11 июля 1944 года компании Lufthansa был возвращен самолет FW-200A-0, S5 (WNr.2994, D-ARHW «Friesland»). В период с 31 июля до 13 октября 1944 года обслуживал трассу в Испанию, а 30 ноября 1944 года был переведен на трассу № 8 Берлин — Стокгольм.
В свой последний полет машина стартовала 29 ноября 1944 года в 09 часов 10 минут с аэродрома Берлин-Темпельгоф. В состав ее экипажа входили: Flugkapitän Пауль Гутшмидт, Flugkapitän Эрнст-Хейнц Бритенбах, Oberfunkermaschinist Франц Браунер и Flugzeugfunker Вольфганг Ленц. Кроме экипажа на борту находилось также шесть пассажиров. В 10 часов 05 минут самолет, летевший на высоте 350 метров, завершил радиосвязь с центром управления полетов на аэродроме Штеттин и связался с Мальмо, доложив, что уже через 20 минут пересечет побережье Швеции. В 10 часов 19 минут экипаж попросил указать курс на радиомаяк Малино. С этого момента контакт прервался. Одновременно в 10 часов 25 минут наблюдатель на морском маяке Фалстербо увидел, как горящий самолет падает на расстоянии 9 километров от Мааклаппен в море. Вероятнее всего самолет был обстрелян и сбит зенитным огнем с патрульного немецкого корабля.
Так как это был уже последний Condor, имеющийся в распоряжении компании Lufthansa, то с ноября 1944 года началась переделка для потребностей гражданских авиалиний трех FW-200C, переданных из Luftwaffe. 12 января 1945 года два из трех самолетов получили гражданские обозначения D-ASHG и D-ASHH. Самолет D-ASHG использовался с 16 января 1945 года на трассе № 9 Берлин — Мюнхен — Милан, а также на трассе № 17 Берлин — Прага — Вена. Самолет был уничтожен 24 марта 1945 года во время налета на аэродром Мюнхен-Рейм.
Focke-Wulf FW-200C-3, D-ASHH «Hessen» (WNr.0037), выполнил в ночь с 11 на 12 апреля 1945 года полет из Берлина через Мюнхен в Барселону. Самолет возвратился на аэродром Берлин-Темпельгоф только 20 апреля 1945 года, чтобы уже на следующий день в 20 часов 25 минут стартовать в Мюнхен-Рейм. В экипаж Кондора входили: Flugkapitän Август Кюнстле, Oberflugmaschinist Фриц Хубриг и Flugzeugfunker Херберт Ешнер. На борту находилось как минимум 17 пассажиров, среди них руководящий состав компании Lufthansa, эвакуировавшийся в южную часть Германии, а также четыре испанских дипломата, которых нужно было вывезти в более безопасное место, чем окруженный советскими войсками Берлин. В 21 час 40 минут самолет установил радиоконтакт с контрольной башней аэропорта Мюнхен-Рейм, пролетел над аэродромом и приготовился к посадке после выполнения широкого разворота, подходя к полосе с юга-востока. Последнее радиосообщение гласило: «Посадка через 10 минут». Но сесть в Мюнхене ему так и не довелось. Как позднее оказалось, в 21 час 45 минут самолет разбился в лесу под Пизенкофен, в округе Мюльдорф, и сгорел.
D-Stand, вид с левой стороны.
D-Stand, вид изнутри фюзеляжа с закрытыми жалюзи, прикрывающими бомбовый прицел.
С 11 апреля 1945 года на службе в компании Lufthansa появился еще один Condor, это был FW-200C-4 (WNr.0111, D-ASVX «Thüringen»). До 20 апреля 1945 года самолет трижды преодолел трассу № 7 Берлин — Копенгаген — Осло и обратно. 21 апреля 1945 года 16 часов 00 минут машина стартовала с аэродрома Берлин-Темпельгоф и, как и было запланировано, приземлилась в Осло; так как запланированный по расписанию на 24 апреля 1945 года обратный рейс состояться не мог из-за того, что персонал компании Lufthansa уже покинул аэродром Берлин-Темпельгоф, машина на следующий день направилась из Копенгагена в Варнемюнде. В тот же день самолет через Копенгаген возвратился в Осло, чтобы 27 апреля 1945 года перелететь в Копенгаген, а днем позже снова в Варнемюнде. Пополудни Condor покинул Варнемюнде и через Копенгаген полетел в Осло. 2 мая 1945 года самолет находился на аэродроме Фленсбург-Виеш, куда после падения Берлина было перенесено движение компании Lufthansa. В 15 часов 30 минут самолет поднялся в воздух и после промежуточных посадок в Копенгагене и Ольборге в 20 часов 20 минут совершил посадку в Осло-Форнеб. После замены рулей высоты, самолет 4 мая 1945 года в 15 часов 00 минут направился в Копенгаген, а оттуда далее в Ольборг. 5 мая 1945 года Condor выполнил свой последний полет, вернувшись в Фленсбург. Приведенный выше пример демонстрирует, с какой удивительной регулярностью, несмотря на полное господство в воздухе союзнической авиации и недостаток топлива, велись в последние недели войны пассажирские перевозки компанией Lufthansa. В этом месте следует еще добавить, что на юге Германии до конца войны летал другой Condor этой компании — FW-200C-3, бортовой код D-AARB «Rheinland», который на момент капитуляции находился на аэродроме Покинг в Баварии.
