В экипаж Кондора, который 7 июля 1944 года в 16 часов 30 минут стартовал с аэродрома Банак, направляясь в сторону Земли Александра, входили: обер-лейтенант Карл-Хейнц Штанке, обер-фельдфебель Адам Амбласмайер, фельдфебель Рейнхольф Векслер, лейтенант Вернер Бенштед, унтер-офицер Хейнц Киркхофф и унтер-офицер Макс Рейслер, а также врач военно-морского флота др. Вендт. Первые 700 км маршрута пилот руководствовался указаниями радиомаяка с аэродрома Банак, а затем указаниями штурмана Векслера. После прибытия в район базы экипаж самолета обнаружил обозначенную осветительными шашками посадочную площадку. Однако, снизившись, пилот обер-лейтенант Штанке убедился, что посадочная площадка слишком загромождена льдом, а ее длина всего 650 метров. Поэтому было решено поискать лучшее место для посадки. Обнаружено оно было на расстоянии около пяти километров от базы. Это была покрытая снегом площадка длиной несколько сотен метров. Несмотря на предостережения, переданные пилоту по радио метеорологом Хоффманом, о том, что выбранная им площадка подмокла, Штанке решил сажать самолет. Чтобы определить направление ветра, экипаж Кондора сбросил сначала дымовую шашку, и после этого в 22 часа.30 минут самолет коснулся земли. Во время пробега острый осколок скалы разрезал покрышку правого внешнего колеса. После приблизительно 400 метров пробега машина зарылась в размокшую грязь. Хвост самолета задрался вверх, чтобы затем неожиданно провалиться вниз, это окончилось поломкой хвостового колеса. Несколько следующих часов проходила выгрузка припасов и оборудования, а также его транспортировка на отстоящую на пять километров метеорологическую базу.
FW-200C-8, WNr.0256, TO+XL, с радиолокационной аппаратурой FuG 200 Höhentwiel.
На аэродром Банак была отправлена радиограмма, информирующая о сложившейся ситуации, вместе с просьбой о доставке запасного колеса основной стойки шасси, заднего колеса вместе со стойкой, воздушной подушки для поднятия хвоста и баллона со сжатым воздухом, необходимого для ее наполнения. Кроме этого были необходимы носилки для транспортировки больных, так как персонал базы необходимо было эвакуировать.
Необходимое оборудование загрузили в летающую лодку BV-222, которая стартовала из Биллефьорд 8 июля 1944 года в 18 часов 52 минуты. Ее вел опытный пилот, бывший капитан компании Lufthansa, обер-лейтенант Вальтер Моринг. Примерно в 2 часа ночи 9 июля 1944 года летающая лодка достигла базы и сбросила груз на точку, обозначенную ракетами и дымовыми шашками.
Приземлились на нужном месте, однако, только носилки. Колесо основной стойки шасси упало в заполненный водой ров и его пришлось вытаскивать из воды на берег, а баллон со сжатым воздухом и хвостовое колесо вообще найти не удалось. После ревизии найденного оборудования экипажу удалось наполнить подушку при помощи ручных насосов и приподнять самолет.
Затем больные были переправлены к самолету, и обер-лейтенант Штанке смог рискнуть взлететь. Основной проблемой был заполненный водой ров, пересекающий взлетную площадку на расстоянии примерно 400 метров от ее края. Штанке после набора соответствующей скорости на первых 400 метрах разбега был вынужден подорвать самолет в вверх, чтобы перескочить ров и после падения на землю дальше набирать скорость, чтобы еще через несколько сотен метров разбега окончательно подняться в воздух. Архитрудный маневр удался, и 11 июля 1944 года в 02 часа 00 минут самолет приземлился на аэродроме Банак. Обер-лейтенант Штанке за свою отвагу был награжден Рыцарским Крестом.
Вскоре единственным подразделением, вооруженным Кондорами, оставалась 8./KG 40, которая вскоре была переименована в Transport-Flieger-Staffel Condor (авиационная транспортная эскадра Кондор) и перебазирована в Норвегию. Некоторые FW-200 служили еще в I./KG 200, а также во вновь образованном Transportstaffel 200.
Последний полет Кондора, принадлежащего Luftwaffe, имел место 8 мая 1945 года, когда FW-200C-4, F8+MS, приземлился на аэродроме Гетеборг в Швеции.
Однако конец войны не означал конец карьеры Focke-Wulf FW-200, принадлежащих ранее германским Luftwaffe. 31 декабря 1943 года и 1 января 1944 года на территории Испании, на аэродроме Таблада под Севильей, приземлилось два Кондора: FW-200C-4/U3 (WNr.0175, F8+AS), а также FW-200C-4 (WNr.0118, F8+HS). Оба самолета были реквизированы испанским правительством и переданы авиационным линиям «Иберия». Машины получили обозначения Т.4–1 и Т.4–2. Самолет Т.4–1 не удалась довести до летного состояния, и он служил как «источник» запасных частей для второй машины — Т.4–2. Позднее эта машина была передана в авиационную школу в Матакан. Ее преследовали постоянные аварии тормозной системы, одна из них окончилась тяжелыми повреждениями планера на аэродроме Баррайас в 1948 году.
Весной 1945 года Красная Армия захватила несколько самолетов FW-200, оставленных на аэродромах в восточной и центральной Германии. Как минимум один из них использовала «Полярная авиация» для разведывательных полетов на дальнем севере, целью которых было наблюдение за ледовым покровом и разведка ледовой обстановки на морских путях. Пилотом этой машины, получившей обозначение СССР N-400, был Михаил Титлов, который эксплуатировал ее очень интенсивно, находясь в воздухе до 20 часов в день! Во время последнего полета из Катанги в Москву, 13 декабря 1946 года, Condor был вынужден совершить аварийную посадку вблизи Бардаратской губы. Экипаж и 21 пассажир были спасены советским самолетом Douglas C-47, который сел на ближайшем ледовом поле.
Бомбодержатель ENC 500/IXb.
Подвеска 500 кг бомбы.
Подвеска 50 кг бомбы.
После окончания войны три Кондора, находившиеся на территории Шлезвига, попали в руки британцев. Первым из них был FW-200C-4/U1 (WNr.0176, GC+AE, AIR MIN 94). 3 июля 1945 года его перегнали в Фарнборо, где он подвергся тщательному изучению. Затем машину использовали для регулярного авиационного сообщения между Фарнборо и Шлезвигом, и в промежутках демонстрировали на выставке захваченного вооружения Luftwaffe. Свой последний полет этот самолет выполнил 18 января 1946 года. Вскоре после этого он пошел на слом.