa с апреля 1941 года были переданы в KG 40 и служили в эскадрильи учебного полка (Erganzungsstaffel des KG 40), базировавшейся в Линебурге. Сначала они летали там со своими первоначальными обозначениями, и только в июне 1941 года они были изменены на военные обозначения: F8+BU (WNr.0019), F8+CU (WNr.2893), F8+DU (WNr.2895) и F8+EU (WNr.2994).
15 июня 1941 года в результате пожара двух двигателей правого крыла на аэродроме Ольборг-Вест был потерян самолет F8+CU (WNr.2893). После образования IV./KG 40 самолеты, использовавшиеся для обучения, были перебазированы с аэродрома Линебург в Лехфельд, где они вошли в состав 10.Staffel.
4 мая 1942 года самолет WNr.0019 был передан в III./KG z.b.V.1, базировавшейся в Лесе, Северная Италия. Откуда он выполнял транспортные полеты в Бенгази. Во время одного из таких ночных полетов из-за бури и недостатка топлива ему пришлось приводниться вблизи Греческого острова Сакинтос. Пилот, обер-фельдфебель Вальтер Рипольд, и два других члена экипажа погибли.
Запасные магазины для пулемета MG 15 в кабине самолета FW-200C-3.
Передняя стрелковая точка D-Stand, оснащенная Austauschlafette с одиночным пулеметом MG 15.
D-Stand, вид с правой стороны, в нижней части фото видно ограждение бомбового прицела.
Передняя стрелковая точка D-Stand, вид спереди.
18 января 1943 года самолет FW-200A-0, S3 (WNr.2895), на аэродроме Шатеадун был протаранен истребителем Bf-109. Так как его конструкция была разрушена более чем на 50 %, самолет подлежал списанию. 16 июля 1943 года использующийся до этого на предприятиях фирмы Focke-Wulf в качестве транспортного и испытательного самолет FW-200D-2c (WNr.0021, NA+WN) был снова передан компании Lufthansa, где получил старое обозначение D-AMHL «Pommern» и с 8 ноября 1943 года до 1 апреля 1944 года обслуживал трассу № 7 Берлин — Копенгаген — Осло, а затем был переведен на трассу № 22, ведущую в Испанию. 27 сентября 1944 года самолет стартовал с аэродрома Штутгарт. В его экипаж входили: Flugkapitän Гельмут Лиман, Oberflugmaschinist Генрих Папенхаген и Oberflugzeugfunker Лео Амфлетт. На борту машины, вылетевшей в Барселону, находилось еще пять пассажиров. Полет должен был проходить вдоль швейцарской границы на высоте 1500 метров. В 20 часов 30 минут вблизи Доле-Дижон во Франции самолет был атакован ночным истребителем Bristol Beaufighter, который пилотировал капитан Гарольд Ф. Ауспургер из американского 415th Night Fighter Squadron. Точная очередь из бортовых пулеметов поразила правое крыло Кондора. Немецкий самолет разбился вблизи маленького местечка Сант-Николас. Тогдашний бургомистр города через годы вспоминал: «27 сентября 1944 года около 21 часа 20 минут услышали отголоски выстрелов из пулеметов, а также рев двигателей, затем увидели пылающий самолет, который разбился на расстоянии около 100 метров от северной окраины города. На следующий день обнаружили обломки немецкого самолета, почти полностью ушедшие в болотистую землю. Американские солдаты, стоявшие в Дижоне, собрали обломки и после этого уехали. Только на следующий день поблизости было обнаружено тело, которое силой удара было выброшено из самолета. Эти останки вместе с другими (одного или нескольких человек) похоронили на местном кладбище».