Гагариным повезло – никто из семьи не погиб во время оккупации, хотя часто жизнь висела буквально на волоске. Одним из развлечений оккупантов была стрельба по пустым бутылкам, которые они заставляли держать в руках Валентина Гагарина. Бориса Гагарина фашист, занимавшийся зарядкой автомобильных и танковых аккумуляторов, потехи ради подвесил на яблоневый сук за шарф, повязанный вокруг шеи. К счастью, Анне Тимофеевне и Юрию удалось спасти Бориса. В другой раз пострадала Анна Тимофеевна – фашистский солдат полоснул ее лезвием косы по ногам за то, что она выгнала с огорода его лошадь. А Алексей Иванович, которого оккупанты заставили работать на мельнице, однажды получил двадцать ударов тяжелой палкой за то, что отказался смолоть зерно, принадлежавшее любовнице немецкого коменданта.
Мальчишки, по мере своих возможностей, вредили фашистам – разбрасывали по дорогам скрученные из гвоздей «ерши» и осколки бутылочного стекла, которые прокалывали шины автомобилей, затыкали тряпками выхлопные трубы двигателей. Однажды Юра подсыпал в танковые аккумуляторы каустической соды, и не признался домашним, кто его надоумил сделать это. Хорошо, что никто из маленьких мстителей не пострадал. Фашисты не делали скидки на возраст и обращались с детьми также безжалостно, как и со взрослыми. В качестве примера можно вспомнить хотя бы тринадцатилетнего жителя Клина Мишу Балакирева, которого оккупанты расстреляли за попытку украсть пистолет у немецкого офицера.
«Огромная беда, которая внезапно обрушилась на нашу семью, как и на всякую другую семью в стране, оставила в душе каждого из нас – от самых младших до самых старших – неизгладимый след, надолго определила всю нашу дальнейшую жизнь, – вспоминал Валентин Гагарин. – Мне кажется, что именно в то время мы жили, спаянные какой-то особой, не поддающейся выражению в обычных словах близостью друг к другу, особой бережностью и заботой друг о друге. Удивительная теплота была в наших отношениях. Мне кажется, что и Юру, своего родного брата, меньшего притом, лучше узнал и понял я как раз в годы войны. И, несмотря на большую разницу в возрасте, крепко привязались мы с ним друг к другу. Мне кажется еще, что некоторые черты Юриного характера, вернее, характера будущего летчика, космонавта Юрия Гагарина, – упорство в достижении цели, сострадание к горю других, готовность немедленно прийти на помощь, смелость и способность к отчаянному, но разумному риску, – намечались в то время, в дни войны».
Валентин Алексеевич вспоминал, как они ели картошку, взятую тайком от немцев из колхозного семенного хранилища, как по весне перетирали перезимовавшие в земле картофельные клубни, мешали с отрубями и пекли из этой массы оладьи, как собирали молодую крапиву, как ели корни лопуха. Хорошо еще, что в хозяйстве была дойная корова – можно было забелить крапивные щи молоком. Корова Зорька была любимицей Юры. Он сильно переживал, когда ее весной 1942 года запрягли в соху, чтобы вспахать огород (корова оказалась упрямой, тащить соху не хотела, и огород пришлось поднимать лопатами).
В начале марта 1943 года восемнадцатилетнего Валентина мобилизовали для сопровождения немецкого обоза, отправлявшегося из Гжатска в Германию. Следом за Валентином в Германию отправили пятнадцатилетнюю Зою. К счастью, и брату, и сестре удалось бежать. Валентин служил в танковых частях, а Зоя – в кавалерийской, помощницей ветеринара. Алексей Иванович, имевший серьезные проблемы со здоровьем, был взят на нестроевую службу в военный госпиталь, который находился в Гжатске.
В сентябре 1943 года Юра снова отправился в школу. «На четыре класса у нас была одна учительница – Ксения Герасимовна Филиппова, – вспоминал он. – Учились в одной комнате сразу первый и третий классы. А когда кончались наши уроки, нас сменяли второй и четвертый классы. Не было ни чернил, ни карандашей, ни тетрадок. Классную доску разыскали, а вот мела не нашли. Писать учились на старых газетах. Если удавалось раздобыть оберточную бумагу или кусок старых обоев, то все радовались. На уроках арифметики складывали теперь не палочки, а патронные гильзы. У нас, мальчишек, все карманы были набиты ими».