Промежуточное место между офицерами занимали унтер-офицеры. Как правило, это были выдвиженцы из наиболее хорошо подготовленных и грамотных матросов. Но встречались и дворяне. Последнее особенно практиковалось при Петре I, который определял в унтера нерадивых дворян-гардемаринов на испытательную и исправительную службу. К категории унтер-офицеров относились шкипера и подшкипера, подштурмана (помощники штурманов) и лекарские ученики, боцмана, боцманматы (младшие боцмана) и профосы.
Если офицеры должны были отвечать за нравственность и грамотность своих подчиненных, то к унтер-офицерам предъявлялись несколько иные требования, связанные, прежде всего, с обучением навыкам практической работы: «Унтер-офицерам матросским приказать: которые матросы имеются в новости, так же и из старых недовольно знающие матросской работе, тех обучать с прилежанием и обо всем вышеписанном каждую неделю, кто в каком понятии будет находиться, мне рапортовать».
Шкипера и подшкипера осуществляли присмотр за канатами, подъемом и отдачей якорей, отвечали за чистоту на судне, руководили приборками, приглядывали за качеством снастей, чтобы те не рвались и перетирались. При распределении матросов на корабельные работы шкипера и подшкипера руководили ими. Если подшкипер лично руководил работами в средней части и в корме судна, то подшкипер — на баке. Судовой боцман отвечал за хранение якорей и канатов, завязывание и развязывание парусов.
Существовала на судах российского флота и такая должность, как профос Обязанности у него были не слишком благовидные, хотя тоже необходимые. Профос был обязан руководить наказаниями и казнями, содержать в готовности линьки. Учитывая, что отхожее место на парусных судах находилось на баке, в так называемом гальюне, месте, из которого начинался бушприт, то профос отвечал за то, чтобы якорные канаты и другие снасти были чисты «от помету и мочи человеческой».
В отличие от офицеров унтер-офицеры, сами выходцы с матроской палубы, как никто хорошо знали матросскую душу. Правили они сурово, но по большей части справедливо. Именно унтер-офицеры карали и миловали матросов, именно они были непосредственными учителями новых и новых поколений рекрутов, передавая им свои знания и опыт, делая из неуклюжих крестьянских сыновей отчаянных марсофлотов.
Унтер-офицеры получали более солидное содержание, чем матросы, а потому чаще обзаводились семьями и домами. Селились они на окраинах портовых городов. Так начинались знаменитые матросские слободки Кронштадта
В российском флоте со времен Петра Великого существовала четкая система поощрений всех категорий, «дабы всякий во флоте ведал и был благонадежен, чем за какую службу награжден будет». Однако на практике награждали моряков всегда весьма скупо. Вспомним, что ни один из офицеров, участников Великой Северной экспедиции, чьи имена сегодня являются гордостью России, так и не был ничем награжден. За всю двадцатилетнюю войну было награждено всего несколько моряков. Так продолжалось до правления Екатерины Второй, когда офицеров, хоть и не очень щедро, но все же начали награждать. Появились ордена не только для адмиралов, но и для рядовых офицеров.
За военные заслуги офицерам жаловались также золотые и украшенные алмазами шпаги, драгоценные подарки, а иногда и населенные земли. За взятые или истребленные неприятельские суда назначались призовые деньги, а флагманам, командующим флотами или эскадрами, отпускались значительные суммы «на стол». Весьма распространенной и, надо сказать, любимой морскими офицерами наградой было убавление им года или двух для выслуги пенсии, за отличие в службе.
Денежные премии за захват неприятельских кораблей соблюдались неукоснительно и зависели от ранга захваченных кораблей и судов, количества орудий и адмиральского флага. К примеру, за адмиральский линейный корабль полагалось 10 000 рублей, за вице-адмиральский — 7000 рублей, за контр-адмиральский — 6000 рублей. Отдельные премии полагались за захваченные пушки: за 30-фунтовую — 300 рублей, за 24-фунтовую — 250 рублей, за 18-фунтовую — 210 рублей и т.д. Своя премия от полученной добычи полагалась вдовам и детям убитых. Увечным в бою и состарившимся на службе давался специальный паспорт и годовое жалованье, определенная пенсия полагалась вдовам и детям погибших и умерших на службе: вдовам — 8-я доля, каждому ребенку — 12-я доля. Женам платили от 40 лет и до самой смерти или замужества, а младше 40 лет — единичное годовое жалованье. Мальчикам платили пенсион до 10 лет, а девочкам — до 15.