Три фактора оказали влияние на положение Ганнибала. Во-первых, политическая фракция Баркидов, хоть и ослабленная, продолжала существовать, и многие ее клиенты и сторонники по-прежнему пользовались влиянием в карфагенском сенате и правительстве. Во-вторых, необходимость выступать единым фронтом против ненавистных римлян умерила излишний пыл противников, пусть даже временно. В-третьих, карфагеняне стремились избежать еще одной войны наемников, подобно той, которая началась после Первой Пунической войны и едва не уничтожила республику. Карфагену было необходимо каким-то образом удержать оставшихся в живых солдат и моряков. Если во главе этих войск поставить Ганнибала, то он сможет поддерживать дисциплину и порядок. Таким образом, Ганнибал оставался главнокомандующим карфагенскими силами до 199 года до н. э., когда он официально оставил свой пост и вернулся к гражданской жизни.
Ганнибал держался в стороне от общественной жизни. Возможно, после целой жизни, проведенной в армии, он чувствовал свою неуместность в гражданской жизни. Кроме того, как у главы семьи, у Ганнибала были обязанности по отношению к оставшимся членам рода Баркидов. В 199 году до н. э. разгорелся скандал, когда Карфаген попытался выплатить Риму военную контрибуцию фальшивыми деньгами и мошенничество было раскрыто. Карфагеняне, не зная, какой будет реакция римлян, испытывали страх. Общественный гнев вызвало открытие, что причиной нехватки ресурсов стала коррупция; в скандал оказались замешаны даже члены совета ста четырех. Скандал разгорался. В 197 году до н. э. карфагенская экономика находилась в плачевном положении; страна была не в состоянии заплатить военную контрибуцию Риму. Единственное решение, по мнению властей, состояло в том, чтобы обложить налогом всех граждан. Угроза общественных беспорядков, волнения, какой будет реакция Рима, если Карфаген не заплатит вовремя контрибуцию, скорее всего, стали той причиной, по которой Ганнибал вернулся к общественной жизни.
В 196 году до н. э. Ганнибал был избран суффетом — самая высокая гражданская должность в Карфагене, аналогичная римскому консулу, — народным движением, против воли по крайней мере значительной части олигархии. Годом раньше римляне одержали победу над Филиппом V Македонским в битве при Киноскефале. По условиям мирного договора Филипп V потерял владения в Греции, Карии и в зоне проливов. Карфаген не мог позволить себе вызвать гнев имперских экс-врагов и рисковать состоянием собственной экономики. Требовалось реформирование, и Ганнибал был именно тем человеком, который был способен оздоровить экономику Карфагена.
Вступив в должность, Ганнибал занялся расследованием коррупционной деятельности. Были выдвинуты обвинения и проведены аресты некоторых влиятельных членов сената. Ганнибал провел широкую финансовую реформу, позволившую отменить все особые налоги, введенные сенатом под предлогом необходимости уплаты контрибуции Риму. Он провел реорганизацию совета ста четырех. Члены совета должны были избираться всем народом и только на один год; ни один человек не мог избираться в совет два года подряд. Ганнибал пользовался любовью простых людей, но стал врагом богатых и влиятельных. В течение года его враги готовили заговор.
Враги Ганнибала постарались убедить своих влиятельных друзей в Риме, что Ганнибал поддерживает отношения с Антиохом и подготавливает новую войну против Рима. Римляне уже не раз требовали выдачи Ганнибала — в 218 году до н. э. после нападения на Сагунт и в 202 году до н. э. после битвы при Заме. Как это ни парадоксально, но именно Сципион Африканский, победитель битвы при Заме, был против подобной меры, и в 196 году до н. э. он опять выступил в защиту Ганнибала. Согласно Ливию, «он считал, что не подобает народу римскому подписываться под обвинениями, исходящими от ненавистников Ганнибала, унижать государство вмешательством в распрю у карфагенян. Достойно ли, не довольствуясь тем, что Ганнибал побежден на войне, уподобляться доносчикам, подкреплять присягой напраслину, приносить жалобы?» Однако на этот раз в Риме верх одержали враги Ганнибала. В 195 году до н. э. в Карфаген прибыло римское посольство под предлогом урегулирования отношений между Карфагеном и Масиниссой, нумидийским царем. Ганнибал понял, что дело идет к его выдаче. У него не было никакого желания погибнуть от рук римского палача в Туллианской тюрьме у подножия Капитолия. Ночью Ганнибал покинул город и проехал более 250 миль до маленькой гавани, где его ждал корабль, готовый отвезти на остров Керкина, а оттуда он уже переберется в Тир. По иронии судьбы величайший сын Карфагена должен был искать убежище у матери города Карфагена.