Вся небесная система сломана, и мы должны теперь восстановить ее.
Христофор Клавий
Коломбе (1565-1616) — последователь Аристотеля, направивший все свои силы на то, чтобы оспаривать любое открытие, несовместимое с теориями великого древнегреческого философа. Он всеми силами отрицал не только астрономические открытия, но даже, к примеру, гидростатическую теорию Архимеда. По мнению Коломбе, то, что тела держались на поверхности или тонули в жидкости, определялось их формой, а не плотностью. Он даже вызывал Галилея на публичное состязание, чтобы показать, кто из них прав. И хотя Галилей согласился, великий герцог предупредил его, что для ученого, занимавшего такое почетное место, недопустимо опускаться до подобных игр (и тем более проигрывать). Поэтому Галилей отклонил вызов, но решил написать небольшой трактат по гидростатике.
Чези также стал одним из главных защитников Галилея в Риме. А он в них нуждался, так как в это время Инквизиция начала пристально изучать его утверждения. Кардинал Беллармин, который в свое время подписал смертный приговор Джордано Бруно, посчитал необходимым начать расследование. Одновременно с этим последователь Аристотеля Лудовико делле Коломбе напал на Галилея в своей «Речи против движения Земли», где в том числе утверждал, что горы, увиденные Галилеем на поверхности Луны, на самом деле покрыты невидимым веществом, так что эта планета является абсолютно гладким шаром. По мнению Коломбе, Галилей придерживался точки зрения, несовместимой с Библией, что доказывал отрывок из Книги Иисуса Навина. В нем подразумевается, что Солнце движется, а Земля может быть только неподвижной. Это был не первый раз, когда Коломбе бросался на защиту аристотелизма. Будучи убежденным в неизменности небес, он утверждал, что сверхновая звезда, появившаяся в 1604 году, всегда была на том же самом месте, и ее просто не замечали.
Вернувшись во Флоренцию, Галилей совершил бессчетное число наблюдений за Солнцем и Сатурном. Он изучал Солнце на закате и в облачную погоду (иначе потерял бы зрение). Впоследствии с помощью своего ученика Бенедетто Кастелли (1578-1643) ученый создал метод проекции. Галилей понял, что солнечные пятна являлись новым доказательством против теорий Аристотеля. Он писал об этом так:
«Не думаю, что это новое открытие станет похоронами или скорее последним и решающим обвинением псевдофилософии, поскольку уже были увидены новые свойства у звезд, лун и Солнца; и я жду, какие великие доказательства приведут перипатетики, чтобы сохранить неизменность небес, которая неизвестно где может быть спрятана и сохранена».
Как он и предсказывал, пятна стали еще одной причиной жарких споров со сторонниками Аристотеля. Немецкий ученый-иезуит Кристоф Шейнер, использовавший псевдоним Апеллес, заявил, что эти пятна — просто планеты, расположенные перед Солнцем. Полемика с Шейнером была ожесточенной. Галилей лишь еще больше увеличил и без того немалое число своих врагов.
Еще один эпизод, показавший, какая враждебная волна стала подниматься против Галилея, произошел в 1614 году, когда священник-доминиканец Томмазо Каччини (1574-1648) в проповеди обвинил ученого в ереси из-за гелиоцентрических воззрений. И вновь в качестве доказательства был взят текст из книги Иисуса Навина. На главного мыслителя эпохи начали открыто показывать пальцем.
По мнению историков, желание Галилея ограничить роль теологии в науке, которое он изложил в нескольких письмах к Кристине Лотарингской, матери Козимо II Медичи, оказало огромное влияние на вынесение последующего предупреждения. Кристина была очень образованной женщиной, окружавшей себя гуманистами и мыслителями, чтобы общаться на самые разные темы. В одной из этих бесед принял участие Бенедетто Кастелли, ученик Галилея, в то время преподававший математику в Пизе. В споре было затронуто коперниканство и прозвучало мнение, что эта доктрина противоречит Святому Писанию. Кастелли встал на защиту независимости науки от теологии. Позже он рассказал об этом случае Галилею, а тот ответил ему в «Письмах Кастелли» от 1613 года, где ясно излагал свое мнение. Двумя годами позже он дополнил их «Письмом Кристине Лотарингской» (которое распространилось во множестве копий, но напечатано было только в 1636 году).