D-Stand с отодвинутыми жалюзи, прикрывающими бомбовый прицел Lotfe 7D.
Бомбовый прицел Lotfe 7D.
Condor на службе в Luftwaffe
Первым прототипом военного варианта Кондора, получившего позднее название FW-200C, стал самолет FW-200B-1, WNr.0002, который после переделки обозначили как прототип V11. Машина получила подфюзеляжную ванну, в которой разместили две стрелковые точки (по одной сзади — C-Stand и спереди — D-Stand), а также бомбоотсек, в котором помещалось четыре бомбы SC 250 массой по 250 кг. На гребне фюзеляжа поместили две стрелковые точки, одну сразу же за кабиной пилота A-Stand, и вторую в задней части — B-Stand. Дополнительно существовала возможность монтажа в боковых окошках, в задней части фюзеляжа, по одному пулемету MG 15 калибра 7,92 мм (с правой стороны E-Stand, а с левой F-Stand), которые обслуживал радиооператор. Под гондолами внешних двигателей можно было подвешивать по одной бомбе SC 250, а на двух держателях ETC 250, размещенных в месте сочленения крыльев с фюзеляжем, еще по одной. Самолет оснащался четырьмя двигателями BMW-132 максимальной мощностью по 830 л.с. Экипаж насчитывал пять человек. Радиооборудование состояло из FuG10, Peil GV и FuB1.1. Первым серийным вариантом стал FW-200C-1, построенный в количестве 10 экземпляров. Шесть самолетов FW-200C-1 использовалось для испытаний с авиационными торпедами LF 5F. Они проводились на полигоне Grossenbrode, однако не дали удовлетворительных результатов.
Очередным вариантом стал FW-200C-2, построенный в количестве восьми самолетов (WNr. от 0014 до 0018 и от 0022 до 0024). На них вместо бомбодержателей ETC устанавливались трехпозиционные бомбодержатели PVC. Это позволило увеличить бомбовую нагрузку до 2900 кг. Также несколько изменилась форма капотов двигателя. В передней части подфюзеляжной ванны, на месте пулемета MG 15 калибра 7,92 мм, было установлено орудие MG FF калибра 20 мм, размещенное на лафете типа Ikaria.
Военная версия FW-200C первоначально получила название Kurier, поэтому сформированная 10 октября 1939 года I./KG 40, которой командовал капитан Петерсон, для маскировки своего действительного предназначения получила название — Kurier-Staffel. Первыми самолетами FW-200, которые поступили на ее вооружение в качестве учебных машин, были FW-200 V2 и S3, которые в декабре 1939 года имели фюзеляжный код F8+GH и F8+НН.
Бомбодержатель типа ETC 500/IXd.
10 апреля 1940 года I./KG 40 была перебазирована на захваченные аэродромы в Дании. Ранним утром 15 апреля 1940 года одиночный FW-200 из I./KG 40 выполнил разведывательный полет в район Нарвика, где обнаружил шестнадцать судов снабжения, пять военных транспортов и один крейсер, еще один крейсер с несколькими эсминцами был обнаружен вблизи Вестфиорд. Тремя днями спустя группа Кондоров атаковала находящиеся фиорде к северу от Тросмо авианосец HMS «Furious», одна из бомб упала вплотную к его борту, повредив винт. 21 апреля 1940 года I./KG 40 потерял один самолет. Из полета на разведку в район Нарвика не вернулся самолет, который пилотировал обер-лейтенант Бекхаус.