Три члена экипажа самолета FW-200C-3, WNr.0035, были первыми летчиками KG 40, которые попали в плен к британцам. Благодаря умелому применению методик прослушивания англичанам удалось выудить у них очень полезную информацию. К тому же в обломках сбитого самолета удалось найти и некоторые документы (например, летные книжки экипажа); в результате RAF получил бесценные данные, касающиеся действий этого подразделения неприятеля. Оказалось, что FW-200 уже не летают на базы в Норвегии вокруг Британских островов, а наилучшим средством от атакующего корабль Кондора является спаренная автоматическая пушка калибра 20 мм, размещенная на кормовой платформе.
Тем временем командующий Luftwaffe никак не мог согласиться с приказом Гитлера, отдающим KG 40 под командование Kriegsmarine. 7 февраля 1941 года Герман Геринг потребовал от Деница «возвращения своего подразделения», аргументируя это тем, что все, что летает должно подчиняться исключительно его приказам, а самолеты Luftwaffe не должны выполнять разведывательные полеты к западу от 25 градуса восточной долготы, так как это исключает принятие на борт бомбового вооружения, а его самолеты сконструированы именно как бомбардировщики и только для таких целей и могут использоваться.
Четырьмя днями позднее Геринг добился своей цели. По приказу Гитлера I./KG 40 было переподчинено 3-му Воздушному флоту, в рамках которого было образовано Fliegerführer Atlantik (авиационной командования Атлантики) со штабом в Лорие. Его командующим был назначен морской офицер подполковник Мартин Харлинхаузен.
22 февраля 1941 года впервые удалось стянуть целых пять подводных лодок для атаки конвоя OB 288, обнаруженного Кондором. Подводные лодки потопили девять судов общим водоизмещением 42282 брутто тонн. Всего в феврале 1941 года экипажи I./KG 40 потопили 22 судна общим водоизмещением 84515 брутто тонн и повредили 14 судов (70747 брутто тонн). Собственные потери, так же как в январе 1941 года, ограничились двумя самолетами. Первым из них был FW-200C-3, WNr.0042, пилот которого, обер-лейтенант Пауль Гоммерт, погиб вместе со всем своим экипажем. Два дня спустя после этой потери, во время посадке на аэродроме Бордо-Мериньяк погиб экипаж обер-лейтенанта Гейнца Крамера вместе с самолетом FW-200C-3, WNr.0029.
Монтаж двигателя Bramo 323 R-2 на самолете FW-200C-3 на заводе фирмы Focke-Wulf.
Двигатели Bramo 323 R-2 Fafnir на самолете FW-200C-3.
Вид передней части самолета FW-200C-3 с двигателями Bramo 323 R-2.
Капоты двигателей Bramo 323 R-2, оснащенных трехлопастными воздушными винтами VDM 9-11257А/В диаметром 3500 мм.
Осмотр двигателя самолета FW-200C-3, принадлежащего I./KG 40, на аэродроме Бордо-Мериньяк.
Соединение переключателей механизма установки шага винта.
Детали выхлопных патрубков двигателя Bramo 323 R-2.
Учитывая все усиливающиеся оборонительное вооружение союзнических транспортов, а также значительно меньшее число судов, идущих поодиночке, а не в составе конвоев, успехи, достигнутые Кондорами в периоде 1 марта по 31 мая 1941 года не были так значительны, как в январе и феврале 1941 года. Общее количество судов, потопленных в течение этих трех месяцев, составляло всего лишь 16 штук, а их суммарное водоизмещение — 90371 брутто тонн. Лавинообразно возросли и потери I./KG 40. Если в марте 1941 года при выполнении 55 боевых вылетов был потерян только один самолет (18 марта FW-200C-3, WNr.0041, пилот обер-лейтенант Ганс Винклер, разбился под Брестом), то в апреле при 74 боевых вылетах было потеряно четыре машины (WNr.0039, F8+AH, обер-лейтенант Рихтер 16 апреля к северу от побережья Шотландии; WNr.0051, F8+FH, обер-лейтенант Калюс, 17 апреля, также к северу от берегов Шотландии; WNr.0053, F8+GL, обер-лейтенант Эрнст Миллер, 18 апреля к западу от Ирландии и WNr.0054, F8+НН, обер-лейтенант Роланд Шеле, 29 апреля в районе острова Овечьего); кроме того, два Кондора были уничтожены в ходе налета бомбардировщиков RAF на Бордо-Мериньяк (WNr.0004 и WNr.0033). В мае 1941 года был потерян один самолет. 19 мая 1941 года кавалер Рыцарского креста обер-лейтенант Ганс Бухгольц атаковал транспорт «Umgeni» и был сбит зенитной артиллерией судна. Его самолет, FW-200C-3, WNr.0060, F8+DH, упал в море на расстоянии 400 км от залива Донегал. Спаслись три члена экипажа. В июне 1941 года I./KG 40 снова потеряла два самолета.
Выхлопной коллектор двигателя и маслорадиатор, размещенный под двигателем Bramo 323 R-2.
Один из выхлопных коллекторов двигателя Bramo 323 R-2.
Во время атаки пяти FW-200 на конвой HS 65, находящийся на расстоянии 350 км к востоку от Португалии, было потоплено (или повреждено) семь транспортов. Противовоздушная оборона конвоя была уже довольно сильной и добилась успеха. Попадания получили три Кондора. Первому из них, FW-200C-3/U1 (WNr.0052, DE+OG), который пилотировал обер-ефрейтор Мейфнер, удалось долететь до Испании, где он совершил посадку на аэродроме Навио. Несколькими неделями позднее в результате дипломатических усилий самолет вместе с экипажем вернулся во Францию. Второй самолет, FW-200C-3 (WNr.0061, F8+KL), преодолел путь до Португалии, однако разбился при попытке совершить вынужденную посадку. Обер-лейтенант Эрих Вистерманн вместе пятью членами экипажа погиб в пылающих обломках. Третья машина, FW-200C-3 (WNr.0065, KF+QE), которую пилотировал обер-ефрейтор Игнац Видманн, получила только легкие повреждения и возвратилась в Бордо-Мериньяк. 30 июня 1941 года над Атлантикой был потерян FW-200C-3/U3 (WNr.064, F8+HH), оснащенный экспериментальным радиолокационным оборудованием Echolot фирмы Atlas. Погиб пилот обер-фельдфебель Герберт Орбах, а также остальные члены экипажа.
С июля 1941 года в связи с усилением противовоздушной обороны судов союзников центр тяжести действий Кондоров был перенесен на выполнение разведывательных полетов. Благодаря увеличившимся поставкам новых самолетов I./KG 40 была в состоянии одновременно высылать в небо над Атлантикой до восьми самолетов FW-200. Принимая во внимание площадь, которая охватывалась при этом разведывательными полетами, это было очень неплохо. Особенно по сравнению с двумя самолетами в день, высылаемыми над Атлантикой в первой половине 1941 года, можно сказать, что это был гигантский шаг вперед. Большое значение имел и перенос центра тяжести на действия против конвоев, идущих по трассе Гибралтар — Англия. Атмосферные условия в этом регионе Атлантики были несравненно лучше, чем над водами, омывающими Ирландию, возможные будущие цели Кондоров также находились значительно ближе к новой базе I./KG 40 в Бордо-Мериньяк. Дополнительным преимуществом, значительно увеличивающим шансы на обнаружение конвоя, было тесное взаимодействие с военной разведкой — Абвером, агенты которого сообщали о дате выхода из порта очередного конвоя.