Капитан Петерсен немедленно обратился к командованию 2-го Воздушного флота, которому подчинялся 10-й Воздушный корпус, и представил свой план. Все строящиеся в Бремене самолеты FW-200B (со второго экземпляра) должны были быть переоборудованы в военный вариант и переданы 10.Fliegerkorps. Их основной задачей стало бы проведение разведывательных полетов и атак с воздуха конвоев судов, идущих к западу от Ирландии, а также уничтожение идущих самостоятельно танкеров. 10 сентября 1939 года Luftflotte 2 представил план шефу генерального штаба Luftwaffe, а двумя днями позднее представители фирмы Focke-Wulf согласовали с главным оружейником (General Luftzeugmeister) Luftwaffe технические характеристики проекта. 18 сентября 1939 года Gen.d.Fl. Ганс Ешонек принял решение о применении в будущем FW-200 в качестве «вспомогательного бомбардировщика для ведения войны с судоходством на море». К согласованному Министерством авиации еще 1 сентября 1939 года плану поставок № 15 была добавлена серия из 20 самолетов FW-200 в варианте C, которые должны были быть поставлены Luftwaffe в период с ноября 1939 года до августа 1940 года.
Весной 1940 года немцы подготовили операцию Weserübung, которая имела целью захват Дании и Норвегии. 8 марта 1940 года FW-200C-1 (WNr.0003, BS+AH), принадлежавший Versuchsstelle für Höhenflüge, произвел подробную аэрофотосъемку района Нарвика. Самолет во время этого опасного задания пилотировали Корнелиус Ноел и Зигфрид Кнемейер.
FW-200C-1, WNr.0010, принадлежащий к 2./KGr.z.h.V.108, который разбился 4 декабря 1940 года во время посадки в Гардермоен, Норвегия.
FW-200C-2, WNr.0023, F8+EH из I./KG 40 в ходе патрульного полета над Атлантикой.
Самым главным заданием воздушно-транспортных подразделений во время десанта в Норвегию должна была быть высадка войск на предварительно занятых аэродромах, а затем и их снабжение. Четырехмоторные самолеты FW-200 были собраны в 4./KG z.b.V.107, которой командовал Oblt.d.R. Альфред Хенке, в 1938 году пилот самолета FW-200 V1, совершавшего рекордные перелеты в Нью-Йорк и Токио.
В состав эскадры вошли машины: S1, D-ADHR «Saarland», которая получила военное обозначение GF+GF; S5, D-ARHW «Friesland» (СВ+TY) и S10, D-ABOD «Kurmark» (СВ+FB), а также временно переданные из I./KG 40: V2 (F8+GH) и S3 (F8+НН). В первый день операции, 9 апреля 1940 года, самолеты перевозили солдат 324-го пехотного полка из Немюнстер в Осло, а на следующий день транспортировали их амуницию с аэродрома Гамбург-Фюльсбиттель.
13 апреля 1940 года обер-лейтенант Конрад Велор вылетел из Осло-Форнеб на борту самолета F8+НН в первый полет с припасами для горных стрелков, окруженных в Нарвике. Над городом были выброшены с парашютами контейнеры с вооружением, боеприпасами, лекарствами. Контейнеры выбрасывались с борта FW-200 через люки в полу, вырезанные для установки фотокамер. Так как экипажам других самолетов пришлось бы выкидывать контейнеры через боковые двери, было принято решение об оснащении всех самолетов эскадры подобными люками, которые должны были прорезать в мастерских фирмы Lufthansa на аэродроме Штаакен в Берлине.
17 апреля 1940 года командование экипажем самолета F8+НН принял Oblt.d.R. Ганс-Вернер фон Энгель. С 25 апреля 1940 года этот самолет был окончательно передан в 4./KG z.b.V.107 и получил код TK+BS.
Уже 11 апреля 1940 года главный вооруженец Luftwaffe принял решение о конфискации обоих самолетов FW-200KB-1 строящихся для Финляндии. Самолеты должны были быть переделаны под стандарт FW-200C, но уже 13 апреля 1940 года ввиду необходимости доставки припасов окруженным в Нарвике горным стрелкам это решение было отменено и было приказано передать самолеты Luftwaffe, как невооруженные транспортные машины с дальностью 2300 км. В мае 1940 года выдано дополнение, чтобы оба самолета дополнительно были оборудованы крюками для буксировки планеров.
