...намерение Святого Духа состоит в том, чтобы научить нас, как попасть на небо; а не как устроено небо.
Галилео Галилей
С другой стороны, Галилей поставил под вопрос роль, которую в тот момент играли теологи. Наука и теология должны были функционировать независимо друг от друга, поскольку занимались совершенно разными областями. Наука основывается на фактах, в ее вотчину входят явления природы. Теология же занимается вопросами веры и сверхъестественными явлениями. Теология не должна пытаться объяснить, как устроен мир, так же как для науки неприемлемо вмешиваться в вопросы веры.
Приняв определенное представление о мире, Церковь оказалась в уязвимом положении, которое легко было подвергнуть критике, что и произошло. Когда Галилей осмелился указать церковным институтам на слабость их аргументов, они использовали свою власть, чтобы унизить того, кто имел дерзость критиковать принятые догмы. Терпимости клира к другим представлениям о мире хватало только на то, чтобы принять новые теории в качестве математических инструментов, а не как картину реальности.
Благодаря своим астрономическим наблюдениям Галилей собрал достаточные доказательства, чтобы опровергнуть тезис Аристотеля о непреходимости, нерушимости и совершенстве небес. Это были и горы на Луне, и пятна на Солнце, и сверхновые звезды. Деление мира на подлунный и надлунный оказалось выдумкой. Также с помощью результатов своих наблюдений, в частности благодаря открытию фаз Венеры, он поставил шах и мат геоцентризму. Согласно учению Птолемея, у Венеры могли быть растущие фазы, но не убывающие. Наблюдения же показывали, что у этой планеты есть и растущие, и убывающие фазы, в точности как у Луны. Их можно было объяснить только вращением Венеры вокруг Солнца. Возможно, это было первое наблюдение, доказывающее ложность геоцентризма. Открыв эти фазы в 1611 году, Галилей получил окончательное доказательство.
Хотя это открытие и разрушало геоцентрическую теорию, оно не обязательно приводило к гелиоцентризму. Теория Тихо Браге, по которой Вселенная заключена в сфере неподвижных звезд с Землей в центре и Солнцем и Луной, вращающимися вокруг нее, в то время как остальные планеты вращались вокруг Солнца, продолжала согласовываться с наблюдениями. Необходимо было доказать, что Земля двигается, и Галилей нашел этому косвенное подтверждение, открыв спутники Юпитера. Чтобы определить их положение, нужно было ввести поправку, связанную с движением Земли. Учитывая это, Галилей смог предсказать затмения спутников в 1612 году, в то время как другие астрономы, также следившие за ними, не смогли сделать правильный прогноз.
Галилею нужно было прямое доказательство движения Земли, и он считал, что нашел его в приливах. Переставив стакан воды с одного места на другое, можно заметить, что его содержимое будет двигаться. Галилей предположил, что если Земля двигается, то это должно отразиться и на движении океанских вод. Приливы кажутся явлением, идеально отвечающим этим ожиданиям. Но на самом деле они являются следствием гравитационного эффекта, который на океан оказывают Луна и Солнце, а не движения Земли.
Суть явления приливов и отливов заключается в изменении уровня моря. Когда он достигает максимальной отметки, происходит прилив, самой низкой — отлив. В среднем за день случается два прилива и столько же отливов, а разница между ними может достигать трех метров. Сегодня мы знаем, что это следствие не движения Земли, а гравитационного явления, в котором принимают участие главным образом Луна и Солнце. Эти космические тела притягивают воды Мирового океана так, что они принимают форму эллипса. В зависимости от взаимного расположения Солнца и Луны происходит прилив или отлив. Когда они находятся на одной линии (как в верхней части рисунка), уровень воды максимально поднимается — этот прилив называют полной водой; когда же они перпендикулярны друг другу, эллипсы компенсируются, что приводит к минимальному приливу, малой воде.
Рассуждения Галилея о приливах и отливах показывают, что он относился к коперниканству именно как к модели действительности, проявляющейся в реальной жизни. И тем не менее эта теория противоречила одному из главных физических открытий Галилея, принципу инерции, согласно которому на поверхности Земли ни один наблюдатель не может обнаружить никаких признаков ее движения.