Бежавший Помпей был злодейски убит под Пелузием у берегов Египта по приказу молодого царя Птолемея XIII, который вел там военные действия против своей изгнанной сестры Клеопатры.
В погоне за Помпеем Цезарь достиг Александрии, где ему доставили голову убитого. Клеопатре удалось пробраться в царский дворец и встретиться с Цезарем. Однако попытка примириться с братом не удалась. Цезарь с Клеопатрой находились в осажденном войсками Птолемея и жителями Александрии дворце с осени этого года — так называемая александрийская война.
На весть о победе при Фарсале Цезарь был объявлен в Риме диктатором на год.
47 до н. э.
Александрийская война продолжалась до марта. На помощь прибыл Митридат из Пергама; в его корпусе был и Антипатр, отец Ирода. Птолемей XIII погиб в бою. Цезарь сделал Клеопатру царицей Египта. Она вышла замуж за своего младшего брата. Римский полководец и царица путешествуют по Египту до конца весны. Уже после отъезда Цезаря Клеопатра родила сына, Птолемея XV, называемого в народе Цезарионом (Цезаренком).
Через Сирию Цезарь добирается до Малой Азии, где под Зелой побеждает Фарнака.
46 до н. э.
Цезарь отправился в Африку, где под городком Тапс разбил верную сенату армию. Из ее полководцев Лабен бежал в Испанию, Катон совершил самоубийство в Утике (поэтому его позднее стали называть — Утический), покончили с собой также Квинт Цецилий Метелл и царь Юба. Нумидия стала римской провинцией под названием Новая Африка; ее наместником Цезарь назначил Саллюстия.
45 до н. э.
Это был первый год реформированного (юлианского) календаря.
Цезарь стал единоличным консулом в четвертый раз, будучи одновременно диктатором. Консулов выбрали только к концу года.
В битве под Мундой в Испании Цезарь победил Лабена и сыновей Помпея. Лабен и Гней Помпей погибли в сражении, Сексту удалось спастись. Триумф Цезаря состоялся в октябре.
44 до н. э.
Консулами были Цезарь и Марк Антоний.
В начале года Цезарь стал пожизненным диктатором. На него пожизненно же была возложена обязанность блюстителя нравственности. Чиновники должны были присягать на верность его законам, а все сенаторы также под присягой обязывались защищать его персону.
В Рим прибыла Клеопатра с маленьким сыном. Прошел слух, что Цезарь собирается на ней жениться и перенести столицу на Восток. Его откровенная единоличная власть и предполагаемые планы склонили многих сенаторов, в том числе также и связанных до сих пор с Цезарем и им помилованных, к заговору против него.
15 марта (мартовские иды) Цезарь был заколот кинжалом в зале заседаний сената у памятника Помпея. Среди заговорщиков главные роли играли Гай Кассий Лонгин, Марк Юний Брут и Децим Брут.
20 марта во время похорон Цезаря на Форуме Марк Антоний огласил его завещание. В нем отписывались большие средства (легаты) в пользу народа и ветеранов, а главным наследником назначался внук сестры Цезаря, Гай Октавиан, которому тогда исполнилось всего девятнадцать лет. Вступая в наследство, тот изменил свое родовое имя на Гай Юлий Цезарь, но, с учетом своего реального происхождения, вошел в историю как Октавиан — это будущий император Август.
Позиция Марка Антония, а также настроения горожан и ветеранов заставили убийц Цезаря покинуть Рим. Марк Брут и Кассий отправились на Восток, где должны были стать наместниками провинций, а Децим Брут уехал в Цизальпийскую Галлию, чтобы занять там свой пост.
Молодой Октавиан как наследник Цезаря и, благодаря собственной щедрости, завоевывал поддержку народа и ветеранов, тогда как сенаторы, в том числе и Цицерон, видели в нем противовес влиянию Антония. Последний решил занять Цизальпийскую Галлию как якобы полагавшуюся ему провинцию и принялся осаждать Децима Брута в Мутине.
43 до н. э.
Консулами были Авл Гиртий (дополнил «Записки о галльской войне» Цезаря) и Гай Панса.
Оба консула вместе с Октавианом разбили Марка Антония, бежавшего в Трансальпийскую Галлию. Однако 21 апреля Гиртий погиб в битве под Мутином, а двумя днями позже Панса скончался от ран, полученных в предыдущем сражении при Форум Галлорум.
Марк Эмилий Лепид, наместник Галлии Нарбонской, поддержал Антония. Оба перешли через Альпы. Под Бононией им преградил путь Октавиан. Давление солдат с обеих сторон заставило трех вождей договориться. В ноябре эта договоренность была подтверждена народным собранием в Риме как новый особый орган Triumviri rei publicae constituendae — Комиссия трех для установления дел Республики. В их руках оказалась вся полнота власти.