Структура командования выглядела следующим образом. В подчинении у Гитлера находилось главное командование Вермахта (ОКВ), начальником которого в ноябре 1938 г. был назначен генерал-оберст Кейтель. Ступенью ниже находились главные командования сухопутных войск (ОКХ), Люфтваффе (ОКЛ) и Кригсмарине (ОКМ).
В декабре 1941 г. Гитлер решил заменить на посту главкома ОКХ генерала Браухича другим человеком. Рассматривались даже кандидатуры Манштейна и Кессельринга. При этом адъютант Шмундт посоветовал фюреру временно принять на себя руководство сухопутными войсками. Тот поначалу противился этому, однако после начала войны с США и кризиса на Восточном фронте согласился. В ночь на 17 декабря он подписал соответствующий приказ, чем вызвал восторг своего окружения. Фюрер размышлял над этим вопросом целые сутки. Этот факт опровергает версию, что Гитлер только и ждал подходящего момента, чтобы стать во главе армии.
Сложившаяся таким образом система командования являлась в своем роде уникальной и имела явные изъяны. Ни Бисмарк, ни Вильгельм II не взваливали на себя столько ответственности. Совмещение политической власти и военного командования в одном лице привело к невиданному доселе в германской армии произволу в области стратегии. Отныне только Гитлер принимал и отвергал предложения военных, а ОКВ и ОКХ лишь разрабатывали мелкие детали операций. Фюрер слабо осознавал границу между чисто тактическими, оперативными и стратегическими соображениями. Поэтому вскоре он начал не просто планировать боевые операции и руководить ими, но и вмешиваться в руководство нижестоящими командными инстанциями. Тем самым были отвергнуты многолетние немецкие военные традиции, основанные на ответственности и самостоятельности. По свидетельству Клюге, который командовал группой армий «Митте» на Восточном фронте в 1943–1944 гг., он нередко был обязан запрашивать у Гитлера санкции на действия любых подразделений силой от батальона и выше.
Большое влияние на стратегические решения Гитлера оказывало его окружение, сконцентрировавшееся в гауптквартире. Эти люди усердно укрепляли веру фюрера в непогрешимость его решений и приказов вплоть до самого конца войны. По словам германского военного историка Юргена Торвальда, это «болото, питаемое отказом Гитлера признавать собственные ошибки, его разъедающим недоверием к другим, ненавистью и свинцовым страхом перед концом, который Гитлер пробовал скрыть за экстравагантными обещаниями окончательной победы».
В организации командования сухопутными войсками Гитлер сознательно пошел двояким путем, используя на Востоке Генштаб сухопутных войск, а на других театрах – штаб оперативного руководства ОКВ. Тем самым он хотел вызвать соперничество между двумя высшими штабными инстанциями Вермахта. Он считал, что такой подход дает ему возможность самому всегда принимать окончательное решение.
Фюрер был абсолютно уверен, что германская армия может одержать победу только под его руководством. Своих штабных офицеров он считал растяпами, так как те часто ошибались со своими предупреждениями еще до начала Второй мировой войны и оказались не правы. В меморандуме от 9 октября 1939 г. Гитлер известил высший генералитет о своем решении начать наступление на Западе через территорию нейтральных государств – Бельгии, Голландии и Люксембурга. Он принимал решение о проведении операций через посредство ОКВ, стремясь оттеснить на данном этапе «конкурентов» из ОКХ. Представители последнего не верили в победу над Францией, поскольку переоценивали силу французской армии и ее готовность к сопротивлению. И снова фюрер оказался прав, посадив своих оппонентов «в лужу». После разгрома Франции авторитет главного командования сухопутных войск в глазах диктатора был окончательно подорван. Аналогичным образом была проведена и Балканская кампания 1941 г.
С самого начала операции «Барбаросса» Гитлер дал понять своим штабистам, что он не намерен полностью доверить управление операциями профессионалам. Фюрер зачастую в одиночку принимал стратегические решения, а с начала 1942 г. перешел и на тактические. Кончилось же все тем, что к концу войны даже для незначительной военной операции требовалось специальное разрешение Гитлера.