Галилей утверждал, что сам Аристотель, сделавший множество значительных открытий в разных областях, был бы против такого подхода:
«[...] будь Аристотель таким, каким они [ученики] его воображают, он был бы тупоголовым упрямцем с варварской душой, с волей тирана, считающим всех других глупыми скотами, желающим поставить свои предписания превыше чувств, превыше опыта, превыше самой природы. Именно последователи Аристотеля приписали ему такой абсолютный авторитет, а не сам он его захватил или узурпировал...»[5 Перевод А. И. Долгова.].
Ссылка на авторитет служила непробиваемой броней, перед которой факты утрачивали силу Галилею пришлось защищать свои убеждения в обличительных выступлениях, из- за чего у него появились враги. В письме Кристине Лотарингской он так говорил о резкой критике в свой адрес: «Будто это я своей рукой поместил эти сущности на небо, чтобы возмутить природу и науку». Но Галилей действительно обнаружил спутники Юпитера и потому отрицал аристотелевскую догму, согласно которой все небесные тела вращаются вокруг Земли. К тому же кто угодно мог своими глазами увидеть, что теория Аристотеля не соответствует действительности.
В то время в научных дискуссиях использовались «логические аргументы, как если бы они были магическими заклинаниями», — в шутку писал Галилей Кеплеру о людях, которые не понимают, что слова не могут отменить очевидных научных фактов. У языка нет волшебной силы, способной сообщить вещам тот порядок, который существовал только в воображении оппонентов. Ученый также говорил о необоснованности простого красноречия, обвиняя перипатетиков и других натурфилософов в том, что они оперировали пустыми понятиями, как если бы верили, что название может определить вещь (позже он иронично применит этот же метод, назвав самого наивного участника его диалогов Симпличио, то есть Простаком) или что слова могут влиять на действительность, а не являются простыми инструментами общения:
«Итак, если их воля и их голос имеют такую власть, что могут сообщать любую сущность вещам, согласно их желанию и названию, то я умолял бы их оказать мне милость и назвать золотом все старое железо, которое есть у меня в доме».
По мнению Галилея, перипатетики способны отрицать «все наблюдения и все опыты, какие только ни есть, и отказались бы даже смотреть, чтобы не узнать о них, и сказали бы, что мир устроен так, как говорит Аристотель, а не как хочет природа; если же отобрать у них эту опору в виде авторитета, каково им будет?» Представления о мире Аристотеля, согласно которым человек находился в центре абсолютно рационального, конечного и понятного мира, устарели. Мир, открывавшийся перед Галилеем, был гораздо менее определенным. Он не только был неизведанным, но и не было никакой гарантии, что все его секреты могут быть раскрыты.
В своих трудах Аристотель хотел объять все, объяснить как строение космоса, так и колебание пламени. Галилей, напротив, сознательно изучал конкретные вещи. Его не интересовало движение в целом, а только равноускоренное (то, что Аристотель назвал бы локальным движением). Он также отказался от изучения причин — главной задачи аристотелевской философии для получения знания. В этой смене угла зрения и заключается различие между натурфилософом и современным ученым, который отдает себе отчет в ограничениях и трудностях на пути к настоящему знанию. В трактате «Пробирных дел мастер» Галилей пишет:
«Если высказать без обиняков то, на что я пытаюсь здесь намекать, и видеть в науке метод доказательства и рассуждений одних людей, доступных восприятию других людей, то я глубоко убежден, что по мере совершенства наука будет все меньшему учить и все меньше доказывать. Следовательно, она будет становиться все менее привлекательной, и число тех, кто ею занимается, будет все более сокращаться»[6 Перевод Ю. А. Данилова.].
Галилей был не согласен с отделением математики от натурфилософии. Когда он стал работать при дворе Козимо II Медичи, то потребовал, чтобы обе эти диcциплины были отданы в его ведение. Он использовал математические инструменты для познания природы и понимал, что только в соединении наук, осуществимом вдали от затхлых университетских кабинетов, находится ключ к прогрессу. Математика помогла Галилею преодолеть ограничения чувственного познания.
Он также различал первичные качества, которые можно изучать объективно, и вторичные, субъективные, зависящие только от восприятия и не могущие стать предметом исследования: