В 1984 году Миямото снова был вызван в кабинет главы компании. Ямаути объяснил, что ему нужны еще игры, на сей раз для для Famicom. Миямото должен был возглавить новое подразделение компании, R&D 4. У группы Дзёхо Кайхацу, подразделения, отвечавшего за развлечения, была одна цель: придумывать наиболее творческие видеоигры.
То решение Ямаути, возможно, было одним из его самых остроумных. Вскоре стало очевидно, что талант Миямото в видеоиграх сопоставим с талантом The Beatles в сфере популярной музыки. Невозможно оценить ценность Миямото для Nintendo; нет смысла задаваться вопросом, преуспела ли бы компания без Миямото.
После встречи с Ямаути Миямото вернулся за свой рабочий стол. Он взял карандаш и начал делать наброски своего героя из игры Donkey Kong, который на тот момент уже получил имя Марио. Кто-то сказал, что Марио больше напоминает водопроводчика, чем плотника. В итоге Марио был переработан. Так как большую часть своего времени водопроводчики проводят, ползая по трубам, огромные флуоресцентно-зеленые трубы стали выполнять роль препятствий и дверей в потайные миры в его следующей игре под названием Super Mario Bros.
Миямото придумал Марио брата, дав ему имя Луиджи; насколько Марио был коротким и толстым, настолько же его брат был долговязым и худым и носил флуоресцентно-зеленый костюм (в то время как у Марио был красный). Это позволяло легко различать их на мелькающем игровом экране.
Super Mario Bros. и последовавшие продолжения, созданные Миямото, вскоре стали одними из самых популярных видеоигр. Каждая новая игра про Марио содержала новый, более интересный мир, который предстояло завоевать. Там были ходячие растения, рыбы, которых мог бы создать Доктор Сьюз, драконы, змеи, летающие черепахи, плюющиеся огнем маргаритки и крылья ангела, на которых могли летать Марио и Луиджи.
В приключения был очень тонко введен элемент юмора, что приводило игроков в восторг. В одном из уровней в Super Mario Bros. 2 принцессе нужно было летать на божьей коровке, чтобы добраться до босса; в конце полета коровка заглядывает ей под юбку. Один мини-босс плевался яйцами, которые были больше его головы. В одном из продолжений Super Mario Bros. игрокам нужно было понять, как пройти через, казалось бы, недостижимую дверь. Марио нужно было убрать несколько монеток, парящих перед дверью, отправиться в другую комнату и найти «блок-переключатель», который на время превращает монетки в камни. По этим камням и можно было добраться до двери. Дети тратили часы, пытаясь понять, что нужно сделать.
Взрослым Марио тоже понравился. Многие говорили, что эта игра возвращает их обратно в детство. «Это возможность стать простым, первобытным, — рассказывал Миямото. — Взрослый — тот же ребенок, только обладающий этикой и моралью. Вот и все. Будучи ребенком, я не создаю игру. Я нахожусь в игре. Игра не для детей, она для меня. Она для взрослых, внутри которых все еще сидит ребенок».
Миямото легко и свободно заимствовал идеи из фольклора, литературы и поп-культуры (зоны деформации из «Звездного пути», дающие силу грибы из «Алисы в стране чудес»), но наиболее очаровательные решения появились из его особенного восприятия мира и воспоминаний. Когда Марио в определенных моментах игры подпрыгивает там, где, казалось бы, ничего нет, то вдруг обнаруживаются грибы, дающие жизнь, и невидимые проходы к новым мирам. «Я преувеличиваю то, что я испытываю, и то, что я вижу», — рассказывал Миямото.
В играх про Марио и в некоторых других играх Миямото, например Legend Of Zelda и ее продолжениях, часть приключений проходит в новых местах и без карты. «Когда я был ребенком, я много гулял, и однажды я нашел озеро, — рассказывал он. — Когда я на него наткнулся, то был сильно удивлен. Когда я путешествовал по стране без карты, пытаясь пройти собственным путем, я постоянно натыкался на различные удивительные штуки; в итоге я понял, что именно таким и должно быть приключение». В играх такое происходит постоянно: ты можешь натолкнуться на озеро посреди леса или на ракетный корабль, скрытый песками пустыни».
«Когда я учился в колледже в Канадзаве, для меня это был абсолютно странный город, — рассказывал Миямото. — Я очень много гулял, и каждый раз что-то интересное случалось со мной. Я мог пройти через туннель, и на выходе все было совсем иначе». Туннели в его играх — это двери, ведущие к неожиданным открытиям. На другом конце туннеля туман может быть настолько густым, что невозможно ничего разобрать. Для того чтобы пройти через туман, нужен специальный факел. В Super Mario Bros. 3 и Super Mario World Марио мог летать. Однако, как и в мечтах Миямото (и мечтах многих других людей), он не мог летать слишком долго или слишком высоко.