14 июня 1940 года первая из этих машин (WNr.0009) была передана в 4./KG z.b.V.107. Вскоре это подразделение получило и второй самолет (WNr.0010, бортовой код VB+UA), переданный из KG z.b.V.172. Оба самолета несли обозначение типа — Focke-Wulf FW-200D-1.
На заднем плане самолет FW-200C-3, WNr.0060, DE+00, который позже входил в состав I./KG 40 с обозначением F8+DH и был сбит 19 мая 1941 года над северной Атлантикой в ходе атаки на транспорт «Umgeni».
Самолет FW-200C-3 в ходе компенсации навигационных приборов.
После капитуляции Франции 11 сентября 1940 года компания Lufthansa получила в свое распоряжение очередной самолет FW-200D-2a, WNr.0019, D-AWSK «Rheinland», который должен был использоваться для взаимодействия с комиссией по перемирию. Основной задачей этой машины должна была быть транспортировка пассажиров, а также специальных грузов из Дакара в Касабланку, а также возвращение на родину большого количества германских граждан, интернированных французами в Северной Африке, а также находящихся на Канарских островах. В рамках этой акции самолеты компании Lufthansa преодолели 130185 км и перевезли 561 пассажиров, 26389 кг грузов и 980 кг почты.
Осенью 1940 года компания Lufthansa дополнительно стала обладательницей двух очередных Кондоров, которые должны были заменить две машины, переданные ранее Бразилии. Это был FW-200D-2b, WNr.0020, D-ACWG «Holstein», переданный 8 октября 1940 года, а также FW-200D-2c, WNr.0021, D-AMHL «Pommern», преданный в том же месяце.
Стрелковая башенка с пулеметами MG 15 калибра 7.92 мм, установленными на лафете Drehkranz D-30.
Стрелковая точка А на самолете FW-200C-3.
Задняя стрелковая точка B-Stand, оснащенная пулеметом MG 131 калибра 13 мм с боезапасом 1000 патронов.
Дополнительное оборонительное вооружение составляли пулеметы MG 15 калибра 7,92 мм, установленные по обеим сторонам фюзеляжа на лафете Focke-Wulf-Fensterlafette.
В ноябре 1940 года оба FW-200D-1 были переданы Luftwaffe. Машина WNr.0009 стала учебным самолетом в I./KG 40 на аэродроме в Бордо, где и была уничтожена во время налета бомбардировщиков RAF 23 ноября 1940 года. Машина WNr.0010 была передана в 2./KG z.b.V.108 в Норвегию и была разбита 14 декабря 1940 года во время посадки в Гардермоен.
Несмотря на продолжающиеся военные действия, руководство компании Lufthansa планировало ввести в строй новую версию Кондора, обозначенную FW-200L-1. Прототипом этой версии должен был стать самолет FW-200 V14, оснащенный двигателями BMW Bramo 323R-2 Fafnir максимальной мощностью 1000 л.с. Вместо основных стоек шасси, оснащенных двумя колесами, на этой модификации стойки должны были иметь но одному колесу. Однако этот проект так и не был реализован.
Учитывая недостатки оснащения KG 40, которая обеспечивала действия подводных лодок в Атлантике, в феврале 1941 года все еще имеющиеся в распоряжении компании Lufthansa самолеты FW-200 были переданы в это подразделение. Перед официальной передачей в мастерских на аэродроме Берлин-Штаакен в их фюзеляжах были установлены дополнительны топливные баки, а самолеты WNr.2994 и 0020 получили еще по две фотокамеры Rb 20/30 и Rb 50/30.
27 марта 1941 года самолет WNr.0020 (F8+GL), переданный в 3./KG 40, который пилотировал командир эскадры капитан Бернард Йопе, провел эффектный разведывательный полет с целью определения ледовой обстановки на «Датском пути». Машина стартовала из Ставангера, пролетела вблизи Исландии, достигла побережья Гренландии, где произвела несколько демонстрационных налетов на поселок Скоребусунд, вызвав большую панику среди его жителей. После приблизительно 17 часов полета и преодоления 5000 км самолет приземлился в Дронхейме. Несколькими неделями позднее — 13 апреля 1941 года — эта машина была уничтожена в ходе налета бомбардировщиков RAF на аэродром Бордо-Мериньяк.