Это письмо, в котором отстаивалась свобода науки от теологии, привело некоторых церковников в бешенство. Галилей не сомневался в истинности Библии, но считал, что ее текст требует интерпретации и эти толкования должны подчиняться научной истине и открытиям. Интерпретации Библии должны были соответствовать точным сведениям, полученным в результате научного исследования действительности. Целью Галилея было примирение обеих дисциплин. Он отмечал, что его исследования дополняют теологические воззрения, но этим только вызвал гнев богословов.
Наконец, в 1615 году доминиканец Никколо Лорини (1544— 1617) обвинил Галилея в ереси. Он утверждал, что ученый противоречит Святому Писанию и осмеливается намекать, как в письме Кристине Лотарингской, что священный текст может подвергаться интерпретации.
У Галилея были и защитники, например кармелитанский монах Паоло Антонио Фоскарини (1565-1616), который в своей книге доказывал, что коперниканство не противоречит Библии. Но эта поддержка принесла только вред, так как книгу Фоскарини сочли еретической, а кардинал Беллармин в письме монаху приводил следующие аргументы в пользу обвинения:
«Во-первых, мне кажется, что Ваше священство и господин Галилео мудро поступают, довольствуясь тем, что говорят предположительно (ex suppositione), а не абсолютно; я всегда полагал, что так говорил и Коперник. Потому что, если сказать, что предположение о движении Земли и неподвижности Солнца позволяет представить все явления лучше, чем принятие эксцентриков и эпициклов, то это будет сказано прекрасно и не влечет за собой никакой опасности. Для математика этого вполне достаточно. Но желать утверждать, что Солнце в действительности является центром мира и вращается только вокруг себя, не передвигаясь с востока на запад, что Земля стоит на третьем небе и с огромной быстротой вращается вокруг Солнца, — это очень опасно не только потому, что это значит возбудить всех философов и теологов- схоластов; это значило бы нанести вред святой вере, представляя положения Святого Писания ложными [...]».
Затем Беллармин осторожно добавил:
«Я говорю, что если бы существовало настоящее доказательство, что [...] Земля вращается вокруг Солнца, то тогда надо было бы проявить чрезвычайную осторожность в трактовании Писания в тех частях, которые кажутся ему противоречащим, и скорее сказать, что мы не способны его понять, чем объявить, что в нем есть ошибки. Но я не поверю, что такое доказательство существует, пока мне его не продемонстрируют [...], а в сомнительных случаях необходимо придерживаться Святого Писания».
В начале 1616 года 11 советников-теологов Ватикана собрались, чтобы решить, считать коперниканство ересью или же оно не противоречит никаким церковным догматам. В конце концов теологи пришли к выводу, что утверждение о движении Земли вступает в противоречие с некоторыми библейскими текстами. В опубликованном вердикте гелиоцентрическая теория считалась...
«...глупой и абсурдной с философской точки зрения и к тому же формально еретической, поскольку явно противоречит многим утверждениям Святого Писания, и в их буквальном значении, и в том значении, которое придают им святые отцы и доктора теологии».
Идея вращения Земли вокруг своей оси и вокруг Солнца «заслуживает той же цензуры, что и предыдущая, с философской точки зрения, а с точки зрения теологической и с позиций веры является ошибочной».
Папа отдал приказ кардиналу Беллармину запретить Галилею объяснять теорию Коперника. Кардинал встретился с ученым 26 февраля 1616 года, чтобы рассказать ему о позиции Церкви, и пояснил, что неподчинение повлечет тюремное заключение. Галилей подчинился и на этот раз отделался только устным увещеванием.
Осуждение коперниканства было обнародовано Ватиканом 5 марта без прямого упоминания о Галилее. С момента публикации книги Коперника в 1543 году Церковь впервые высказывалась против него. Этот приговор предвосхищал судьбу Лютера (1483-1546). Галилей вернулся во Флоренцию, не сумев переубедить многочисленных врагов, но с письмом Беллармина, в котором объяснялось, что ученый не был осужден.